Page 180 - 《广西植物》2021年第9期
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ϟ ጢ Ꭾ ऐ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
对其编码蛋白序列ܦ保守结构域和进化关系进行 论等电点和相对分子质量ଫ采用 ᧕શዶᥘዶશᤃ 软件进
初步分析ᖔ同时ᖔ也对 ᤹ᓣ̵Þϟԡ 在干旱胁迫ܦዶାዶ 行序 列 比 对ଫ 利用 ᥘጶ᥈ዶᣮ 中的 શᔀᔽ੫ၤᤦᆍʢ᥋ȮᆍᔽႿᔽႿ੫
处理和 ۪۪᧕ 过程中的表达模式进行分析ᖔ为研究 ྉશȮɯ法构建进化树ଫ采用 ۪ʢᔽቝᔀʢ ጢԡ 软件设计引物ଫ
᤹ᓣ̵Þϟԡ 基因功能及抗逆分子机理提供参考ᤥ 利用 ۪ᑕႿᡷዹᑕʢᔀ 进行启动子元 件 分 析 ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ
ᤦᔽᆍᔽႿᆍʢቝᑕᡷᔽዹ༁ᡱ༁ᤦࣼ੫ᔀႿᡷᤦᔀᣰ औᔀᤦᡷᆍᆍ༁ᣰ ᡱᑕႿᡷዹᑕʢᔀᣰ ၤᡷቝᣰ ɯᤥ
ϟজ 材料与方法 ϓॹጇ 基因的表达分析
将相应处理的样品提取 શዶᖔ建库并测序ᖔ这
ϓॹϓ 材料 部分工作由上海美吉生物技术有限公司完成ᤥ 测
本 研究选用的木 薯材料为 ୩ऊϟ࿗ 品种 序平台是 ᧧ࣼቝᔽႿᑕ ᥈ዶ᧧᧧ ྉ᧧ࣼቝᔽႿᑕᖔ ୩ᑕႿ ᧕ᔽᔀ੫ᆍᖔ ऊዶᖔ
ྉ᤹ᐹႥᔠ၊ᅳᡙ ᓣዞࣩᤀᓣႥᡙᐹ ዹ ୩ऊϟ࿗ɯᖔ由中国热带农业科 В୩ዶ ɯᤥ 使用 èዶ୩ఋᣮ᥋ᡷᆍᆍҴᔽᡷ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ၤᑕႿႿᆍႿᑕᤦ
学院热带生物技术研究所保存ᤥ 植物 શዶ 提取 ዹ༁ၤᔀʛࣼ ᣰ ᑕ༁ᡷᡸᡷᆍᆍҴᔽᡷᣰ ɯ 移除接头序列和低质量序
试剂盒ྉ货号᧥ ᧕۪࿗ሕᎮɯ 购自天根生化科技有限公 列ଫ 利用 ఋᆍᡱၤᑕᡷ ԡ ྉ ఋʢᑕᡱႿᔀ ᑕႿʛ ۪ᑕዹၤᡷᔀʢ
司ᖔዹ᧕શዶ 反转录试剂盒 ྉ 货号᧥ ϟᤃ ɯ 购自 ᓂ୩ᑕझᤦᔀʢ੫ᖔ ԡԡँɯ 软件将 ዹᔀᑕႿ ʢᔀᑕʛ༁ 和木薯基因组
èᔀʢቝᔀႿᡷᑕ༁ 公司ᤥ۪ऊ 引物由上海生工生物工程股 参考序列 ྉ ᔀʢ༁ᔽᆍႿ ࿗ϟɯ 进行比对ᖔ将比对结果用
份有限公司合成ᤥ ऊࣼᔽႿҴ༁ ྉఋʢᑕᡱႿᔀ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟɯ 来组装转录组数
ϓॹԣ 材料处理 据ᖔ转录本至少存在于两个样本中才保留ᤥዶାዶ
将木薯茎秆切成合适长度的小节ྉ 包含 ሕጲ࿗ 处理ܦ聚乙二醇ྉ ᡱᆍᢃᔀᡷၤᢃᔀႿᔀ ੫ᢃዹᆍᖔ۪ጶ᥈ɯ 处理和
个芽点ɯᖔ将其种入蛭石和营养土比例为 ϟᨒ ϟྉ ᣰ ۪۪᧕ 过程中的基因表达水平使用 è۪ᥘ ྉèʢᑕ੫ቝᔀႿᡷ༁
ɯ的基质中生长ᤥ 待生长约 ᤃԡ ʛ 后ᖔ选取生长状 ᡱᔀʢ Ҵᔽᆍᤦᑕ༁ᔀ ᡱᔀʢ ቝᔽᔽᆍႿ ቝᑕᡱᡱᔀʛ ʢᔀᑕʛ༁ɯ 表示ᤥ
况一致的木薯幼苗作为后续实验材料ᤥ 采用 ԡᠮ
ྉۼ ᣰ ɯ۪ጶ᥈᥋ᤃԡԡԡ 进行干旱模拟处理ᖔ对照植株浇 জ 结果与分析
灌水ᖔ在处理 ԡܦሕܦጢܦᎮ ʛ 后采集木薯叶片样品用液
氮速冻后放入超低温冰箱保存ଫ使用 ϟԡԡ ဂቝᆍኼ ԣॹϓ ᤹ᓣ̵ÞϓԔ 基因的克隆
ᓂ ዶାዶ 进行浇灌ᖔ在处理 ԡܦሕܦጢܦᎮ ʛ 后采集木薯 利用 拟 南 芥 ዛᡙ̵Þऐ 基因 ྉ 登录 号᧥
᥋ϟ
叶片样品用液氮速冻后放入超低温冰箱保存ଫ取 ዶఋሕ᥈࿗ጢԡ ɯ 的蛋白质序列为参考序列ᖔ 在
生育期 ϟԡ 个月的木薯块根ᖔ置于 ጢ ቩ ܦᎮԡᠮ 相对 ۪ၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ 数据库中进行 ାᓂዶ୩ఋᡱ 比对搜索ᖔ得到了
湿度的培养箱内进行暗培养ᖔ分别在 ԡܦᤃܦϟܦ࿗ऐ ၤ 一个 和木薯相似性较高的基因序列 ྉᥘᑕႿᔀ༁
取样ᖔ采集的木薯样品用液氮速冻后放入超低温 ϟᤃ᥈ϟϟᤃԡԡϟɯᤥ 根据该基因设计引物后进行扩增ᖔ
冰箱保存ᖔ每个样品设 ሕ 次生物学重复ᤥ 对目的基因进行测序后得到一个全长为 ϟԡँऐ ᤦᡱ 的
ϓॹᇺ 基因克隆 片段 ྉ 图 ϟɯᖔ 编码 ሕᤃጢ 个氨基酸ᖔ 将其命名为
分别使用 શዶ 提取试剂盒和反转录试剂盒进 ᤹ᓣ̵Þϟԡ 基因ᤥ ᤹ᓣ̵Þϟԡ 基因和参考序列之间存
行 શዶ 提取和 反 转 录ᤥ 根据木薯同源序列 在 ϟ 个碱基差异ᖔ属于同义突变ྉ图 ɯᤥ ᤹ᓣ̵Þϟԡ
ྉ ᥘᑕႿᔀ༁ ԡ᥈ԡऐᎮ࿗ԡԡ ϟ ɯ 设计引物 ྉ۪ϟ᧥ 基因序列含有 ϟ 个内含子和 个外显子ᤥ ᥘᔀ̀୩èϟԡ
ጢࣕ᥋ዶఋ᥈ዶ᥈ऊዶዶዶዶዶዶ᥈ዶ ዶዶዶዶዶዶዶ᥈᥋ሕࣕଫ ۪᧥ 蛋白的分子式预测为 ऊ ̀ શ ᨃ ୩ ᖔ相对分子
ϟᎮँԡ ऐ࿗ँ ጢԡϟ ጢጢϟ ϟᎮ
ጢࣕ᥋ऊఋዶዶዶዶ᥈ऊऊ ዶऊऊዶऊऊఋዶዶዶዶ᥈ऊ᥈᥋ሕࣕɯᖔ 以木薯 量 ࿗ԡ Ꭾ Ҵ᧕ᖔ 理论等电点为 ऐ ϟጢᖔ 不稳定系数为
叶片 ዹ᧕શዶ 为模板进行 ᤹ᓣ̵Þϟԡ 基因扩增ᤥ 扩增 ᤃԡጢᎮᖔ属于不稳定蛋白ᤥ 蛋白的亚细胞定位预测为
产物连接至 ᡱᥘ᧕᥋ϟऐఋ 载体ᖔ转化大肠杆菌并挑选 细胞核ᤥ 蛋白保守结构域分析显示 ᥘᔀ̀୩èϟԡ 包含
阳性单克隆进行测序ᤥ 有 ̀୩è 家族结构域ྉ图 ሕɯᖔ进一步证明克隆得到的
ϓॹ 生物信息学分析 基因为木薯 ̵Þ 基因ᤥ
使用 શऊା᧧ 中的 ାᓂዶ୩ఋᡱ 搜索其他物种中和 ԣॹԣ ᤹ᓣ̵ÞϓԔ 氨基酸序列同源性比对和系统发育
ᥘᔀ̀୩èϟԡ 同源的蛋白质序列ଫ使用 ۪ᑕႿᡷ᥋ቝ۪ᓂᆍዹ 软 分析
件预测亚细胞定位ଫ使用 શऊା᧧᥋ऊ᧕᧕ 数据库预测保 在 શऊା᧧ 数据库中使用 ᤹ᓣ̵Þϟԡ 基因的蛋白
守结构域ଫ通过 ጶ۪ዶ୩ᢃ ۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ 计算蛋白质的理 质序列为探针ᖔ 进行 ାᑕ༁ᡷ 搜索ᖔ 下载同源性较高
