Page 138 - 《广西植物》2022年第9期
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ϟ ጢ Ꭾ ࿗ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ 卷
۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ 数据库通过序列信息得到氨基酸数量ܦ等 强光诱导 ϟ 周的芽ܦ黑暗诱导的地上组织ܦ红光诱
电点等用于推测蛋白质的相关因子ྉ宋健等ᖔԡԡɯᤥ 导的地上组织ܦ正常光诱导的根ܦ干旱诱导的根ܦ
ϓॹᇺ 基因的染色体定位 尿素诱导的根ܦ强光诱导的穗ᖔ利用 ఋାᡷᆍᆍ༁ 绘制热
通过 ᥘ᥈ऊ 在线工具ᖔ利用谷子 ۗዛᒦ 基因位 图ྉऊၤᔀႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡɯᤥ
置信息以及从 ጶႿ༁ᔀቝᤦᔀ ۪ᑕႿᡷ༁ 查询到的谷子染色 ϓॹ࣮ 谷子 ۗዛᒦ 基因在不同光质照射下的 ቴ௴फۗࣷቴ
体长度ᖔ绘制 ۗዛᒦ 基因的染色体定位ᤥ 分析
ϓॹ 谷子 ۗዛᒦ 蛋白分析及进化树绘制 利用 ᧕શዶᥘዶશ 设计引物ᖔ选择 ዛዞᡙᔠႥ 为内参基
使用 ۪ʢᆍ୩ᔽᡷᔀ 和 ऊࣼ༁ᡷᑕ ᣮ 在线软件对谷子 ۪ዶᓂ 因ᤥ 使用植物总 શዶ 试剂盒提取 શዶྉ 天根生化
蛋白结构域位置进行序列对齐ᤥ 通过 ᥘጶ᥈ዶ ᤃԡ 软 科技有限公司ɯᖔèᑕ༁ᡷ͐ࣼᑕႿᡷ ఋ ᔽᡷ 合成 ዹ᧕શዶᖔ使用
件中的衔接法ྉႿᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫ᖔ શȮɯᖔ采用泊松模型 ዶ੫ᔽᔀႿᡷ ሕԡԡԡ۪ 荧光定量 ۪ऊ 仪进行 ۪ऊ 扩增ᤥ
绘制蛋白进化树ྉᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 为 ϟ ԡԡԡɯྉᓂᑕʢҴᔽႿ ᔀᡷ ᑕᖔ 反应条 件᧥ँጢ ቩ 预变 性 ቝᔽႿᖔँጢቩ 变性 ϟጢ ༁ଫ
ԡԡᎮଫ୩ᔽ੫ʢᔽ༁ᡷ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟԡɯᤥ 通过上述方法对二穗短 ᤃԡ ቩ 退火 ሕԡ ༁ᖔ࿗ԡ 个扩增循环ᖔ每个样品进行 ሕ
柄草 ྉ ଧʗᐹዞ၊ᡥᡓᅳʐᔠࣩቂ ʐᔠᡙᐹዞ၊ᡥᅳႥ ɯܦ 高粱 ྉ ᅳʗ၊ࣩቂ 次重复ଫ采用 ͱ᪵᪵ऊᡷ 进行数据处理ᤥ
ᤇᔠዞᅳᤀᅳʗɯܦ狗尾草ྉᓣᡙᐹʗᔠᐹ צᔠʗᔠʐᔠɯ等 ጢ࿗ 个 ۪ዶᓂ 家族成
员绘制蛋白进化树ྉᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 为默认值ɯᤥ জ 结果与分析
ϓॹጇ ᤹ᅳᡙᔠஏ 获取及蛋白预测
在 ᥘጶᥘጶ 网站得到谷子 ۪ዶᓂ 的 ቝᆍᡷᔽ 模式ྉ最 ԣॹϓ 谷子 ۗዛᒦ 基因家族鉴定
小宽度设置为 ᤃԡᖔ最大宽度设置为 ԡԡɯ ྉାᑕᔽᔀᢃ ᔀᡷ 谷子中共鉴定 ϟϟ 个 ۗዛᒦ 家族基因ᖔ分别命名
ᑕᖔ ԡԡँɯଫ利用 ۼᔀᤦᆍ੫ᆍ 分析得出 ۪ዶᓂ 结构域 为 ᔠۗዛᒦϟጲ ᔠۗዛᒦϟϟྉ 表 ϟɯᤥ ϟϟ 个 ۪ዶᓂ 蛋白序列
ቝᆍᡷᔽྉ ୩ᡷᑕዹҴ༁ ᡱᔀʢ ᓂᔽႿᔀ 设置为 ϟԡԡ ɯଫ 在 ୩ۼ᧧୩୩᥋ 差 异较小᧥ 氨基酸长度为 ᤃँऐ ᑕᑕ ྉ ୩ᔽ۪ዶᓂϟܦ
ᥘᨃ᧕ጶᓂ 网站中利用其各基因位点出现频率最高 ୩ᔽ۪ዶᓂऐɯ ጲ ऐँϟ ᑕᑕྉ୩ᔽ۪ዶᓂᎮɯᖔ开放阅读框长度 ϟ࿗
基因组成的保守序列预测其三维结构并得到螺旋 ᤦᡱ ྉ ᔠۗዛᒦሕɯ ጲ ࿗ ᤃϟԡ ᤦᡱ ྉ ᔠۗዛᒦɯᖔ 分子质量为
模式ྉᔽᔀᔀʢ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡँɯᖔ并根据上述方法对二穗 Ꭾ࿗ँँ Ҵ᧕ྉ୩ᔽ۪ዶᓂऐɯ ጲ ँጢԡϟ Ҵ᧕ྉ୩ᔽ۪ዶᓂᎮɯᖔ等电点为
短柄草ܦ水稻等物种的 ۪ዶᓂ 蛋白进行预测ᖔ分析对 ጢऐྉᔠۗዛᒦጢɯ ጲ ᤃጢྉᔠۗዛᒦᤃɯᖔ含有 ϟ 个ྉ ᔠۗዛᒦሕܦ
比各物种的蛋白结构差异ᤥ ᔠۗዛᒦ࿗ܦᔠۗዛᒦጢɯ ጲ ᤃ 个 ྉ ᔠۗዛᒦᎮɯ 外显子ᤥ 从表 ϟ
ϓॹᣤ ۗዛᒦ 同源共线性分析 可以看出ᖔ位于 ϟ 号染色体的 ጢ 个基因ྉ ᔠۗዛᒦϟጲ
在 ۪ዶᓂ 系统发育的基础上ᖔ 谷子和水稻 ᔠۗዛᒦጢɯ具有相似的编码蛋白特征ᖔ且基因位置紧
ྉ᧣ʗᡥऊᐹ ᐹᡙᔠצᐹ ɯ的直系同源片段已得到鉴定ᤥ 利用 密排 列在一起ᖔ 位于 Ꭾ 号染色体的 ሕ 个基因
ጶႿ༁ᔀቝᤦ ۪ᑕႿᡷ༁ 网站的基因组比较功能得到谷子和 ྉᔠۗዛᒦँጲ ᔠۗዛᒦϟϟɯ虽然紧密排列ᖔ但其编码蛋白
水稻 ۗዛᒦ 同源物的同源 共 线 图 ྉۼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕᖔ 的特征却相差较大ᤥ 所有 ۪ዶᓂ 蛋白的等电点均在
ԡϟɯᤥ 通过其染色体定位及基因位置ᖔ在 ዶʛᆍᤦᔀ ጢऐ ጲ ᤃጢ 之间ᖔ说明苯丙氨酸解氢酶具有酸性特
᧧ࣼ༁ᡷʢᑕᡷᆍʢ ऊ୩࿗ 软件绘制谷子和水稻 ۗዛᒦ 同系物的 征ᖔ۪ዶᓂ 蛋白可能在弱酸性的环境中发挥作用ᤥ
同源共线图ᖔ分析其共线性ᤥ ۗዛᒦ 家族基因除 ᔠۗዛᒦᎮྉᤃɯ 外ᖔ外显子数量较小ᖔ
ϓॹ᎒ ۗዛᒦ 基因结构分析 推测 ϟԡ 个 ۗዛᒦ 家族基因具有相似的功能ᤥ
通过 ۪ၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ 数据库获得谷子 ۗዛᒦ 基因的 从 ۗዛᒦ 基因的染色体分布发现ᖔϟ 号染色体有
序列信息ᖔ使用 ᥈୩᧕୩ ԡ 在线数据库分析其编码 ጢ 个紧密排列的 ۗዛᒦ 基因ᖔ分布的基因数量最多ଫᎮ
序列ᖔ得到内含子 ͱ 外显子 结 构 模 型 ྉ̀ࣼ ᔀᡷ ᑕᖔ 号染色体具有 ሕ 个 ۗዛᒦ 基因且紧密排列ᖔ其他染
ԡϟጢɯᤥ 在谷子基因组数据库得到 ۗዛᒦ 起始密码 色体上没有成簇 ۗዛᒦ 基因分布ྉ表 ϟᖔ图 ϟɯଫ此外ᖔ
子上游ϟ ጢԡԡ ᤦᡱ 区域序列ᖔ利用 ᡱᑕႿᡷऊዶጶ 分析其 ۗዛᒦ 基因不均匀分布在染色体各个部位ᖔ其中 ϟ 号
顺式作用元件ᖔ通过 ᥈୩᧕୩ ԡ 将其可视化ྉ ᓂᔀ༁ዹᆍᡷ 染色体和 Ꭾ 号染色体 ۗዛᒦ 基因形成簇状分布ᤥ 利
ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡɯᤥ 用 ۪ၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ 数据库的 ᥈ᤦʢᆍऔ༁ᔀ 功能比对成簇分布
ϓॹࣽ 谷子 ۗዛᒦ 基因表达模式分析 的 ۗዛᒦ 基因家族成员与侧翼编码蛋白质基因位置
在 ۪ၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ 数据库获得 ϟϟ 个基因在不同诱 关系ᖔ参考 ̀ᆍࣼᤦྉԡԡϟɯ 对基因簇的界定ᖔ暗示谷
导处理下的表达模式ᖔ包括强光诱导 周的叶片ܦ 子 ۗዛᒦ 家族基因可通过串联复制实现家族扩增ᤥ
