Page 161 - 《广西植物》2023年第4期
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࿗ 期 黄婷等᧥ 四种栎属青冈亚属植物叶绿体基因组特征及系统发育研究 Ꭾ ࿗ ሕ
要还停留在形态学方面ᤥ 因此ᖔ需要更多的分子
系统学方面的证据来协助解决栎属青冈亚属的系 ϟজ 材料与方法
统发育地位和种间关系ᤥ
本研究对 ࿗ 种栎属青冈亚属植物的成熟叶片 ϓॹϓ 实验材料
进行二代测序ᖔ依托 ࿗ 种栎属青冈亚属植物的叶 在野外采集宁冈青冈ྉ ࣩͅᓣʗዞࣩ ႥᔠႥᐹႥᓣႥᔠɯܦ
绿体基因组信息ᖔ拟探究以下问题᧥ྉϟɯ ࿗ 种栎属 曼青冈ྉͅॹ ᅳଝᡥᅳʐᅳႥɯܦ毛曼青冈ྉͅॹ ᐹቂᤇᤀᓣᐹႥᐹɯܦ竹
青冈亚属植物的叶绿体基因组基本特征及其差 叶青冈ྉͅॹ Ⴅᓣᤀᓣዞᡙᐹɯ新鲜的ܦ无病虫害的成熟叶片
异ଫྉɯ࿗ 种栎属青冈亚属植物的密码子使用偏好 ྉ表 ϟɯᖔ用湿润的纱布擦拭后置于装有变色硅胶
性ଫྉሕɯ毛曼青冈和曼青冈亲缘关系如何ᤥ 以期从 的密封袋中保存ᖔ干燥后置于ͱऐԡ ቩ 的冰箱内备
叶绿体基因组层面为栎属青冈亚属系统发育问题 用ᤥ 凭 证标本存放于 西华师范大学标本馆
解决ܦ种间关系的划分ܦ种的鉴定及优良青冈木材 ྉ ̀ᔀʢᤦᑕʢᔽࣼቝᖔ ऊᆍᔀ੫ᔀ ᆍ ᓂᔽᔀ ୩ዹᔽᔀႿዹᔀ༁ᖔ ऊၤᔽႿᑕ ۼᔀ༁ᡷ
的选育提供新资料ᤥ શᆍʢቝᑕ ВႿᔽᔀʢ༁ᔽᡷᢃɯᤥ
表 ϓই 种栎属青冈亚属植物样品采集信息
ఋᑕᤦᔀ ϟজ ᧧ႿᆍʢቝᑕᡷᔽᆍႿ ᆍႿ ᡷၤᔀ ዹᆍᔀዹᡷᔽᆍႿ ᆍ ༁ᑕቝᡱᔀ༁ ʢᆍቝ ᆍࣼʢ ༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁ ᆍ ࣩͅᓣʗዞࣩ ༁ࣼᤦ੫ ࣷᡥዞᤀᅳᤇᐹᤀᐹႥᅳᡓᔠ
海拔 凭证标本号
植物名 采集地点 经纬度
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۪ᑕႿᡷ Ⴟᑕቝᔀ ऊᆍᔀዹᡷᔽᆍႿ ᡱᑕዹᔀ ᓂᑕᡷᔽᡷࣼʛᔀ ᣰ ᓂᆍႿ੫ᔽᡷࣼʛᔀ
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宁冈青冈 湖南省绥宁县 ϟϟԡԡᎮࣕጢ࿗࿗ԡ× ጶ
ࣩͅᓣʗዞࣩ ႥᔠႥᐹႥᓣႥᔠ ୩ࣼᔽႿᔽႿ੫ ऊᆍࣼႿᡷᢃᖔ ̀ࣼႿᑕႿ ۪ʢᆍᔽႿዹᔀ ᤃࣕ࿗Ꭾ࿗× શ ϟ ሕሕ ̀ఋϟϟԡϟᤃ
曼青冈 广西壮族自治区兴安县猫儿山 ϟϟԡᎮࣕጢऐᎮँ× ጶ
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毛曼青冈 重庆市南川区 ϟԡᎮϟϟࣕϟऐँԡ× ጶ
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竹叶青冈 贵州省铜仁市梵净山 ϟԡऐ࿗ሕࣕϟँԡሕ× ጶ
ͅॹ Ⴅᓣᤀᓣዞᡙᐹ èᑕႿᢼᔽႿ੫ ᥘᆍࣼႿᡷᑕᔽႿᖔ ఋᆍႿ੫ʢᔀႿ ऊᔽᡷᢃᖔ ᥈ࣼᔽझၤᆍࣼ ۪ʢᆍᔽႿዹᔀ Ꭾጢሕࣕ࿗ऐँ× શ ϟ ጢᤃሕ ̀ఋϟԡँϟᎮ
ϓॹԣ 基因组 ᦵટዛ 的提取与测序 种栎属青冈亚属植物的叶绿体基因组物理结构图
用改良的 ऊఋዶା 法从 ࿗ 种栎属青冈亚属植物叶 谱ᤥ 最后将注释好的数据提交到 શऊା᧧ᖔ宁冈青冈ܦ
片中提取总 ᧕શዶᤥ 利用 ᧧ࣼቝᔽႿᑕ ̀ᔽ༁ᔀी 对提取的 曼青冈ܦ毛曼青冈ܦ竹叶青冈的序列登录号分别为
᧕શዶ 进行双端测序ᤥ 叶绿体全基因组 ᧕શዶ 的提取 ᨃશሕԡሕሕԡϟܦᨃશጢऐᤃऐܦᨃશጢऐᤃँܦᨃશጢऐᤃሕϟᤥ
与测序均由南京奥维森基因科技有限公司完成ᤥ ϓॹ 叶绿体基因组比较分析
ϓॹᇺ 组装与注释 利用 ᥈ᔀႿᔀᔽᆍࣼ༁ྉ ᔀᑕʢ༁ᔀ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟɯ 及 ጶʛᔽᡷ༁ᔀी
利用 èዶ୩ఋ͐ 软件进行数据质控ᖔ将质控得到的 软件统计 ࿗ 种栎属青冈亚属植物的叶绿体基因组
ऊᔀᑕႿ ʛᑕᡷᑕ 利用 ᥈ᔀᡷᨃʢ੫ᑕႿᔀᔀ 软件ྉȮᔽႿ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡԡɯ 序列 ୩୩ऊܦᓂ୩ऊܦ᧧୩ 区域的长度ܦ᥈ऊ 含量等基本信
进行组装ᖔ将原始数据 ቝᑕᡱ 到组装好的序列上查看 息ᤥ 从 શऊା᧧ 上下载小叶青冈ྉ ᥘશϟँँԡጢɯܦ褐叶
覆盖率并结合 ᥈ᑕᡱዹᆍ༁ᔀʢ 软件ྉԻࣼᆍ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟᎮɯᖔ补 青冈ྉ ᥘશϟँँԡሕɯܦ西畴青冈ྉ શऊᡸԡሕᤃँ࿗ϟɯܦ青冈
齐组 装出现的空缺 ྉ੫ᑕᡱ༁ɯᤥ 在 શऊା᧧ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ ྉશऊᡸԡሕᤃँሕԡɯ的叶绿体基因组与本文 ࿗ 种栎属青
औऔऔ ႿዹᤦᔽႿቝႿᔽၤ੫ᆍ ᣰ ɯ 上下载 褐 叶 青 冈 冈亚属植物所测的叶绿体基因组进行比较分析ᤥ
ྉᥘશϟँँԡሕɯ的叶绿体基因组作为参考基因组ᖔ利 选择以 ዶఋ᥈ 为起始密码子ܦ长度大于 ሕԡԡ ᡱᤦ
用 ऊ۪᥈ዶዶ୩ ྉ ୩ၤᔽ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟँ ɯ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ 的非重复序列ᖔ所有物种筛选后均剩余 ጢ 条 ऊ᧕୩
ၤᔀʢᤦᑕ੫ᔀႿᆍቝᔽዹ༁ᆍʢ੫ ᣰ ዹᡱ੫ᑕᑕ༁ᣰ ɯ进行注释ᖔ注释好的数 序列ᤥ 利用 ऊᆍʛᆍႿ ۼ 软件ྉ୩ၤᑕʢᡱ ᪲ ᓂᔽᖔ ϟँऐᎮɯ计算
据利用 ᥈ᔀႿᔀᔽᆍࣼ༁ 软件ྉᔀᑕʢ༁ᔀ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟɯ进行手动 ࿗ 种栎属青冈亚属植物及其近缘种的同义密码子
调 整和修改ᤥ 利用 ᨃ᥈᧕ዶۼ 软件 ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ 相 对使用度 ྉ ʢᔀᑕᡷᔽᔀ ༁ᢃႿᆍႿᢃቝᆍࣼ༁ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀᖔ
ዹၤᆍʢᆍᤦᆍቝᡱᔽቝᡱ᥋੫ᆍቝቝᡱ੫ʛᔀ ᣰ ᨃ᥈᧕ʢᑕऔ ၤᡷቝɯ 绘制 ࿗ ୩ऊВɯܦ密码子适应指数ྉ ዹᆍʛᆍႿ ᑕʛᑕᡱᡷᑕᡷᔽᆍႿ ᔽႿʛᔀᖔ
