Page 144 - 《广西植物》2023年第10期

１ ８ ９ ８ 广 西 植 物 ４３ 卷
表 ３ １０ 个栽培品叶绿体基因组基本信息
Ｔａｂｌｅ ３ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ １０ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ ｖａｒｉｅｔｉｅｓ
全叶绿体基因组 大单拷贝区 小单拷贝区 反向重复区 基因数量
Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ＬＳＣ ＳＳＣ ＩＲ Ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ
蛋白质 核糖体 转运
编号 总基因 编码基因 ＲＮＡ ＲＮＡ
Ｎｕｍｂｅｒ 长度 ＧＣ 含量 长度 ＧＣ 含量 长度 ＧＣ 含量 长度 ＧＣ 含量 数量 数量 基因 基因
ＧＣ ＧＣ ＧＣ ＧＣ
Ｌｅｎｇｔｈ Ｌｅｎｇｔｈ Ｌｅｎｇｔｈ Ｌｅｎｇｔｈ Ｔｏｔａｌ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ 数量 数量
ｃｏｎｔｅｎｔ ｃｏｎｔｅｎｔ ｃｏｎｔｅｎｔ ｃｏｎｔｅｎｔ
(ｂｐ) (ｂｐ) (ｂｐ) (ｂｐ) ｎｕｍｂｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｎｕｍｂｅｒ Ｎｕｍｂｅｒ
(％) (％) (％) (％)
ｏｆ ｇｅｎｅｓ ｃｏｄｉｎｇ ｏｆ ｒＲＮＡ ｏｆ ｔＲＮＡ
ｇｅｎｅｓ ｇｅｎｅｓ ｇｅｎｅｓ
ＪＳ￣１￣４ １５５ ８４９ ３８.１ ８６ ５８５ ３６.２ １６ ９２４ ３２.６ ２６ １７０ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７
ＱＪ￣１￣２ １５５ ８５７ ３８.１ ８６ ５８２ ３６.２ １６ ９３５ ３２.６ ２６ １７０ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７
ＬＸ￣１￣３ １５５ ８４５ ３８.１ ８６ ５８２ ３６.２ １６ ９２３ ３２.６ ２６ １７０ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７
ＬＪ￣３￣２ １５５ ８７２ ３８.１ ８６ ６２５ ３６.２ １６ ９２１ ３２.５ ２６ １６３ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７
ＬＪ￣４￣３ １５５ ８８４ ３８.１ ８６ ６０６ ３６.２ １６ ９３８ ３２.５ ２６ １７０ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７
ＬＱ￣１￣３ １５５ ８１８ ３８.１ ８６ ５５５ ３６.２ １７ ００７ ３２.５ ２６ １２８ ４３.１ １３１ ８５ ８ ３７
ＧＪ￣１￣３ １５５ ８１８ ３８.１ ８６ ５５５ ３６.２ １７ ００７ ３２.５ ２６ １２８ ４３.１ １３１ ８５ ８ ３７
ＮＬ￣１￣３ １５５ ８１１ ３８.１ ８６ ５４８ ３６.２ １７ ００７ ３２.５ ２６ １２８ ４３.１ １３１ ８５ ８ ３７
ＤＣ￣２￣２ １５５ ９３７ ３８.１ ８６ ６８０ ３６.１ １７ ００３ ３２.５ ２６ １２７ ４３.１ １３１ ８５ ８ ３７
ＬＪ￣１￣２ １５５ ７４４ ３８.１ ８６ ４９６ ３６.２ １６ ９４４ ３２.６ ２６ １５２ ４３.０ １３１ ８５ ８ ３７

此外ꎬ１０ 个栽培品叶绿体基因序列中存在一些高 属)ꎬ露蕊乌头亚属为基部类群ꎬ１０ 个栽培品均属于
变区段ꎬ主要是基因间隔区 ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ－ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ、 乌头亚属ꎮ 以不同数据集建立的进化树在拓扑结
ｔｒｎＣ￣ＧＣＡ － ｔｒｎＴ￣ＧＧＵ、 ｔｒｎＴ￣ＵＧＵ － ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、 ａｔｐＨ － 构上存在细微差异ꎬ基于叶绿体全基因组构建的系
ａｔｐＩ、ｔｒｎＰ￣ＵＧＧ－ｐｓａＪ、ｒｂｃＬ－ａｃｃＤ、ｙｃｆ４ －ｃｅｍＡ、ｒｐｌ１６ － 统发育树均显示ꎬＬＪ￣１￣２ 与铁棒锤(Ａ. ｐｅｎｄｕｌｕｍ) 等
ｒｐｓ３ 以及基因 ｒｐｌ２０、ｙｃｆ１ 等ꎮ ３ 个物种聚为分支 ａꎬ支持率(９９ / １)ꎬ与宾川乌头
使用滑动窗口计算高度可变区域的核苷酸多 (Ａ. ｄｕｃｌｏｕｘｉｉ)亲缘关系较近ꎻＬＱ￣１￣３、ＧＪ￣１￣３、ＮＬ￣１￣３
样性ꎬ以估计所分析的 １０ 个栽培品叶绿体基因组 和 ＤＣ￣２￣２ 与滇南草乌(Ａ. ａｕｓｔｒｏｙｕｎｎａｎｅｎｓｅ)聚为分
中不同区域的差异水平ꎮ 由图 ５ 可知ꎬ核苷酸多 支 ｂꎬ 支 持 率 ( １００ / １)ꎻ ＬＪ￣４￣３ 与 马 耳 山 乌 头 ( Ａ.
样性的变化范围为 ０ ~ ０.００９ １５ꎬ核苷酸多样性大 ｄｅｌａｖａｙｉ)、 丽 江 乌 头 ( Ａ. ｆｏｒｒｅｓｔｉｉ) 等 ３ 个 物 种 以

于 ０. ００６ 的 是 基 因 间 隔 区 ｔｒｎＹ￣ＧＵＡ － ｔｒｎＥ￣ＵＵＣ、 (１００ / １)的支持率聚为分支 ｃꎬ与马耳山乌头亲缘关
ｃｃｓＡ－ ｎｄｈＤ、 ｐｅｔＤ － ｒｐｏＡ 以 及 基 因 ｔｒｎＳ￣ＧＣＵ、 ｙｃｆ１、 系较近ꎻＪＳ￣１￣４、ＱＪ￣１￣２、ＬＸ￣１￣３ 以及 ＬＪ￣３￣２ 与黄草乌
ｒｐｌ１６、ｎｄｈＦꎬ基因间隔区 ｃｃｓＡ－ｎｄｈＤ 变异率最高ꎬ (Ａ. ｖｉｌｍｏｒｉｎｉａｎｕｍ)和瓜叶乌头(Ａ. ｈｅｍｓｌｅｙａｎｕｍ) 聚
核苷酸多样性值为 ０.００９ １５ꎬ高变异率位点主要位 为分支 ｄꎬ与黄草乌有着较近的亲缘关系ꎮ 而基于
于 ＬＳＣ 和 ＳＳＣ 区ꎬＩＲ 区未发现变异率高的片段ꎬ以 蛋白质编码基因序列构建的系统进化树均显示ꎬＬＪ￣

上结果与 ｍＶＩＳＴＡ 在线工具分析结果一致ꎮ １￣２ 与苍山乌头(Ａ. ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ) 聚为分支 ａꎬ支持率
２.５ 乌头属植物系统发育分析 (８８ / １)ꎻＬＱ￣１￣３、ＧＪ￣１￣３、ＮＬ￣１￣３ 和 ＤＣ￣２￣２ 与滇南草
为了探索不同种植基地的黄草乌之间的亲缘 乌聚为分支 ｂꎬ支持率(１００ / １)ꎻＬＪ￣４￣３ 与西南乌头
关系ꎬ结合 １０ 个栽培品叶绿体基因组序列以及从 (Ａ.ｅｐｉｓｃｏｐａｌｅ)、马耳山乌头等 ４ 个物种以(７４ / １) 的
ＮＣＢＩ 下载的 ３２ 条乌头属序列和 ２ 条外类群物种 支持率聚为分支 ｃꎬ与西南乌头亲缘关系较近ꎻＪＳ￣１￣
的序列ꎬ基于两种数据集( 全叶绿体基因组序列和 ４、ＱＪ￣１￣２、ＬＸ￣１￣３ 以及 ＬＪ￣３￣２ 与黄草乌聚为分支 ｄꎮ
蛋白质编码基因序列) 分别采用两种不同的方法
(ＭＬ 和 ＢＩ)构建系统进化树(图 ６ꎬ图 ７)ꎮ 结果均 ３ 讨论与结论
显示ꎬ４２ 条乌头属序列聚在同一大支ꎬ整个乌头属
分为 ３ 个亚属(露蕊乌头亚属、牛扁亚属和乌头亚 药材质量的影响因素有内因和外因ꎬ 主要是