Page 99 - 《广西植物》2023年第11期

１１ 期 田怀志等: 水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记开发 ２ ０ ５ ９

ＴＴＴＡ / ＴＡＡＡ、ＡＡＴＡ / ＴＡＴＴ 和 ＡＡＡＴ / ＡＴＴＴ 的比例 椒材料的 ＤＮＡ 进行 ＰＣＲ 扩增与引物筛选ꎮ 所挑
最高ꎬ分别占四核苷酸 ＳＳＲ 的 １３.７８％、１０.２７％和 选的全部引物均可扩增ꎬ由图 ５ 可知ꎬ其中 ７ 对引
９.７３％ꎻ在五核苷酸中ꎬ以 ＡＴＧＧＴ、ＡＣＴＣＡ 所占比 物在 ３ 个辣椒材料中可以扩增出目的条带ꎬ占挑
例最高ꎬ各占五核苷酸 ＳＳＲ 的 ６.０１％和 ４.０８％ꎻ在 选引物总数的 ２３.３３％ꎬ推测可用的 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 数量
六核苷酸中ꎬ以 ＧＡＡＧＡＧ、ＧＡＧＣＴＧ 的数量最多ꎬ 有 ２ ３３３ 对ꎬ可作为后续参考使用ꎮ 引物分别为
各占六核苷酸 ＳＳＲ 的 ３.８２％和 ３.１０％(表 ５)ꎮ Ｕｎｉｇｅｎｅ１２９７１ ＿ Ａｌｌ ＿ １０４８０、 ＣＬ１００６７. Ｃｏｎｔｉｇ１ ＿ Ａｌｌ ＿
６５９１、ＣＬ１０５７９.Ｃｏｎｔｉｇ２＿Ａｌｌ＿６９４０、ＣＬ１００７０.Ｃｏｎｔｉｇ１＿
表 ５ 辣椒 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 基序的分布 Ａｌｌ ＿ ６５９３、 ＣＬ１０７５１. Ｃｏｎｔｉｇ１ ＿ Ａｌｌ ＿ ７０７２、 ＣＬ１０５６４.
Ｔａｂｌｅ ５ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍｏｔｉｆ ｉｎ ｈｏｔ ｐｅｐｐｅｒ Ｃｏｎｔｉｇ１＿Ａｌｌ＿６９３６、ＣＬ１００５６.Ｃｏｎｔｉｇ８＿Ａｌｌ＿６５８９ꎮ
重复 ＳＳＲ 重复 重复 ＳＳＲ 重复
类型 基序 次数 类型 基序 次数 ３ 讨论与结论
Ｒｅｐｅａｔ ＳＳＲ Ｒｅｐｅａｔ Ｒｅｐｅａｔ ＳＳＲ Ｒｅｐｅａｔ
ｔｙｐｅ ｍｏｔｉｆ ｎｕｍｂｅｒ ｔｙｐｅ ｍｏｔｉｆ ｎｕｍｂｅｒ
３.１ 辣椒转录组数据组装与功能注释
单核苷酸 ９ ９０２ ＡＧＣ / ＧＣＴ １９２
Ｍｏｎｏ￣ 通过植物 ＲＮＡ￣ｓｅｑ 技术可以获取大量的转录
Ａ / Ｔ ９ ４６４ ＡＣＣ / ＧＧＴ １８９
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
Ｃ / Ｇ ４３８ ＡＴＧ / ＣＡＴ １８４ 本信息ꎬ这为植物基因表达的综合分析提供了合
二核苷酸 ６ ７６０ ＴＣＣ / ＧＧＡ １８３ 理而可信的数据资源(贾新平等ꎬ２０１４)ꎮ 因此ꎬ在
Ｄｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ＡＧ / ＣＴ １ ５７５ ＡＧＧ / ＣＣＴ １６９
淹水胁迫下辣椒转录组信息的系统分析为全面了
ＴＣ / ＧＡ １ ４２１ ＴＧＣ / ＧＣＡ １４４
解辣椒耐涝分子机制和挖掘新的耐涝基因奠定基
ＣＡ / ＴＧ ６２２ ＴＡＣ / ＧＴＡ ７９
础ꎮ 本研究对不同淹水时间的辣椒根系进行转录
ＡＣ / ＧＴ ５２９ ＧＣＣ / ＧＧＣ ７３
ＡＴ １ ３９１ ＴＡＧ / ＣＴＡ ６５ 组测序ꎬ对数据组装共获得 １２８ ９３９ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅꎮ
ＴＡ １ １６６ ＴＣＧ / ＣＧＡ ６０ 把这些 Ｕｎｉｇｅｎｅ 在 ＮＲ、ＮＴ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＫＥＧＧ、ＫＯＧ、
ＧＣ ４４ ＣＣＧ / ＣＧＧ ５８
Ｐｆａｍ 和 ＧＯ 数据库中加以注释ꎬ得到注释 Ｕｎｉｇｅｎｅ
ＣＧ １２ ＡＣＴ / ＡＧＴ ４７
共 有 １１６ ０５７ 个ꎬ 占 总 Ｕｎｉｇｅｎｅ 的 ９０. ０１％ꎬ 有
三核苷酸 ８ ２３８ ＣＧＣ / ＧＣＧ ３８
Ｔｒｉ￣ １２ ８８２个 Ｕｎｉｇｅｎｅ 没有得到注释ꎮ 与其他植物相
ＴＴＧ / ＣＡＡ １ ４９１ ＧＡＣ / ＧＴＣ ２７
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ 比(夏铭泽ꎬ２０２２ꎻ张小红等ꎬ２０２３)ꎬ在水涝胁迫下
ＡＣＡ / ＴＧＴ １ ０４７ ＡＣＧ / ＣＧＴ ６
ＴＴＣ / ＧＡＡ ７３９ 四核苷酸 ３７０ 辣椒转录组测序获得的基因数量及注释效率均较
Ｔｅｔｒａ￣
ＡＡＧ / ＣＴＴ ４８８ ＴＴＴＡ / ＴＡＡＡ ５１ 高ꎮ 组装得到的 Ｕｎｉｇｅｎｅ 不能在已知相关基因数
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
据库中得到注释ꎬ这种现象是普遍存在的ꎬ这与所
ＡＡＣ / ＧＴＴ ３８４ ＡＡＴＡ / ＴＡＴＴ ３８
ＡＧＡ / ＴＣＴ ３３３ ＡＡＡＴ / ＡＴＴＴ ３６
得部分 Ｕｎｉｇｅｎｅ 片段太短、相关数据库基因注释信
ＴＧＧ / ＣＣＡ ３０９ 其他 Ｏｔｈｅｒ ２４５
息缺乏、辣椒中存在新基因等因素都有关联( 张少
ＡＡＴ / ＡＴＴ ３０５ 五核苷酸 ４６６
Ｐｅｎｔａ
ＴＣＡ / ＴＧＡ ２８６ ＡＴＧＧＴ ２８ 平等ꎬ２０１６)ꎮ 可以进一步研究未被注释的基因ꎬ
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ＡＴＡ / ＴＡＴ ２４０ ＡＣＴＣＡ １９ 确定这些基因在植物生长发育过程中的作用ꎬ从
而丰富基因数据库( 马彦军等ꎬ２０２０)ꎮ 本研究在
ＣＡＣ / ＧＴＧ ２３９ 其他 Ｏｔｈｅｒ ４１９
ＣＡＧ / ＣＴＧ ２３３ 六核苷酸 ８３８ 对 ＤＥＧｓ 进行 ＫＥＧＧ 注释时ꎬ发现碳水化合物、氨
Ｈｅｘａ￣
ＡＴＣ / ＧＡＴ ２１７ ＧＡＡＧＡＧ ３２
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ 基酸、脂质等代谢注释最多ꎬ其次为翻译、折叠、遗
ＴＡＡ / ＴＴＡ ２１０ ＧＡＧＣＴＧ ２６
传信息分类和降解以及信号转导ꎮ 植物在受到水
ＣＴＣ / ＧＡＧ ２０３ 其他 Ｏｔｈｅｒ ７８０
涝胁迫的时候ꎬ植物根系缺氧导致线粒体有氧呼
吸受到极大抑制ꎮ 碳水化合物代谢对植物存活至
２.６ 辣椒 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物筛选与验证 关重要ꎬ在此过程中ꎬ植物通过积累易利用糖类和
使用 Ｐｒｉｍｅｒ ３ 在线工具对含有 ＳＳＲ 的 ２１ ００８ 额外丙酮酸等物质以保持其能量供应ꎮ 氨基酸代
条 ＥＳＴ 序列设计了 １０ ００２ 对 ＳＳＲ 引物ꎮ 为验证其 谢在 植 物 应 对 非 生 物 胁 迫 中 发 挥 着 重 要 作 用
有效性ꎬ随机选择 ３０ 对引物进行合成ꎬ引物信息 (Ｈｉｌｄｅｂｒａｎｄｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)ꎮ 其中ꎬ对脯氨酸的研
见表 ６ꎬ以‘大方皱椒’ ‘ ＺＨＣ１’ 和‘ ＺＨＣ２’ ３ 个辣 究最为广泛ꎬ 但其他氨基酸ꎬ 如支链氨基酸(亮氨