豆科系统分类的最新修订将含羞草亚科并入广义云实亚科,但其可靠性仍需多遗传系统的独立验证。为了阐明云实亚科代表类群老虎刺(Pterolobium punctatum)的叶绿体基因组特征及其系统发育位置,该研究利用Illumina测序技术组装并注释了老虎刺叶绿体基因组,分析了其密码子偏好性; 同时,联合19个近缘物种进行比较基因组学研究,并整合云实亚科代表物种的基因组数据进行系统发育重建及分化时间估算。结果表明:(1)老虎刺叶绿体基因组全长159 063 bp,编码128个基因,呈现典型的环状四分体结构,反向重复(IR)区GC含量(42.61%)显著高于单拷贝区。(2)比较基因组学分析显示,老虎刺及其近缘物种IR/SC边界呈现动态演变,以A/T碱基为主导的单核苷酸简单重复序列是最常见的SSR类型。(3)密码子偏好性分析显示,自然选择是主要驱动力,并筛选出 ycf1 等高变区作为潜在DNA条形码。(4)系统发育分析强烈支持老虎刺与阿拉伯金合欢印度亚种(Vachellia nilotica subsp. indica)互为姐妹群,从叶绿体基因组层面为豆科新分类系统提供了关键验证; 分化时间估算表明老虎刺属分化于渐新世-中新世过渡期(约24.09百万年前)。该研究系统解析了老虎刺叶绿体基因组特征,确证了其在广义云实亚科中的系统位置,为理解叶绿体基因组结构进化及云实亚科资源的保护利用提供了重要的科学依据。阎侃-老虎刺叶绿体基因组解析及其对豆科新分类系统的验证