Page 118 - 《广西植物》2021年第2期

԰ 期 王艳等᧥ 杜仲基因密码子使用模式分析 ԰ ऐ ϟ
一个基因的密码子使用频率与同义密码子平均使 ऊ̀ጶશ Իᖔ ̀В èऊᖔ ۼዶશ᥈ ᣮ̀ᖔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟᎮ঎ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ
用频率的偏差ᖔ从而检测单个基因密码子的偏好 ᤦᔽᑕ༁ ᆍ஦ ዛႥᐹႥᐹ໧ ዞᅳቂᅳ໧ࣩ໧ औᔽᡷၤ ੫ᔀႿᆍቝᔀ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔽႿ੫ ʛᑕᡷᑕ ЏȮ૒঎ Ȯ
èʢࣼᔽᡷ ୩ዹᔽᖔ ሕ࿗ྉऐɯ᧥ ँ࿗ᤃͱँጢጢ঎ Џ陈哲ᖔ 胡福初ᖔ 王祥和ᖔ 等ᖔ
程度ྉ朱婷婷等ᖔ԰ԡϟᎮɯᤥ ጶશऊ 值与期望 ጶશऊ 值差
԰ԡϟᎮ঎ 菠萝 密码子使用偏好性分 析 ЏȮ૒঎ 果树学报ᖔ
异越小ᖔ说明突变对密码子偏好性影响越大ଫጶશऊ ሕ࿗ྉऐɯ᧥ँ࿗ᤃͱँጢጢ঎૒
值与期望 ጶશऊ 值差异越大ᖔ说明选择对密码子偏 ᧕᧧શ᥈ ɟ͐ᖔ ԰ԡϟᎮ঎ ఋʢᑕႿ༁஦ᆍʢቝᔀʛ ጛ̵ࣩࣷᧇ௴ϟ੫ᔀႿᔀ ᔽႿ औၤᔀᑕᡷ
ྉ௴ʗᔠᡙᔠዞࣩቂ ᐹᓣ໧ᡙᔠצࣩቂɯ ᔀႿၤᑕႿዹᔀ༁ ʢᔀ༁ᔽ༁ᡷᑕႿዹᔀ ᡷᆍ ༁ᡷʢᔽᡱᔀ ʢࣼ༁ᡷ ᑕႿʛ
好性影响越大ྉ 杨国锋等ᖔ԰ԡϟጢɯᤥ 分析杜仲基因
᤟ᔀᑕ஦ ʢࣼ༁ᡷ Џ᧕૒঎ ᥈ࣼᔽᢃᑕႿ੫᧥ ᥈ࣼᔽझၤᆍࣼ ВႿᔽ׹ᔀʢ༁ᔽᡷᢃ᧥ ԰ϟ঎ Џ丁延庆ᖔ
密码子 ጶશऊ 值ᖔ其值集中分布于 ሕԡ ጲ ᤃԡ 间ᖔ且该 ԰ԡϟᎮ঎ 利用杜仲几丁质酶基因 ጛ̵ࣩࣷᧇ௴ϟ 创制抗锈病小麦
区域内的密码子距离标准曲线较远ᖔ偏好性较强ᤥ 新种质的研究 Џ᧕૒঎ 贵阳᧥贵州大学᧥԰ϟ঎૒
᥈Вᨃ ᓂᣮᖔ ᧕ᨃશ᥈ ᣮᖔ Ի̀ዶᨃ ᧕᥈ᖔ ԰ԡϟᤃ঎ ఋʢᑕႿ༁੫ᔀႿᔽዹ ᡷᆍቝᑕᡷᆍ
۪኏԰᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 分析中ᖔ平面图显示各基因的碱基组成ᖔ
ᡱ᤟ᑕႿᡷ༁ ᔀ଴ᡱʢᔀ༁༁ᔽႿ੫ ᑕ ጛࣩዞᅳቂቂᔠᐹ ࣩᤀቂᅳᔠʐᓣ໧ ዹၤᔽᡷᔽႿᑕ༁ᔀ ੫ᔀႿᔀ
其中点代表无偏倚性使用时的密码子状态ᖔ即 ዶ ᢉ ጛ̵ࣩࣷᧇ௴ϟ ᑕႿʛ ᡷၤᔀᔽʢ ʢᔀ༁ᔽ༁ᡷᑕႿዹᔀ ᡷᆍ ଧᅳᡙʗᡥᡙᔠ໧ ዞᔠႥᓣʗᓣᐹ ЏȮ૒঎ ۪᤟ᑕႿᡷ
Вᖔ᥈ ᢉ ऊྉ尚明照等ᖔ԰ԡϟϟଫ邢朝斌等ᖔ԰ԡϟሕɯᤥ 杜仲 ۪ၤᢃ༁ᔽᆍ᤟ Ȯᖔ ጢ԰ྉጢɯ᧥ Ꭾԡሕͱ Ꭾϟ࿗঎ Џ郭林霞ᖔ 董旋ᖔ 赵德刚ᖔ
԰ԡϟᤃ঎ 转杜仲几丁质酶基因 ጛ̵ࣩࣷᧇ௴ϟ 番茄提高对灰霉病
基因密码子的 ۪኏԰᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 分析显示碱基使用频率为
的抗性研究 ЏȮ૒঎ 植物生理学报ᖔጢ԰ྉጢɯ᧥ᎮԡሕͱᎮϟ࿗঎૒
᥈ᢦऊܦВᢦዶᤥ 说明杜仲基因密码子的使用偏好受到 ̀В ᥈ାᖔ Ի̀ዶશ᥈ ୩ᓂᖔ ᣮВ ऊȮᖔ ԰ԡԡᤃ঎ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ
自然选择和基因突变的影响ᤥ 杜仲与拟南芥ܦ烟 ᤦᔀᡷऔᔀᔀႿ ʛᔽ஦஦ᔀʢᔀႿᡷ ዹᔽᡷʢࣼ༁ ༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁ ЏȮ૒঎ Ȯ ୩ ऊၤᔽႿ ዶ੫ʢᔽዹ ВႿᔽ׹ᖔ
԰Ꭾྉϟɯ᧥ ԰ͱሕ঎ Џ胡桂兵ᖔ 张上隆ᖔ 徐昌杰ᖔ԰ԡԡᤃ঎ 不同种类
草ܦ大肠杆菌ܦ酿酒酵母等代表性物种的密码子使
柑橘的密码子用法分析 ЏȮ૒঎ 华南农业大学学报ᖔ԰Ꭾྉϟɯ᧥
用频率都具有不同程度的差异ᖔ若这些生物的基
԰ͱሕ঎૒
因要在杜仲中表达ᖔ则应先进行密码子优化ᤥ 杜 ̀В ᣮɟᖔ ᣮВ ɟ͐ᖔ ̀ዶશ ɟԻᖔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟँ঎ ऊᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁
仲与烟草ܦ酿酒酵母的密码子偏好性差别较小ᖔ与 ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᡷၤᔀ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ ᆍ஦ Ԯᔠऊᔠᡓ၊ࣩ໧ ᢝࣩᢝࣩᤇᐹ ׹ᑕʢ঎
໧ᡓᔠႥᅳ໧ᐹ ЏȮ૒঎ Ȯ èᆍʢ ጶႿ׹ᔽʢᆍႿᖔ ሕँྉᤃɯ᧥ ᤃ԰ϟͱᤃ԰ऐ঎ Џ胡晓艳ᖔ 许
大肠杆菌ܦ拟南芥的密码子偏好性差别较大ᤥ 如
艳秋ᖔ 韩有志ᖔ 等ᖔ԰ԡϟँ঎ 酸枣叶绿体基因组密码子使用
果烟草ܦ酿酒酵母的基因要在杜仲中表达则只需 偏性分析 ЏȮ૒঎ 森林与环境学报ᖔሕँྉᤃɯ᧥ᤃ԰ϟͱᤃ԰ऐ঎૒
̀В Իᥘᖔ ۼዶશ ͐ᖔ ᓂ᧧ ̀ᖔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟँ঎ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ
优化个别密码子ᖔ若要为杜仲基因寻找宿主系统ᖔ
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则烟草ܦ酿酒酵母较为合适ᤥ
Ȯ ዶ੫ʢᔽዹ ୩ዹᔽᖔ ሕጢྉ࿗ɯ᧥ ऐँᤃͱँԡሕ঎ Џ胡振民ᖔ 万青ᖔ 李欢ᖔ 等ᖔ
随着基因工程的广泛应用ᖔ外源基因的功能 ԰ԡϟँ঎ 茶树 ࣷ໧ટቴ௴ϟॹϟ 基因密码子使用特性分析 ЏȮ૒঎ 江
验证多采用转基因异源表达ᤥ 外源基因导入宿主 苏农业学报ᖔሕጢྉ࿗ɯ᧥ऐँᤃͱँԡሕ঎૒
Ȯ᧧ዶશ᥈ ۼᖔ ᓂ᝿ ାାᖔ ̀ጶ Ȯ̀ᖔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟ࿗঎ ऊᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁ ᔽႿ
系统后由于其密码子与宿主系统的密码子使用偏
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好不同ᖔ导致表达效率低下ᤥ 密码子偏好性分析 ାᔽᆍᡷᔀዹၤႿᆍ᤟ᖔ ሕԡྉँɯ᧥ ϟ࿗԰࿗ͱϟ࿗ሕጢ঎ Џ蒋玮ᖔ 吕贝贝ᖔ 何建华ᖔ
在基因异源表达方面具有重要意义ᖔ基于同义密 等ᖔ ԰ԡϟ࿗঎ 草菇密码子偏好性分析 ЏȮ૒঎ 生物工程学报ᖔ
码子的使用频率不同ᖔ为了提高外源基因的表达 ሕԡྉँɯ᧥ϟ࿗԰࿗ͱϟ࿗ሕጢ঎૒
ᓂጶ᧧ ̀ᖔ ᓂ᧧ ᥈ᖔ ۼዶશ᥈ શɟᖔ ԰ԡϟँ঎ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁
水平ᖔ可对稀有密码子进行改造ᖔ增加优势密码子
ᔽႿ ᡷၤᔀ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ ᆍ஦ ௴ʗᅳᤀᤀᔠࣩ໧ ዞ၊ᔠႥᓣႥ໧ᔠ໧ ାࣼႿ੫ᔀ ЏȮ૒঎ Ȯ
使用频率使得外源基因更好地表达ྉ 胡晓艳等ᖔ ୩ၤᑕႿ଴ᔽ ዶ੫ʢᔽዹ ୩ዹᔽᖔ ࿗Ꭾྉऐɯ᧥ ϟሕԡԡͱϟሕԡጢ঎ Џ雷慧ᖔ 李鸽ᖔ 王娜
԰ԡϟँɯᤥ 本研究分析珍贵中药材杜仲的基因密码 玉ᖔ ԰ԡϟँ঎ 金莲花叶绿体基因组密码子偏好性分析
ЏȮ૒঎ 山西农业科学ᖔ࿗Ꭾྉऐɯ᧥ϟሕԡԡͱϟሕԡጢ঎૒
子使用模式ᖔ对于杜仲中外源基因的插入及高效
ᓂ᧧ ɟᖔ ᣽Вዶશ᥈ ᣮȮᖔ ୩Вશ ऊᖔ ԰ԡϟᤃ঎ ዶႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁
表达具有重要意义并提供了理论基础ᤥ ᤦᑕ༁ᔀʛ ᆍႿ Þʗᔠᡙᔠᤀᤀᐹʗᔠᐹ ዞᔠʗʗ၊ᅳ໧ᐹ ᡷʢᑕႿ༁ዹʢᔽᡱᡷᆍቝᔀ ЏȮ૒঎ ऊၤᔽႿ Ȯ ऊၤᔽႿ
ᥘᑕᡷ ᥘᔀʛᖔ ࿗ϟྉϟϟɯ᧥ ሕͱጢ঎ Џ李滢ᖔ 匡雪君ᖔ 孙超ᖔ ԰ԡϟᤃ঎ 川
贝母转录组密码子使用偏好性分析 ЏȮ૒঎ 中国中药杂志ᖔ
参考文献ᧅ ࿗ϟྉϟϟɯ᧥ሕͱጢ঎૒
ᓂ᧧В ۪͐ᖔ ᧕ᨃВ ୩Ȯᖔ Ȯ᧧ ԻȮᖔ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡጢ঎ ୩ᢃႿᆍႿᢃቝᆍࣼ༁ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ
ऊ̀ዶᨃ ɟጶᖔ ऊ̀ዶશ᥈ ɟᖔ ۼዶશ᥈ ᥘèᖔ ԰ԡϟ԰঎ ऊᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀ ᤦᔽᑕ༁ ᑕႿʛ ੫ᔀႿᔀ ஦ࣼႿዹᡷᔽᆍႿ ᑕʢᔀ ༁ᡷʢᆍႿ੫᤟ᢃ ʢᔀ᤟ᑕᡷᔀʛ ᔽႿ ᧣ʗᡥऊᐹ ໧ᐹᡙᔠצᐹ
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恩ᖔ 常阳ᖔ 王美芳ᖔ԰ԡϟ԰঎ Ꭾ 种作物叶绿体基因的密码子 ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᔀ ዹᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ Џ Ȯ૒঎ ᥈ᔀႿᆍቝᔽዹ ዶᡱᡱ᤟ ାᔽᆍ᤟ᖔ ሕ࿗
偏好性及聚类分析 ЏȮ૒঎ 华北农学报ᖔ ԰Ꭾྉ࿗ɯ᧥ᤃԡͱᤃ࿗঎૒ ྉϟϟɯ᧥ ԰࿗ጢᎮͱ԰࿗ᤃ࿗঎ Џ罗洪ᖔ 胡莎莎ᖔ 吴琦ᖔ 等ᖔ԰ԡϟጢ঎ 甜荞