Page 143 - 《广西植物》2023年第10期

１０ 期 施晓静等: 基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究 １ ８ ９ ７

不同的颜色表示不同功能的基因ꎮ 粗线表示反向重复区(ＩＲａ 和 ＩＲｂ)的范围ꎬ它们将基因组分为小(ＳＳＣ)和大(ＬＳＣ)单拷贝区ꎮ
内圈基因顺时针方向转录ꎬ外圈基因逆时针方向转录ꎮ 深灰色内圈表示 ＧＣ 含量ꎬ浅灰色表示 ＡＴ 含量ꎮ
Ｃｏｌｏｒｅｄ ｂａｒｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｒｏｕｐｓ. Ｔｈｉｃｋ ｌｉｎｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｔｈｅ ｅｘｔｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｒｅｇｉｏｎｓ (ＩＲａ ａｎｄ ＩＲｂ)ꎬ ｗｈｉｃｈ ｓｅｐａｒａｔｅ
ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｉｎｔｏ ｓｍａｌｌ (ＳＳＣ) ａｎｄ ｌａｒｇｅ (ＬＳＣ) ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ ｒｅｇｉｏｎｓ. Ｇｅｎｅｓ ｄｒａｗｎ ｉｎｓｉｄｅ ｔｈｅ ｃｉｒｃｌｅ ａｒｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｃｌｏｃｋｗｉｓｅꎬ ｗｈｉｌｅ ｔｈｏｓｅ ｏｕｔｓｉｄｅ
ｏｆ ｔｈｅ ｃｉｒｃｌｅ ａｒｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｃｏｕｎｔｅｒ￣ｃｌｏｃｋｗｉｓｅ. Ｔｈｅ ｄａｒｋ ｇｒａｙ ｉｎｎｅｒ ｃｉｒｃｌｅ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｓ ｔｏ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔꎬ ｔｈｅ ｌｉｇｈｔ ｇｒａｙ ｔｏ ＡＴ ｃｏｎｔｅｎｔ.
图 １ １０ 个栽培品全叶绿体基因组物理图谱
Ｆｉｇ. １ Ｐｈｙｓｉｃａｌ ｍａｐ ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｉｎ １０ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ ｖａｒｉｅｔｉｅｓ

的 ｒｐｌ２ 长度均为 １ ４９０ ｂｐꎻｎｄｈＦ 基因距离 ＩＲｂ / ＳＳＣ ２.４ 全叶绿体基因组比对分析
边界 １１３ ~ １１９ ｂｐꎻ所 有 样 品 的 ｙｃｆ１ 基 因 均 横 跨 以黄草乌为参考ꎬ使用 ｍＶＩＳＴＡ 在线工具对
ＳＳＣ 区和 ＩＲａ 区ꎬ并且 ｙｃｆ１ 基因大部分位于 ＳＳＣ 区 １０ 个栽培品的叶绿体基因组进行全序列比对ꎬ以
(４ ０１２ ~ ４ ０２７ ｂｐ)ꎬ均有１ ２８６ ｂｐ 位于 ＩＲａ 区ꎻ在 分析 １０ 个栽培品的叶绿体基因组序列差异ꎮ 由
１０ 个样品中 ＩＲａ / ＬＳＣ 边界均处于 ｒｐｌ２ 和 ｔｒｎＨ 基 图 ４ 可知ꎬ１０ 个栽培品的基因组高度保守ꎬ其中ꎬ
因间ꎬｔｒｎＨ 基因距离 ＩＲａ / ＬＳＣ 边界 １２０ ~ １２６ ｂｐꎮ ＩＲ 区更为保守ꎬ编码区相较于非编码区更保守ꎮ