Page 101 - 《广西植物》2023年第10期

１０ 期 张梦洁等: 轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析 １ ８ ５ ５

复序列类型ꎬ大部分位于基因上ꎬ其中ꎬ最大的四
个重复序列均位于 ｙｃｆ２ 基因上ꎮ 在轮叶蒲桃的叶
绿体基因组中检测到 ８４ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ随着基序长
度的增加ꎬＳＳＲ 的频率降低ꎬ具有多态性ꎮ ＳＳＲ 多
态性是由重复单元的伸长或缩短引起ꎬ广泛用于

种群遗传多样性或种群分类分析(Ｘｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４ꎻ
Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)ꎮ 轮叶蒲桃的单核苷酸均为 Ａ /
Ｔ 型ꎬ与蒲桃属的肖蒲桃一致( 邓演文等ꎬ２０２１)ꎮ
由前人研究可知ꎬ从叶绿体基因组中鉴定出的重
复序列和 ＳＳＲ 可以作为未来木材生态学、进化和

追踪研究的宝贵标记(申响保等ꎬ２０２１ꎻ梁燕妮等ꎬ
２０２２)ꎮ
叶绿体基因对于密码子的使用普遍具有偏好
性ꎬ而通过密码子的偏好性能反映物种对外界环
境的选择压力ꎬ在叶绿体基因组的研究中发挥着
重要作用(Ｍｏｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９９ꎻ Ａｓａｆ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎮ
轮叶蒲桃叶绿体基因组中编码亮氨酸的密码子
图 ３ 轮叶蒲桃叶绿体基因组中的 ＳＳＲ 类型和分布
(１ ８４６ꎬ１０.５４％) 使用的频率最多ꎬ编码半胱氨酸
Ｆｉｇ. ３ Ｔｙｐｅｓ ａｎｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＳＳＲ ｉｎ
Ｓｙｚｙｇｉｕｍ ｇｒｉｊｓｉｉ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ 的密码子(１９５ꎬ１.１１％) 使用的频率最少ꎮ 分析表
明ꎬ轮叶蒲桃密码子具有很强的 Ａ / Ｕ 碱基偏性ꎬ与
睡莲、木兰等( 季凯凯等ꎬ２０２０ꎻ 黄祥等ꎬ２０２２) 被
(Ｃｏｒｙｍｂｉａ) 和杯果木属 ( Ａｎｇｏｐｈｏｒａ) 亲 缘 关 系 较
子植物一致ꎮ 这说明在被子植物间密码子偏好性
近ꎮ 在蒲桃属中ꎬ轮叶蒲桃与滇边蒲桃和乌墨亲
具有相似性ꎬ这种相似性的产生或许与自然选择、
缘关系最近ꎬ其次是蒲桃ꎮ
遗传变异或者其他方面有关系ꎮ
虽然蒲桃属植物叶绿体基因组的部分特征与
３ 讨论与结论
其他被子植物基本一致(王玲等ꎬ２０１２)ꎬ但是轮叶
蒲桃和蒲桃属其他物种之间亲缘关系的远近尚不
轮叶蒲桃叶绿体基因组全长 １５８ ５９１ ｂｐꎬ总
明确ꎮ 蒲桃属的 ５ 个物种边界处的基因种类比较
ＧＣ 含量为 ３７.０％ꎬ与已发表的桃金娘科物种叶绿
保守ꎮ 由分析可看出ꎬ轮叶蒲桃与白果蒲桃的边
体基因组( 王雪芹等ꎬ２０２１) 相似ꎮ 轮叶蒲桃完整
界区域比较相似ꎬ可能是具有较为接近的起源时
叶绿体基因组对 Ａ / Ｔ 具有偏好性( 推测可能是因
间(王一麾等ꎬ２０２２)ꎮ ＩＲ 区的收缩和扩张广泛存
为 Ａ / Ｔ 比 Ｇ / Ｃ 更容易解链) ( 左文明等ꎬ２０１９ꎻ赵 在于 ５ 个蒲桃属植物中ꎬ进行进一步的评估可以
祺等ꎬ２０２１)ꎮ 另外ꎬ轮叶蒲桃完整叶绿体基因组
揭示轮叶蒲桃及相关类群的进化演变过程ꎮ
中有 １２９ 个基因被编码ꎬ这些基因中含有蛋白编 在全序列比对分析中ꎬ参试的 ５ 个蒲桃属物种
码基 因 ８４ 个 和 ｔＲＮＡ 基 因 ３７ 个ꎬ 与 邓 演 文 等 间具有较高的相似性ꎬ同时也存在几个变异较大
(２０２１)的研究结果一致ꎬ表明轮叶蒲桃叶绿体基 的区域ꎬ这些区域的差异位点可以应用于种质资
因组相对保守ꎮ 可以根据这一性状推测出易变性 源的鉴定、ＤＮＡ 条形码的开发以及后续其他研究
存在于轮叶蒲桃叶绿体基因组序列ꎬ并且易发生 (Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４)ꎮ 从核苷酸多样性分析可以看
变异ꎮ 出ꎬ变异位点的 Ｐ 值位于 ０.００ ０６７ ~ ０.０１５ 之间ꎬ
ｉ
有研究者发现ꎬ重复序列分析对于分析叶绿 有较高水平的核苷酸多样性ꎬＬＳＣ 区和 ＳＳＣ 区是
体的基因重排、碱基替换、系统发育和基因组进化 轮叶蒲桃叶绿体基因组中会发生高频变异的区
有重 要 的 作 用 ( Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００２ꎻ Ｎｉｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ 域ꎬ这些区间可以作为进化分析的区域( Ｐａｒｋ ｅｔ
２０１２)ꎮ 轮叶蒲桃叶绿体基因组中包含了 ３ 种重 ａｌ.ꎬ ２０１９)ꎬ有助于研究轮叶蒲桃的种间关系ꎮ