Page 143 - 《广西植物》2021年第6期

ᤃ 期 董晨等᧥ 荔枝果实酸性转化酶 ᒦዞ୒ዛᧇ 生物信息学和表达分析 ँ ँ ϟ
ቝ۪ᓂᆍዹ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ঎ ዹ༁ᤦᔽᆍ঎ ༁ᢼᡷࣼ঎ ᔀʛࣼ঎ ዹႿᣰ ᤦᔽᆍᔽႿ஦ᣰ ۪᤟ᑕႿᡷ᥋
ቝࣼ᤟ᡷᔽᣰ ɯ分析ଫᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白的二级结构预测通过在线工 ԰জ 结果与分析
具 ୩ᨃ۪ᥘዶ ୩ጶऊᨃશ᧕ዶ኏ɟ ୩ఋ኏ВऊఋВ኏ጶ ۪኏ጶ᧕᧧ऊఋ᧧ᨃશ
ᥘጶఋ̀ᨃ᧕ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ Ⴟᡱ༁ᑕ᥋ᡱʢᑕᤦᔽ঎ ᔽᤦዹᡱ঎ ஦ʢᣰ ዹ੫ᔽ᥋ᤦᔽႿᣰ Ⴟᡱ༁ᑕ ᡸ ԣॹϓ ᒦዞ୒ዛᧇ 蛋白基本理化性质和二级结构分析
ᑕࣼᡷᆍቝᑕᡷ঎ᡱ᤟ᥳ ᡱᑕ ੫ᔀ ᢉ Ⴟᡱ༁ᑕᡸ༁ᆍᡱቝᑕ঎ၤᡷቝ᤟ɯ进行ଫᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋 通过 ጶ଴۪ዶ୩ɟ 预测 ᓂዹ୩ዶ᧧ 的基本理化性质ᖔ
白的 亲疏水性通过在线软件 ጶ଴۪ዶ୩ɟ ۪ʢᆍᡷ୩ዹᑕ᤟ᔀ ᓂዹ୩ዶ᧧ 编码 ᤃ࿗ሕ 个氨基酸ᖔ 蛋 白的分子量为
ྉၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ औᔀᤦ঎ᔀ଴ᡱᑕ༁ᢃ঎ᆍʢ੫ᣰ ᡱʢᆍᡷ༁ዹᑕ᤟ᔀᣰ ɯ分析ଫᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白 Ꭾ԰ ԡԡጢ঎ϟऐᖔ分子方程式为 ऊ ̀ શ ᨃ ୩ ᖔ理论
ሕ԰Ꭾԡ ࿗ँ࿗࿗ ऐጢԡ ँᤃ԰ ϟ࿗
信号肽预测通过在线工具 ୩ᔽ੫Ⴟᑕ᧧۪ ࿗঎ϟ ୩ᔀʢ׹ᔀʢ ྉၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ 等电点为 ጢ঎ϟऐᖔ半衰期为 ሕԡ ၤᖔ不稳定指数为 ሕँ঎ሕԡᖔ
औऔऔ঎ዹᤦ༁঎ʛᡷࣼ঎ʛҴᣰ ༁ᔀʢ׹ᔽዹᔀ༁ᣰ ୩ᔽ੫Ⴟᑕ᤟۪ ᣰ ɯ 分析ଫᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白 为稳定蛋白ᖔ脂肪指数为 ऐሕ঎ᤃँᖔ亲水性的平均值为
的跨膜结构通过在线软件 ఋᥘ̀ᥘᥘ ୩ᔀʢ׹ᔀʢ ׹঎ ԰঎ ԡ ͱԡ঎԰ᤃ԰ᖔ为亲水蛋白ᤥᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白的氨基酸组成中
ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ঎ ዹᤦ༁঎ ʛᡷࣼ঎ ʛҴᣰ ༁ᔀʢ׹ᔽዹᔀ༁ᣰ ఋᥘ̀ᥘᥘᣰ ɯ 分析ଫ 亮氨酸ྉᓂᔀࣼɯ含量最高ᖔ为 ँ঎԰ᠮଫ而半胱氨酸ྉऊᢃ༁ɯ
ᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白的磷酸化位点采 用 在 线 软 件 શᔀᡷ۪ၤᆍ༁ 含量最低ᖔ为 ԡ঎ጢᠮᤥ 从整个氨基酸带电荷情况来
ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ঎ ዹᤦ༁঎ ʛᡷࣼ঎ ʛҴᣰ ༁ᔀʢ׹ᔽዹᔀ༁ᣰ શᔀᡷ۪ၤᆍ༁ᣰ ɯ 分析ଫ 看ᖔ带负电荷氨基酸残基ྉዶ༁ᡱշ᥈᤟ࣼɯ 总数为 Ꭾϟ 个ᖔ
ᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白的保守结构域利用在线工具 શऊା᧧ 带正电荷氨基酸残基ྉዶʢ੫ շᓂᢃ༁ɯ 总数为 ࿗Ꭾ 个ྉ 图
ऊᨃશ୩ጶ኏჆ጶ᧕ ᧕ᆍቝᑕᔽႿ ዶʢዹၤᔽᡷᔀዹᡷࣼʢᔀ ኏ᔀᡷʢᔽᔀ׹ᑕ᤟ ఋᆍᆍ᤟ ϟɯᤥ ۪᤟ᑕႿᡷ᥋ቝ۪ᓂᆍዹ 预测亚细胞定位 ᓂዹ୩ዶ᧧ 定位于液
ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ औऔऔ঎ Ⴟዹᤦᔽ঎ Ⴟ᤟ቝ঎ Ⴟᔽၤ঎ ੫ᆍ׹ᣰ ୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀᣰ ᤟ᔀ଴ᔽႿ੫ᡷᆍႿᣰ 泡ᤥᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白质二级结构由 ም᥋螺旋ܦᏇ᥋折叠ܦ无规
᤟ᔀ଴ᔽႿ੫ᡷᆍႿ঎ዹ੫ᔽᥳ ዹቝʛ ᢉ ʢᡱ༁ɯ 分析ᖔ通过 શऊା᧧ ᤦ᤟ᑕ༁ᡷ 比较 则卷曲和延伸链组成ྉ图 ԰ɯᖔ其中ᖔ无规则卷曲比例
荔枝酸性转化酶 ᓂዹ୩ዶ᧧ 序列的同源性ᖔ进一步利用 最高 ྉ ሕጢँ ᑕᑕᖔ ጢጢ঎ऐሕᠮɯᖔ 其次为延伸链 ྉ ϟጢ԰ ᑕᑕᖔ
ऊ᤟ࣼ༁ᡷᑕ᤟଴ ϟ঎ऐሕ 软件对候选序列进行多重序列比对后采 ԰ሕ঎ᤃ࿗ᠮɯܦም᥋螺旋ྉँ࿗ ᑕᑕᖔ ϟ࿗঎ᤃ԰ᠮɯᖔᏇ᥋折叠比例最低
用 ᥘጶ᥈ዶᤃ঎ԡ 软件 શᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋ȮᆍᔽႿᔽႿ੫ 法构建系统进化 ྉሕऐ ᑕᑕᖔጢ঎ँϟᠮɯᤥ

树ᖔ分析与其他物种的亲缘关系ᤥ
ϓॹᇺ 荔枝酸性转化酶 ᒦዞ୒ዛᧇ 不同组织和果实发育
阶段表达分析
采集ጸ妃子笑ᆥ 不同组织样品ᖔ采集新抽梢的

幼叶ܦ老熟梢的成熟老叶ܦ花期雄蕊ܦ雌蕊ܦ幼根ܦ
成熟果的果皮ܦ果肉和种子ଫ果实不同发育阶段表

达分析采集果肉开始时间为 ԰ԡϟँ 年 ࿗ 月 ϟϟ 日ྉϟ
周ɯᖔ每周取样ᖔ直到果实成熟 ԰ԡϟँ 年 ጢ 月 ሕԡ 日
ྉऐ 周ɯᖔ共 ऐ 周ଫ经液氮速冻后置ͱऐԡ ቩ 冰箱保存

备用ᤥ 不同组织 ኏શዶ 提取使用华越洋植物 ኏શዶ
提取试剂盒ᖔ利用 ᥘ᥋ᥘᓂ჆ 逆转录酶 ྉ ఋᑕ᣽ᑕ኏ᑕ 公
司ɯ合成 ዹ᧕શዶ 第一链ᤥ ᒦዞ୒ዛᧇ 荧光定量引物序列 图 ϟজ ᓂዹ୩ዶ᧧ 氨基酸组成
èᔽ੫঎ ϟজ ᓂዹ୩ዶ᧧ ᑕቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ዹᆍቝᡱᆍ༁ᔽᡷᔽᆍႿ
为 ᒦዞ୒ዛᧇ ीèۼ ጢࣕ᥋ఋऊዶ᥈ऊዶ᥈᥈ఋ᥈ዶ᥈᥈ዶዶ᥈ዶዶ᥈᥈᥋
ሕࣕᖔ ᒦዞ୒ዛᧇ ी኏ጶ ጢࣕ᥋ఋऊዶ᥈᥈ዶ᥈ऊऊዶዶఋ᥈ఋఋ᥈ዶऊऊఋ᥋ሕࣕଫ
ᒦዞዛዞᡙᔠႥèۼ ጢࣕ᥋᥈ఋ᥈᥈ఋఋऊఋዶऊఋዶఋ᥈ఋఋऊऊऊఋ᥈ᖔᒦዞዛዞᡙᔠႥ᥋ 通过在线软件 ۪ʢᆍᡷ୩ዹᑕ᤟ᔀ 对 ᓂዹ୩ዶ᧧ 进行亲水ᣰ 疏
኏ጶ ጢࣕ᥋ऊఋऊ᥈ఋऊ᥈ఋዶऊఋऊዶఋऊऊఋఋఋ᥈ᖔ引物序列委托 水性分析ྉ算法᧥ ᣽ᢃᡷᔀ ᪲ ᧕ᆍᆍ᤟ᔽᡷᡷ᤟ᔀᖔ 其中ᖔᢦԡ 表示疏
广州艾基生物技术有限公司合成ᤥ 使用仪器 ኏ᆍዹၤᔀ 水性ᖔ 数值越大蛋白疏水性越强ଫጐԡ 表示亲水性ᖔ
࿗ऐԡ ֒ᖔ୩ɟା኏ ۪ʢᔀቝᔽ଴ ጶ଴ ఋᑕीఋᥘ ྉ ఋᑕ᣽ᑕ኏ᑕɯ 试剂盒ᖔ 数值越大蛋白亲水性越强ɯᤥ 整体分析结果表明ᖔ
采用 ँᤃ 孔板ᖔी኏ఋ᥋۪ऊ኏ 反应体系为 ԰ԡ ဂᓂᖔ۪ऊ኏ 产 ᓂዹ୩ዶ᧧ 蛋白存在明显的疏水区和亲水区ᖔ虽然蛋白
物的长度为 ԰ԡԡ ᤦᡱᤥ 荧光定量 ۪ऊ኏ 的反应程序如 多肽链的第 ࿗ሕ 位ܦ第 ࿗࿗ 位氨基酸得分ྉሕ঎ϟጢᤃɯ比第
下᧥ँ࿗ ቩ 预变性 ԰ ቝᔽႿଫ ँ࿗ ቩ ϟጢ ༁ᖔ ጢऐ ቩ ሕԡ ༁ᖔᎮ԰ ሕँጢ 位的最低值ྉͱ԰঎ᤃऐँɯ要高ᖔ但是ᖔ亲水性氨基酸
ቩሕԡ ༁ᖔ 共 ࿗ԡ 个循环ᤥ 每个样品进行 ሕ 次重复ᤥ 采 数目ྉሕँ԰ 个ɯ比疏水性氨基酸要多ྉ԰࿗ሕ 个ɯᖔ结果
ͱ᪵᪵ऊఋ
用 ԰ 法计算目标基因相对表达量ᤥ 与一级结构预测一致ᖔ为亲水性蛋白ᤥ