Page 95 - 《广西植物》2023年第11期
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１１ 期 田怀志等: 水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记开发 ２ ０ ５ ５
表 １ ＰＣＲ 反应体系和反应程序 表 ２ 辣椒转录组测序结果
Ｔａｂｌｅ １ ＰＣＲ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ ａｎｄ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ Ｔａｂｌｅ ２ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｈｏｔ ｐｅｐｐｅｒ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
ＰＣＲ 反应体系 ＰＣＲ 反应程序 Ｕｎｉｇｅｎｅ Ｑ２０ ＧＣ 总长度 平均长度
ＰＣＲ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ ＰＣＲ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ 样品 数目 比例 含量 Ｔｏｔａｌ Ｍｅａｎ
Ｓａｍｐｌｅ Ｕｎｉｇｅｎｅ Ｑ２０ ｒａｔｉｏ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｌｅｎｇｔｈ
１０×ＰＣＲ Ｂｕｆｆｅｒ ２.０ μＬ ９４ ℃ 预变性 ３ ｍｉｎ ｎｕｍｂｅｒ (％) (％) (ｂｐ) (ｂｐ)
９４ ℃ ｉｎｉｔｉａｌ ｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎ
ＣＫｒ１ ４７ ８１８ ９６.９１ ４０.６４ ５２ ９５６ ０５６ １ １０７
￣１
１０ ｍｍｏｌＬ ｄＮＴＰ １.０ μＬ ９４ ℃ 变性 １ ｍｉｎ
９４ ℃ ｄｅｎａｔｕｒａｔｉｏｎ ＣＫｒ２ ４５ ９１２ ９７.０６ ４０.８０ ５０ ９５８ ５４９ １ １０９
￣１
１０ μｍｏｌＬ Ｒ １.０ μＬ ５５ ℃ 退火 １ ｍｉｎ ＣＫｒ３ ４８ ９９７ ９６.９１ ４０.５７ ５４ ８４３ １４２ １ １１９
５５ ℃ ａｎｎｅａｌｉｎｇ
Ｔ１ｒ１ ４８ ４５４ ９７.０６ ４０.５１ ５４ ０３８ ８３７ １ １１５
￣１
１０ μｍｏｌＬ Ｆ １.０ μＬ ７２ ℃ 延伸 ３０ ｓ
７２ ℃ ｅｘｔｅｎｔｉｏｎ Ｔ１ｒ２ ４９ ６６１ ９７.２４ ４０.６０ ５５ １１８ ２４９ １ １０９
Ｔａｑ ｅｎｚｙｍｅ １ Ｕ 循环次数 ３５ Ｔ１ｒ３ ５１ ４４７ ９６.９８ ４０.３９ ５８ ７２０ ６９２ １ １４１
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｃｙｃｌｅｓ
Ｔ２ｒ１ ５１ ６８９ ９７.３５ ４０.５６ ５７ １５８ １９１ １ １０５
ＤＮＡ ５０ ｎｇ ７２ ℃ 延伸 ５ ｍｉｎ
Ｔ２ｒ２ ５３ ２９９ ９７.０９ ４０.６５ ４９ ７８８ ７０３ ９３４
７２ ℃ ｅｘｔｅｎｔｉｏｎ
ｄｄＨ ２ Ｏ 补至 ２０ μＬ ４ ℃ 保存 — Ｔ２ｒ３ ５０ ６８５ ９７.２１ ４０.５０ ５７ ４９７ ９１５ １ １３４
Ｕｐ ｔｏ ２０ μＬ ４ ℃ ｋｅｅｐｉｎｇ
Ｔ３ｒ１ ４９ ５８０ ９７.１２ ４０.８１ ５３ ３５６ ７３６ １ ０７６
Ｔ３ｒ２ ５２ ２２４ ９７.０５ ４０.３１ ５９ ８１３ ５１２ １ １４５
１.５ ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记的多态性分析 Ｔ３ｒ３ ５０ ４９６ ９７.００ ４０.５１ ５６ ７４２ １１３ １ １２３
用 １０％非变性聚丙烯酰胺凝胶(ＰＡＧＥ)电泳检 均值 Ａｖｅｒａｇｅ ５０ ０２２ ９７.０８ ４０.５７ ５５ ０８２ ７２５ １ １０１
测 ＰＣＲ 扩增产物ꎮ 于 １２０ Ｖ 电泳 ２.０ ｈ 后ꎬ进行银 注: ｒ１、ｒ２ 和 ｒ３ 分别表示重复 １、重复 ２ 和重复 ３ꎮ
Ｎｏｔｅ: ｒ１ꎬ ｒ２ ａｎｄ ｒ３ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ １ꎬ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ２ ａｎｄ
染显色和照相ꎬ分析 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记的多态性效果ꎮ
ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ３ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.
２ 结果与分析
２.１ 转录组测序数据的组装分析
从耐涝‘ＺＨＣ２’ 辣椒不同淹水处理样品中分
离 ＲＮＡꎬ并对原始 Ｒｅａｄｓ 进行过滤和组装ꎬ总共构
建了 １２ 个 ｃＤＮＡ 文库ꎮ 由表 ２ 可知ꎬ每个处理中
Ｑ２０ 的比例均高于 Ｑ２０ 规定的极限值( > ８０％)ꎬ
ＧＣ 含量均低于 ５０％ꎬ表明测序质量良好ꎮ
对不同处理的辣椒植物 根 系 进 行 转 录 组 测
序ꎬ构建了 １２ 个 ｃＤＮＡ 文库ꎬ获得 Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ 共
１５３.９９ Ｇｂꎬ对其组装去冗余后ꎬ得到 １２８ ９３９ 个
Ｕｎｉｇｅｎｅ(图 １)ꎮ 总长度、平均长度、ＧＣ 含量依次
为５５ ０８２ ７２５、 １ １０１ ｂｐ 和 ４０. ５７％ꎮ 在 所 有 的
Ｕｎｉｇｅｎｅ 中ꎬ５７ ２４３ 个基因长度介于 ２００ ~ １ ０００ ｂｐ
图 １ 辣椒单基因长度分布
之间ꎬ所占比例为 ４４.４０％ꎬ３５ ２１３ 个基因长度介
Ｆｉｇ. １ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｕｎｉｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ ｉｎ ｈｏｔ ｐｅｐｐｅｒ
于 １ ０００ ~ ２ ０００ ｂｐ 之 间ꎬ 所 占 比 例 为 ２７. ３１％ꎬ
１９ ３２１个基因长度介于 ２ ０００ ~ ３ ０００ ｂｐ 之间ꎬ所
个 ( ７９. ２０％)、 １１０ １５７ 个 ( ８５. ４３％)、 ７０ ２０３ 个
占比例为 １４.９８％ꎬ１７ １６２ 个基因长度大于 ３ ０００
ｂｐꎬ所占比例为 １３.３１％ꎮ (５４.４５％)、７３ ５３９ 个(５７.０３％)、７７ ６４６ 个(６０.２２％)、
２.２ 基因的功能注释 ７７ ４４２ 个(６０.０６％)以及 ６８ ２１６ 个(５２.９１％)Ｕｎｉｇｅｎｅ
将 Ｕｎｉｇｅｎｅ 比 对 到 ＮＲ、 ＮＴ、 ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、 ＫＯＧ、 获得功能注释ꎬ被任意一个数据库注释的 Ｕｎｉｇｅｎｅ
ＫＥＧＧ、ＧＯ 和 Ｐｆａｍ 数据库(表 ３)中ꎬ分别有 １０２ １２３ 有１１６ ０５７个ꎬ占 Ｕｎｉｇｅｎｅ 总数的 ９０.０１％ꎮ
