Page 108 - 《广西植物》2021年第2期
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期 沈宗芳等᧥ 槲蕨属叶绿体基因组密码子偏好性分析 Ꭾ ϟ
值 Џྉጶશऊ 期望ͱጶશऊ 实际ɯᣰ ጶશऊ 期望 统计基因
ጶશऊ 的分布频数ྉ 表 ɯᖔ大部分基因的 ጶશऊ 频数
集中于ͱԡϟ ጲ ԡϟ 之间ᖔ进一步表明大部分基因的
ጶશऊ 值与 ጶશऊ 期望值差异较小ᖔ突变对编码基因
密码子偏好性影响较大ᤥ
ԣॹ 最优密码子确定
对三种槲蕨叶绿体基因组编码基因的 ጶશऊ 值
进行排序后ᖔ先从两端各选取 ϟԡᠮ的基因建立高ܦ
低表达基因库ᖔ然后计算两个表达库中密码子的
୩ऊВ 值和两个库中的 ᪵୩ऊВ 值 ྉ᪵୩ऊВ ᢉ
୩ऊВ 高表达 ͱ୩ऊВ 低表达 ɯᖔ以 ᪵୩ऊВᢦԡԡऐ 为标准筛
选高表达密码子ᖔ以高表达密码子和高频密码子
ྉ୩ऊВᢦϟɯ共有的密码子作为最优密码子ᖔ结果如
图 ጢ 所示ᤥ 从图 ጢ 可以看出ᖔ川滇槲蕨 ࿗ 个高表
达密码子ᖔ其中 ऐ 个以 ዶ 结尾ᖔᤃ 个以 ऊ 结尾ᖔ两个
以 ᥈ 结尾ᖔऐ 个以 В 结尾ᖔ最优密码子有 ϟ 个ᖔ分
别是 ВВ᥈ܦ ВऊВܦ ऊऊВܦ ዶऊВܦ ᥈ऊВܦ ᥈ऊዶܦ ऊዶዶܦ
ዶዶዶܦ᥈ዶВܦ᥈ዶዶܦВ᥈В 和 ᥈᥈Вଫ栎叶槲蕨 ऐ 个高
表达密码子ᖔ其中 ऐ 个以 ዶ 结尾ᖔᤃ 个以 ऊ 结尾ᖔ一
个以 ᥈ 结尾ᖔϟሕ 个以 В 结尾ᖔ最优密码子有 ϟԡ
个ᖔ 分别是 ВВዶܦ ऊዶዶܦ ዶዶዶܦ ዶВВܦ ᥈ВВܦ ВऊВܦ
ዶऊВܦ᥈ऊВܦВዶВܦዶዶВܦ᥈ዶВଫ槲蕨 ሕ 个高表达密
码子ᖔ其中 ࿗ 个以 ዶ 结尾ᖔϟԡ 个以 ऊ 结尾ᖔँ 个以
В 结尾ᖔ最优密码子只有 ሕ 个ᖔ分别是 ВВዶܦВ᥈ऊܦ
ዶВВᤥ 川滇槲蕨和栎叶槲蕨有 ᤃ 个相同的最优密
码子ᖔ栎叶槲蕨和槲蕨有 个相同的最优密码子ᖔ
而川滇槲蕨与槲蕨并无相同的最优密码子ᤥ
图 ࿗জ ጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ 绘图分析
ሕজ 讨论与结论
èᔽ੫ ࿗জ ዶႿᑕᢃ༁ᔽ༁ ᆍ ጶશऊ᥋ᡱᆍᡷ ྉጶશऊ ᑕࣼᔀ ᑕ੫ᑕᔽႿ༁ᡷ ᥈ऊሕɯ
表 ԣই ጛટࣷ 比值频率分布 川滇 槲 蕨ܦ 栎 叶 槲 蕨 和 槲 蕨叶绿体基因组
ఋᑕᤦᔀ জ ᧕ᔽ༁ᡷʢᔽᤦࣼᡷᔽᆍႿ ᆍ ጶશऊ ʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ ʢᑕᡷᔽᆍ
ጶશऊ 值分别是 ጢᎮऐܦጢऐԡሕ 和 ጢᎮँᤃᖔ其叶绿体基
川滇槲蕨 栎叶槲蕨 槲蕨
ᦵʗᡥႥᐹʗᔠᐹ ʐᐹᤀᓣצᓣᡥᔠ ᦵॹ फࣩᓣʗዞᔠஏᅳᤀᔠᐹ ᦵॹ ʗᅳᅳᔠᔠ 因组编码基因的 ጶશऊ 值都大于 ࿗ԡᤥ 密码子偏好
组限
ऊᑕ༁༁ 性判定标准ᖔ以 ጶશऊ 值低于 ሕጢ 的为强偏好性密码
ᤦᆍࣼႿʛᑕʢᢃ 数目 频率 数目 频率 数目 频率
èʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ èʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ èʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ
શࣼቝᤦᔀʢ શࣼቝᤦᔀʢ શࣼቝᤦᔀʢ 子ᖔ高于 ሕጢ 的为弱偏好性密码子 ྉ ȮᔽᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕᖔ
ྉᠮɯ ྉᠮɯ ྉᠮɯ
ԡԡऐɯᤥ 这说明川滇槲蕨ܦ栎叶槲蕨和槲蕨叶绿体
ͱԡϟጲ ԡ ϟϟ ԡᎮጢ ϟ ϟ࿗ ᤃ࿗
基因组的密码子偏好性较弱ᤥ
ԡ ጲ ԡϟ ሕጢ ᤃᤃԡ࿗ ሕጢ ᤃ࿗ऐϟ ሕϟ ጢऐ࿗ँ
自然选择和突变是影响密码子使用偏好性的
ԡϟጲ ԡ ጢ ँ࿗ሕ ࿗ Ꭾ࿗ϟ ጢ ँ࿗ሕ
ԡጲ ԡሕ ϟ ϟऐँ ሕᎮԡ ϟ ϟऐँ
重要因素ྉ ୩ၤᑕʢᡱ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟϟଫ 石元豹等ᖔԡϟऐɯᖔ
ԡሕጲ ԡ࿗ ϟ ϟऐँ ϟ ϟऐጢ ϟ ϟऐँ
ጶશऊ 值与期望 ጶશऊ 值差异越小ᖔ说明突变对密码
