Page 57 - 《广西植物》2020年第1期

１ 期 金鑫等: 基于 ５ ９９３ 个核基因的被子植物系统发育关系研究 ５ ３

Ａ. 每个同源基因家族含有的基因数目ꎻ Ｂ. 每个样品含有的同源基因家族数目ꎮ
Ａ. Ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｅａｃｈ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙꎻ Ｂ. Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｅａｃｈ ｓａｍｐｌｅ.
图 ３ ５ ９９３ 个聚类的同源基因家族
Ｆｉｇ. ３ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ５ ９９３ ｉｎｆｅｒｒｅｄ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｉｅｓ

得最终 的 分 化 时 间 树ꎮ 拓 扑 结 构 的 枝 长 使 用 ２０１７)ꎻＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ 与 Ｐｏｐｕｌｕｓ ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａ 间
ＪＯＮＥＳ＋ｇａｍｍａ 碱基替换模型获得ꎻｒｇｅｎｅ ｇａｍｍａ 设 分化时间为 ９７ 百万年至 １０９ 百万年前( Ｋｕｍａｒ ｅｔ
定为 Ｇ(１ꎬ ４.５)ꎻｓｉｇｍａ２ ｇａｍｍａ 设定为 Ｇ(１ꎬ ４.５)ꎻ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎻ豆目(Ｆａｂａｌｅｓ)与壳斗目( Ｆａｇａｌｅｓ) 间分
ｃｌｏｃｋ 设定为 ３ꎻＭａｒｋｏｖ ｃｈａｉｎ Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ( ＭＣＭＣ) 化时间为 ９３.５ 百万年前( Ｆｒｉｉｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９６)ꎻ山茱
设定为 ｂｕｒｎｉｎ ＝ ５０ ０００ꎬ ｓａｍｐｆｒｅｑ ＝ １００ꎬ ｎｓａｍｐｌｅ ＝ 萸目( Ｃｏｒｎａｌｅｓ) 共同祖先为 ８５.８ 百万年前( Ｔａｋａ￣
１０ ０００ꎮ 对每个基因ꎬ都是分别运行两次独立的 ｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００２)ꎻ唇形目( Ｌａｍｉａｌｅｓ) 共同祖先为
ＭＣＭＣ(即不同的 ｒａｎｄｏｍ ｓｅｅｄｓ)ꎬ使用 Ｔｒａｃｅｒ ｖ１.７ ４４.３ 百万年前(Ｃａｌｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９２)ꎮ
软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｇｉｔｈｕｂ. ｃｏｍ / ｂｅａｓｔ － ｄｅｖ / ｔｒａｃｅｒ /
ｒｅｌｅａｓｅｓ/ ｔａｇ / ｖ１.７.１ ) 观察运行结果是否稳定和收 ２ 结果与分析
敛ꎬ所有节点及参数的 ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｓａｍｐｌｅ ｓｉｚｅ 是否大
于 ２００ꎮ 九个化石校准设定如下:银杏分化时间为 ２.１ 直系同源基因鉴定
２９０ 百万年至 ３１０ 百万年前( Ｇａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９８９)ꎻ单 我们对 ４４ 个植物基因组基因集和 ４５ 个已拼
子叶植物和真双子叶植物分化时间为 １３０ 百万年 接转录 组 ＣＤＳ 序 列 进 行 同 源 基 因 聚 类ꎬ 并 使 用
至 ２００ 百万年前(Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎻ真双子叶植 Ｙａｎｇ ＆ Ｓｍｉｔｈ(２０１４)报道的方法ꎬ去除所有旁系同
物共同祖先( 即最早的双子叶植物化石记录) 为 源基因ꎬ最终获得大于 ５０ 个样品的 ｏｎｅ－ｔｏ－ｏｎｅ 基

１２５ 百 万 年 前 ( Ｈｅｒｅｎｄｅｅｎꎬ １９９５ꎻ Ｚｅｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ 因家族(即每个样品最多一条序列) 共５ ９９３个( 图
２０１４)ꎻ山龙眼目( Ｐｒｏｔｅａｌｅｓ) 的共同祖先为 １０８.８ ３:Ａ)ꎬ 各 种 植 物 的 基 因 覆 盖 率 从 ３３. ５７％ 到
百万年前(Ｃｒａｎｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９６)ꎻ葡萄目( Ｖｉｔａｌｅｓ) 与 ９７.８５％ꎬ平均为 ８０.４０％(图 ３:Ｂ)ꎮ

其余蔷薇类植物间分化时间为 １０５ 百万年至 １１５ ２.２ 系统发育进化树构建
百 万 年 前 ( Ｆａｗｃｅｔｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９ꎻ Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ 我们采用串联和溯祖法共构建了 ２０ 棵进化