Page 162 - 《广西植物》2023年第4期
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Ꭾ ࿗ ࿗ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ሕ 卷
ऊዶ᧧ɯܦ有效密码子数 ྉ ᔀᔀዹᡷᔽᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ ዹᆍʛᆍႿ༁ᖔ 最大 似 然 法 ྉ ቝᑕᔽቝࣼቝ ᔽҴᔀᔽၤᆍᆍʛᖔ ᥘᓂ ɯᖔ 设置
ጶશऊɯܦ 密码子偏好性 指 数 ྉ ዹᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ ᔽႿʛᔀᖔ ᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 为ϟԡԡԡ构建系统发育树ᤥ 另将修剪好的
ऊା᧧ɯܦ最优密码子 使用频率 ྉ ʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ ᆍ ᆍᡱᡷᔽቝᑕ 序列 再 运 用 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾ 软件以邻接法 ྉ Ⴟᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋
ዹᆍʛᆍႿ༁ᖔ èᨃ۪ɯ以及每条 ऊ᧕୩ 序列的 ጶશऊ 值ܦ୩ऊВ ᢼᆍᔽႿᔽႿ੫ ቝᔀᡷၤᆍʛᖔ શȮ ɯᖔ 选用 ᥘᑕᔽቝࣼቝ ऊᆍቝᡱᆍ༁ᔽᡷᔀ
值及密码子第三位各碱基出现的概率ྉ 记为 ዶሕܦ ᓂᔽҴᔀᔽၤᆍᆍʛ 模型ᖔ设置 ᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 为ϟԡ ԡԡԡ构建相关
ఋሕܦऊሕܦ ᥈ሕ ɯᖔ 运用在线软件 ጶᥘାᨃ୩୩ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ 物种的系统发育树ᤥ
औऔऔ ᤦᔽᆍᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽዹ༁ Ⴟᣰ ᔀቝᤦᆍ༁༁᥋ᔀᡱᆍʢᔀʢ ᣰ ɯ 计算各
ऊ᧕୩ 序列 ᥈ऊϟܦ᥈ऊܦ᥈ऊሕ 的含量ᤥ 中性绘图分析 জ 结果与分析
以 ᥈ऊϟ 和 ᥈ऊ 的平均值ྉ᥈ऊ ɯ 为纵坐标ᖔ以 ᥈ऊሕ
ϟ
值为横坐标ᖔ绘制散点图ᖔ并插入 ᡥ ᢉ ଝ 的函数图 ԣॹϓ 叶绿体基因组的基本特性
像ᤥጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ 分析绘制的散点图将 ᥈ऊሕ 值ܦጶશऊ 宁冈青冈ܦ曼青冈ܦ毛曼青冈ܦ竹叶青冈的叶
值分别作为横ܦ纵坐标ᖔ添加理论 ጶશऊ 值曲线ᖔ标 绿体基因组均有由一个 ᓂ୩ऊ 区域ܦ两个 ᧧༁ 区域ܦ
准曲 线公式为 ጶશऊ ᢉ շ ᥈ऊሕ շ ँ ᣰ Џ ᥈ऊሕ շ ྉϟ ͱ 一个 ୩୩ऊ 区域构成ᖔ为典型的四分体结构ྉ 图 ϟɯᤥ
᥈ऊሕɯ ᤥ ۪᥋ᡱᆍᡷ 分析以 ᥈ሕ ᣰ ྉ ᥈ሕ շ ऊሕɯ 为横坐 其基因组长度为 ϟᤃԡ ᤃऐϟ ጲ ϟᤃԡ ँԡᤃ ᤦᡱᖔ其中曼青冈
标ᖔዶሕ ᣰ ྉዶሕշఋሕɯ为纵坐标绘制散点图ᖔ分析 ዶܦఋܦ 和毛 曼青冈叶绿体全基因 组的长度分别为
ऊܦ᥈ 的使用频率和偏倚性ᤥ 中性绘图ܦጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ ϟᤃԡ ऐऐሕ ᤦᡱ和 ϟᤃԡ ऐऐ ᤦᡱᖔ仅相差 ϟ 个碱基ᤥᓂ୩ऊ
绘图ܦ۪᥋ᡱᆍᡷ 绘图均使用 ᨃʢᔽ੫ᔽႿ 软件ᤥ 区的长度范围为 ँԡ ࿗ጢ ጲ ँԡ ሕᤃԡ ᤦᡱᖔ୩୩ऊ 区的长度
利用 ቝ᧧୩ఋዶ 软件 ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ ੫ᔀႿᆍቝᔀ ᤦ ੫ᆍ ᣰ 范围 为 ϟऐ ऐँϟ ጲ ϟऐ ँँ ᤦᡱᖔ ᧧༁ 的长度范围为
ᔽ༁ᡷᑕ ᣰ ቝᔽ༁ᡷᑕ ᣰ ᔽႿ༁ᡷʢࣼዹᡷᔽᆍႿ༁ ༁ၤᡷቝ ɯ ྉ ᥘᑕᢃᆍʢ ᔀᡷ ᑕᖔ ጢ ऐϟᤃ ጲ ጢ ऐ࿗ԡ ᤦᡱᤥ 本实验测得的 ࿗ 种青冈的总
ԡԡԡɯ对 ࿗ 种栎属青冈亚属植物及其近缘种的叶 ᥈ऊ 含量ྉሕᤃँᠮɯܦ᧧༁ 区域的 ᥈ऊ 含量ྉ࿗ऐᠮɯ 及
绿体基因组进行可视化对比分析ᤥ 使用 ᧧༁ዹᆍᡱᔀ ऊ᧕༁ 区域的 ᥈ऊ 含量ྉሕᎮँᠮɯ 均一致ᖔᓂ୩ऊ 区域及
ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ ᔽʢ༁ዹᆍᡱᔀ ༁ၤᔽႿᢃᑕᡱᡱ༁ ᔽᆍ ᣰ ᔽʢᑕᡱᡱ ᣰ ɯ ྉ ዶቝᔽʢᢃᆍࣼ༁ᔀᔽ ୩୩ऊ 区域的 ᥈ऊ 含量也相差不大ྉ表 ɯᤥ
ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟऐɯ绘制宁冈青冈ܦ曼青冈ܦ毛曼青冈ܦ竹 宁冈青冈ܦ曼青冈ܦ毛曼青冈ܦ竹叶青冈的叶
叶青冈及其近缘种的叶绿体基因组 ᧧ 边界ᤥ 绿体基因组注释结果显示ᖔ࿗ 种栎属青冈亚属植物
ϓॹጇ 系统发育分析 均有 ϟሕሕ 个基因ᖔ 其中包含 ሕᎮ 个 ᡷશዶ 基因
选取并下载在 શऊା᧧ 中公开释放的 ऐ 种壳斗科 ྉ ᡷʢᑕႿ༁ᔀʢ શዶ ੫ᔀႿᔀ༁ɯᖔऐ 个 ʢશዶ 基因 ྉ ʢᔽᤦᆍ༁ᆍቝᑕ
植物的叶绿体基因组序列ᖔ 包括倒卵叶青冈 ྉ ͅॹ શዶ ੫ᔀႿᔀ༁ɯᖔ以及 ऐऐ 个蛋白质编码基因ྉᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ᥋
ᅳᤇᅳצᐹᡙᔠஏᅳᤀᔠᐹᖔ ᥘ᥈ሕጢᤃᎮऐጢϟ ɯܦ 川滇高山栎 ྉ ͅॹ ዹᆍʛᔽႿ੫ ੫ᔀႿᔀ༁ɯᖔྉ表 ɯᤥ 有 ϟጢ 个基因有 ϟ 个内含
ᐹफࣩᔠஏᅳᤀᔠᅳᔠʐᓣᖔ ᣮँϟϟँᎮϟϟɯܦ刺叶高山栎ྉͅॹ ᡓᔠႥᅳᐹᖔ 子ྉʗᡓᅳࣷϟܦႥʐ၊ዛܦႥʐ၊ଧܦʗᡓᤀܦʗᡓᤀϟᤃܦᐹᡙᡓÞܦʗᡓϟᤃܦᡙʗႥᒦ
ᥘ᥈ᤃᎮऐԡሕऐϟɯܦ巴东栎ྉͅॹ ᓣႥᤀᓣʗᔠᐹႥᐹᖔ ᥘԻϟँᤃԡँϟɯܦ Іዛዛܦ ᡙʗႥᣞІІІܦ ᡙʗႥᧇᤩዛІܦ ᡙʗႥዛІᤩࣷܦ ᡙʗႥᤩᤩࣷࣷܦ
栓皮 栎 ྉ ͅॹ צᐹʗᔠᐹᤇᔠᤀᔠᖔ શऊԡሕϟሕጢᤃ ϟ ɯܦ 三棱 栎 ᡙʗႥႬІዛࣷܦᡓᓣᡙଧܦᡓᓣᡙᦵɯᖔ包含 个内含子的基因有 ሕ
ྉ௴ʗᔠᅳႥᅳᤇᐹᤀᐹႥࣩ ʐᅳᔠዞ၊ᐹႥᓣႥᔠᖔ શऊԡሕँጢँϟɯܦ台湾 个ྉʗᡓϟܦዞᤀᡓۗܦᡥዞஏሕɯྉ表 ሕɯᤥ
水青冈ྉ Þᐹࣩ ၊ᐹᡥᐹᡙᐹᓣᖔᥘۼऐ࿗ᤃጢऐ ϟɯܦ米心水青 ԣॹԣ 密码子偏好性分析
冈ྉÞॹ ᓣႥᤀᓣʗᔠᐹႥᐹᖔશऊԡሕᤃँँϟɯᤥ 选用台湾水青冈 ϟ 密码子组成分析জ࿗ 种栎属青冈亚属植物的
和米心水青冈作为外类群ᖔ将上述 ऐ 种壳斗科植 密码子数在 ԡ ँँᤃ ጲ ԡ ँᎮᎮ 之间ଫ有效密码子数
物的叶绿体基因组与本文组装的 ࿗ 种栎属青冈亚 ྉᔀᔀዹᡷᔽᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ ዹᆍʛᆍႿ༁ᖔ ጶશऊɯ在 ࿗ँँϟ ጲ ࿗ँऐϟ
属植物的叶绿体基因组一起构建系统发育树ᤥ 将 之间ᖔ 密 码 子适应指数 ྉ ዹᆍʛᆍႿ ᑕʛᑕᡱᡷᑕᡷᔽᆍႿ ᔽႿʛᔀᖔ
所 有 叶绿体基因组序列运用 ᥘዶèèఋ ྉ ᑕᡷᆍၤ ᪲ ऊዶ᧧ɯ均为 ԡϟᤃᎮଫ宁冈青冈ܦ毛曼青冈和竹叶青冈
୩ᡷᑕႿʛᔀᢃᖔ ԡϟሕɯ进行对比ᖔ将对比好的叶绿体基因 的密码子偏好性指数 ྉ ዹᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ ᔽႿʛᔀᖔ ऊା᧧ɯ 为
组序列利用 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾ 软件ྉ ࣼቝᑕʢ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟᤃɯ 对 ͱԡԡँँᖔ曼青冈的密码子偏好性指数为 ͱ ԡԡँᎮଫ࿗
序列开头和结尾未对齐部分进行适当的修剪ᖔ运 种栎 属 青 冈亚属植物的最优密码子使用频率
用 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾ 软件中 ᥘᆍʛᔀ༁ 功能寻找以上序列运用 ྉʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ ᆍ ᆍᡱᡷᔽቝᑕ ዹᆍʛᆍႿ༁ᖔ èᨃ۪ɯ 均为 ԡሕጢጢᖔ᥈ऊ
ᥘᓂ 法构建系统发育树的最佳模型ྉ᥈ఋշ᥈᧧ɯᖔ以 含量在ሕᎮँሕᠮ ጲ ሕᎮँጢᠮ之间ᤥ࿗ 种栎属青冈亚属
