Page 147 - 《广西植物》2020年第6期
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６ 期 董亚萍等: 烟草 ＴＩＲ￣ＮＢＳ 基因家族的生物信息学分析 ８ ９ ３
图 １ 烟草 ＴＩＲ￣ＮＢＳ 基因在染色体上的位置
Ｆｉｇ. １ Ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ＴＩＲ￣ＮＢＳ ｇｅｎｅ ｏｎ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｉｎ Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ａｔｔｅｎｕａｔａ
理论等电点、不稳定系数、亲水性指数和脂溶性指 行 ＴＩＲ￣ＮＢＳ 蛋 白 序 列 比 对ꎬ然 后 利 用 ＭＥＧＡ￣７. ０
数等指标ꎮ (Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６)软件构建 ＴＩＲ￣ＮＢＳ 基因家族
１.６ 进化选择压力分析 邻接( ＮＪꎬ ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇ) 系 统 发 育 树ꎬ Ｂｏｏｓｔｒａｐ
利用 Ｂｌａｓｔ 建库比对和 Ｃａｌｃｕｌａｔｏｒ 工具( Ｗａｎｇ 值设置为 １ ０００ꎬ其他参数为系统默认值ꎬ最后使
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０)ꎬ对烟草 ＴＩＲ￣ＮＢＳ 基因核苷酸的同义 用 ＦｉｇＴｒｅｅ ( ｈｔｔｐ: / / ｔｒｅｅ. ｂｉｏ. ｅｄ. ａｃ. ｕｋ / ｓｏｆｔｗａｒｅ /
替换率(Ｋｓ)和非同义替换率( Ｋａ) 进行计算ꎬ获得 ｆｉｇｔｒｅｅ / )软件展示系统发育树ꎮ
基因 Ｋａ / Ｋｓ 比率ꎬ进行选择压力分析ꎮ １.８ 顺式作用元件分析
１.７ 系统发育分析 利用工具 ｂｅｄｔｏｏｌｓ( Ｑｕｉｎｌａｎꎬ ２０１４) 获 得 ＴＩＲ￣
将检索得到的烟草(Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ａｔｔｅｎｕａｔａ)、拟南芥 ＮＢＳ 基因上游 ２ ０００ ｂｐ 序列ꎬ利用在线网站 Ｐｌａｎｔ￣
(Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ)、番茄(Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ)的 ＣＡＲＥ(ｈｔｔｐ: / / ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ.ｐｓｂ.ｕｇｅｎｔ.ｂｅ / ｗｅｂｔｏｏｌｓ/
ＴＩＲ￣ＮＢＳ 蛋白的氨基酸序列通过软件 Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ 进 ｐｌａｎｔｃａｒｅ / ｈｔｍｌ/ )对获得的序列进行预测ꎬ并对主
