Page 48 - 《广西植物》2023年第11期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｎｏｖ. ２０２３ꎬ ４３(１１): ２００８－２０２３
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２１２０４６
李娟ꎬ 童家赟ꎬ 范智超ꎬ 等ꎬ ２０２３. 桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４３(１１):
２００８－２０２３.
ＬＩ Ｊꎬ ＴＯＮＧ ＪＹꎬ ＦＡＮ ＺＣꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｕｓ Ａｕｃｕｂａ
[Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４３(１１): ２００８－２０２３.
桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析
李 娟ꎬ 童家赟ꎬ 范智超ꎬ 童 毅 ∗
( 广州中医药大学 中药学院ꎬ 广州 ５１０００６ )
摘 要: 为确定桃叶珊瑚属(Ａｕｃｕｂａ)植物叶绿体基因组的结构及其序列变异ꎬ揭示其属下种间亲缘关系ꎬ
该研究对桃叶珊瑚(Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ)、花叶青木(Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ)等 ６ 种桃叶珊瑚属植物和丝缨花属植
物黄杨叶丝缨花(Ｇａｒｒｙａ ｂｕｘｉｆｏｌｉａ)进行二代测序ꎬ利用生物信息学软件对其叶绿体基因组序列进行组装和
注释ꎬ并进行基本特征分析、序列比较以及系统发育分析ꎮ 结果表明:(１)桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组具
典型的环状四分体结构ꎬ６ 条序列全长 １５７ ８９１ ~ １５８ ３２５ ｂｐꎬ均编码 １１４ 个基因ꎬ包括 ８０ 个蛋白质编码基
因、３０ 个 ｔＲＮＡ 基因和 ４ 个 ｒＲＮＡ 基因ꎮ (２)６ 种植物叶绿体基因组高频密码子数均为 ２９ 个ꎬ偏好以 Ａ / Ｕ 结
尾ꎬ确定了这 ６ 条序列的最优密码子共 １００ 个ꎬ包含 １２ 个共有的最优密码子ꎮ (３)６ 条叶绿体基因组序列共
检测到 ２７０ 条散在重复序列ꎬ１３３ 条串联重复序列以及 ４１２ 个 ＳＳＲ 位点ꎮ (４)比较基因组学分析结果表明ꎬ
该属植物叶绿体基因组序列高度保守ꎮ (５)从叶绿体基因组中筛选出 １０ 个高变片段ꎮ (６) 系统发育分析
结果显示支持桃叶珊瑚属为一个支持率较高的单系ꎬ与丝缨花属关系较近ꎮ 该研究中的 ５ 种桃叶珊瑚属植
物以及 １ 种丝缨花属植物的叶绿体基因组均为首次测序组装ꎬ揭示了桃叶珊瑚属及其属下种间的系统发育
关系ꎬ为桃叶珊瑚属植物的分类鉴定和系统发育提供了参考资料ꎮ
关键词: 桃叶珊瑚属ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 序列变异ꎬ 重复序列ꎬ 密码子偏好性ꎬ 系统发育分析
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２３)１１￣２００８￣１６
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ
ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｕｓ Ａｕｃｕｂａ
∗
ＬＩ Ｊｕａｎꎬ ＴＯＮＧ Ｊｉａｙｕｎꎬ ＦＡＮ Ｚｈｉｃｈａｏꎬ ＴＯＮＧ Ｙｉ
( Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ ５１０００６ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｔｏ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ ｔｈｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｇｅｎｕｓ Ａｕｃｕｂａ ａｎｄ ｔｏ ｒｅｖｅａｌ
ｔｈｅｉｒ ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐꎬ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ａｎｄ Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ
ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ ａｓ ｗｅｌｌ ａｓ Ｇａｒｒｙａ ｂｕｘｉｆｏｌｉａ ｗｅｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｕｓｉｎｇ ｎｅｘｔ￣ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ. Ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｇｅｎｏｍｅｓ ｗｅｒｅ ａｓｓｅｍｂｌｅｄ ａｎｄ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｕｓｉｎｇ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｓｏｆｔｗａｒｅ. Ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓꎬ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ
收稿日期: ２０２３－０２－２３
基金项目: 广州中医药大学“青年英才培养工程”项目(ＱＮＹＣ２０１９０１０５)ꎻ 国家自然科学青年科学基金(３１７００１６６)ꎻ ２０１９ 年医疗
服务与保障能力提升补助资金(中医药事业传承与发展部分)“全国中药资源普查项目”(财社〔２０１９〕３９ 号)ꎮ
第一作者: 李娟(１９９８－)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为药用植物分类与系统发育、植物条形码ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)１２９８１９４０７１＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 童毅ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ研究方向为药用植物分类与中药资源学ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｔｏｎｇｙｉ＠ ｇｚｕｃｍ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
