Page 151 - 《广西植物》2024年第5期
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5 期 刘芳等: Pre ̄miR172 及 miR172 调控油菜 AP2 基因表达的规律分析 9 3 9
miRNA cDNA 第一链合成试剂盒[ 天根生化科技 表 1 荧光定量 PCR 所需引物
(北京)有限公司]合成 cDNAꎬ以此 cDNA 为模板ꎬ Table 1 Primers required for fluorescence
选择 U6 作 为 内 参 基 因ꎬ 采 用 miRcute 增 强 型 quantitative PCR
miRNA 荧光定量检测试剂盒[ 天根生化科技( 北 引物名称 引物序列(5′ ̄3′)
Primer name Primer sequence (5′ ̄3′)
京)有限公司] 进行 qRT ̄PCR 检测ꎮ miR172 家族
Actin ̄F CTGGTGATGGTGTGTCTCACAC
成员 的 检 测 引 物 见 表 1ꎬ 具 体 反 应 体 系 按 照
Actin ̄R GTTGTCTCATGGATTCCAGGAG
miRcute 增强型 miRNA 荧光定量检测试剂盒说明
U6 ̄F CGATAAAATTGGAACGATACAGA
书进行ꎬ每个样本 3 次重复ꎬ在 CFX96 (BIO ̄RAD)
U6 ̄R ATTTGGACCATTTCTCGATTTGT
定量 PCR 仪 上 进 行 扩 增ꎬ 运 行 程 序 为 95 ℃ 15
DLAP2(通) ̄F CTCACCACACCAAACACTTGTTG
minꎻ94 ℃ 20 sꎬ60 ℃ 34 sꎬ40 个循环ꎻ溶解曲线分
DLAP2(通) ̄R GTCTGACCCGGTTAGGCTCAT
析为 65 ℃ 5 sꎬ 95 ℃ 0.5 sꎮ
DLmiR172d ̄F GCAGAATCTTGATGATGCTGCAG
采用 RNA 提取试剂盒( 北京全式金生物技术
DLmiR172b ̄F GGAATCTTGATGATGCTGCAT
股份有限公司) 提取油菜根、叶和花的总 RNAꎬ并
DLmiR172a ̄F GCAGAATCTTGATGATGCTGCAT
合成 cDNA 第一链ꎮ 以 cDNA 为模板ꎬ以 Actin 为
DLmiR172c ̄F GCAGAATCTTGATGATGCTGCAT
内参基因ꎬ采用 TaKaRa 公司[ 宝生物工程( 大连)
DL ̄pre ̄miR172c ̄F GCCGGTAG TTGCAGATGC
有限 公 司] TB Green Premix Ex Taq 试 剂 盒 进 行
DL ̄pre ̄miR172c ̄R GCTGATG CAGCATCATCAAG
qRT ̄PCR 实验ꎬ检测 AP2 基因和 pre ̄miR172 表达
DL ̄pre ̄miR172d ̄F CCGTAGATTCCCTTCCTCTTTC
情况ꎬ具体所用引物见表 1ꎮ 参照说明书按照 25
DL ̄pre ̄miR172d ̄R GAACGCATCATCACAAACCC
μL 体系进行配液ꎬ每个样本 3 次重复ꎬ在 CFX96
DL ̄pre ̄miR172b ̄F TGGCTTTCTGAATCCTCTTCC
(BIO ̄RAD)定量 PCR 仪上进行扩增ꎬ程序为 95 ℃
DL ̄pre ̄miR172b ̄R GATGCTGCATCTGCAACTACC
30 sꎻ95 ℃ 5 sꎬ55 ℃ 30 sꎬ40 个循环ꎻ溶解曲线分
DL ̄pre ̄miR172a ̄F GGATCCGTTGAAGAAAGCTCA
析为 65 ℃ 5 sꎬ95 ℃ 0.5 sꎮ
DL ̄pre ̄miR172a ̄R GCCGTCG GTTGTTGATGC
1.6 油菜 pre ̄miR172 家族成员二级结构分析
通过 RNAfold( http: / / rna.tbi.univie.ac.at/ / cgi ̄
bin / RNAWebSuite / RNAfold. cgi) 在 线 网 站 分 析 油 于 25 ℃条件下避光培养过夜ꎬ然后转移至 25 ℃ꎬ光
菜 pre ̄miR172 家族成员ꎬ在默认参数条件下ꎬ预测 周期 16 h / 8 h 条件下培养 3 d 后取样ꎬ对 miR172 和
其二级结构和自由能ꎮ AP2 基因进行 qRT ̄PCR 检测ꎬ具体方法同上ꎮ
1.7 Pre ̄miR172 过表达对成熟 miR172 及 AP2 基 1.8 数据处理
因的影响 1.8.1 相关性分析 通过 Excel 软件分别对油菜
1.7.1 构建 pre ̄miR172 过表达载体 为鉴定 pre ̄ AP2 和 miR172 家 族 以 及 miR172 家 族 和 pre ̄
miR172 对 miR172 成熟体表达水平的影响ꎬ克隆 miR172 家族进行相关性分析ꎬ在 P<0.05 的条件
pre ̄miR172 前体序列(包含发夹区域上下游各 100 下ꎬ相关系数 r 绝对值越接近 1ꎬ相关性越强ꎮ 0≤
bp 区域序列)ꎬ并在序列 5′端引入酶切位点 XhoIꎬ | r | ≤0.5ꎬ基本不相关或低度相关ꎻ0.5< | r | ≤0.8ꎬ
3′端引入 EcoRI 酶切位点ꎮ 经过 XhoI 和 EcoRI 双 显著相 关ꎻ0. 8 < | r | < 1ꎬ 高 度 相 关ꎻ | r | = 1ꎬ 完 全
酶 切 分 别 处 理 质 粒 pGreen _ GUS _ competitor 相关ꎮ
(addgene ID 55208) 和含 pre ̄miR172 序列的 T 载 1.8.2 差异显著性分析 利用 Microsoft Excel 2010
体ꎬ将 pre ̄miR172 连接到 pGreen_GUS_competitor 对实验所得数据进行单因素方差分析ꎬ计算所得 P
上ꎬ构建过表达载体ꎮ 将已构建的过表达载体( 实 值小于 0.05 为差异显著ꎮ
验组) 和空载体 pGreen_GUS_competitor( 对照组)
分别转化至农杆菌 GV3101(成智博等ꎬ2019)ꎮ 2 结果与分析
1.7.2 农杆菌瞬时侵染油菜子叶及体内验证实验
将实验组和对照组的农杆菌分别进行瞬时侵染油 2.1 油菜中 AP2 基因的鉴定
菜子叶ꎬ 具体方法参照谭小力等 (2012)ꎮ 侵染后 油菜基因组来源于白菜和甘蓝的杂交ꎬ选择