Page 105 - 《广西植物》2021年第2期
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԰ ᤃ ऐ                                  广জ 西জ 植জ 物                                         ࿗ϟ 卷
            ϓॹԣ 方法                                             低表达库ᤥ 计算密码子的 ᪵኏୩ऊВ 值ᖔ将 ᪵኏୩ऊВᢦ
            ϟ঎԰঎ϟ 密码子偏好性分析জ 分别对川滇槲蕨ܦ栎叶                         ԡ঎ԡऐᖔ且整体 ኏୩ऊВᢦϟ 的密码子作为最优密码子

            槲蕨和槲蕨的编码基因进行过滤ᖔ去掉小于 ሕԡԡ                            ྉ秦政等ᖔ԰ԡϟऐଫ石元豹等ᖔ԰ԡϟऐɯᤥ
            ᤦᡱ 和重复的编码基因ᤥ 使用 ऊᆍʛᆍႿۼ ϟ঎࿗঎԰ 和在

            线软件 ऊВ୩۪ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᔽቝᔀʛ঎ቝᔀʛ঎ࣼዹቝ঎ᔀ༁ᣰ ጶᥘାᨃ୩୩ ᣰ ɯ     ԰জ 结果与分析
            分析川滇槲蕨ܦ栎叶槲蕨和槲蕨过滤后的编码基
            因ᖔ统计同义密码子相对使用度ྉ ኏୩ऊВᖔ ʢᔀ᤟ᑕᡷᔽ׹ᔀ                     ԣॹϓ 密码子组成分析
            ༁ᢃႿᆍႿᢃቝᆍࣼ༁ ዹᆍʛᆍႿ ࣼ༁ᑕ੫ᔀɯܦ有效密码子数目ྉጶશऊᖔ                   通过 ऊᆍʛᆍႿۼ ϟ঎࿗঎԰ 和在线 ऊВ୩۪ 对槲蕨ܦ栎
            ᔀ஦஦ᔀዹᡷᔽ׹ᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿɯܦ总 ᥈ऊ 含量和密码子第            叶槲蕨和川滇槲蕨叶绿体基因组进行分析ᖔ结果
            ϟ 位ܦ第 ԰ 位ܦ第 ሕ 位碱基组成 ᥈ऊ 含量ྉ 分别用                     如表 ϟ 所示ᤥ 从表 ϟ 可以看出ᖔ川滇槲蕨ܦ栎叶槲

            ᥈ऊϟܦ᥈ऊ԰ 和 ᥈ऊሕ 表示密码子第 ϟ 位ܦ第 ԰ 位ܦ第 ሕ                 蕨和槲蕨叶绿体基因组 ዶሕ༁ྉ 第 ሕ 位碱基是 ዶɯ 含
            位碱基组成的 ᥈ऊ 含量ɯᤥ                                     量分别是 ሕᤃ঎ᤃऐᠮܦሕᤃ঎ጢँᠮ和 ሕᤃ঎ϟϟᠮᖔఋሕ༁ྉ第 ሕ 位
            ϟ঎԰঎԰ 中性绘图জ 以 ऊ᧕୩ 的 ᥈ऊሕྉ 第 ሕ 位碱基 ᥈ऊ                碱基是 ఋɯ含量分别是 ሕᎮ঎ሕऐᠮܦሕᎮ঎ሕँᠮ和ሕᎮ঎ሕँᠮᖔ
            含量ɯ值为横坐标ᖔ᥈ऊϟྉ 第 ϟ 位碱基 ᥈ऊ 含量ɯ 和                     说明三种槲蕨的第 ሕ 位碱基主要以 ዶᣰ ఋ 为主ᤥ 川
            ᥈ऊ԰ྉ第 ԰ 位碱基 ᥈ऊ 含量ɯ的平均值 ᥈ऊϟ԰ 为纵坐                    滇槲蕨ܦ栎叶槲蕨和槲蕨叶绿体基因组 ᥈ऊ 含量分
            标绘制散点图ᖔ分析 ᥈ऊሕ 与 ᥈ऊϟ԰ 的相关性ᖔ确定                       别为 ࿗԰ᠮܦ ࿗ϟ঎ ऐᠮ 和 ࿗԰঎ ԰ᠮᖔ ᥈ऊሕ 含量分别为
            密码 子 ሕ 个位置碱基组成 的 差 异 性 ྉ ୩ࣼᔀᆍҴᑕᖔ                   ࿗ԡ঎ጢሕᠮܦ࿗ԡ঎ँᎮᠮ和 ࿗ϟ঎ϟ԰ᠮᖔ三种槲蕨的 ᥈ऊ 含量
            ϟँऐऐɯᤥ 若 ᥈ऊሕ 与 ᥈ऊϟ԰ 相关性显著ᖔ说明碱基的                    相近ᤥ 川滇槲蕨ܦ栎叶槲蕨和槲蕨叶绿体基因组
            使用模式相同ᖔ突变是其主要影响因素ଫ若 ᥈ऊሕ 与                          ጶશऊ 值分别是 ጢᎮ঎ऐ԰ܦጢऐ঎ԡሕ 和 ጢᎮ঎ँᤃᤥ
            ᥈ऊϟ԰ 相关性不显著ᖔ说明密码子第 ϟ 位ܦ第 ԰ 位                           川滇槲蕨ܦ栎叶槲蕨和槲蕨的编码基因密码
            碱基与第 ሕ 位碱基的使用存在差异ᖔ选择压力对                            的相关参数值用热图统计ᖔ每一行代表 ϟ 个基因ᖔ

            密码子使用影响较大ᤥ                                         基因名位于图右侧ᖔ图中的值表示该基因相应参
            ϟ঎԰঎ሕ ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 绘图分析জ 以 ᥈ऊሕ 为横坐标ᖔጶશऊ                数ྉ列名ɯ 值的大小ᖔ其结果如图 ϟ 所示ᤥ 从图 ϟ
            为纵坐标ᖔ绘制散点图ᖔ并与 ጶશऊ 期望值ྉጶશऊ ᢉ                        可以看出ᖔ三种槲蕨不同位置碱基 ᥈ऊ 含量不同ᖔ
            ԰շ᥈ऊሕշ԰ँ ᣰ ྉЏ ᥈ऊሕ շ ྉϟͱ᥈ऊሕɯ ૒ɯ 进行比较ᖔ分              大部分基因的 ᥈ऊϟ 含量高于 ᥈ऊ԰ 和 ᥈ऊሕଫ川滇槲
                              ԰
                                          ԰
            析碱基组成对密码子偏好性的影响ྉ 尚明照等ᖔ                             蕨ྉ࿗ԡ঎ϟԡϟ ጲ ᤃϟɯܦ栎叶槲蕨ྉ ࿗ԡ঎ሕ԰ँ ጲ ᤃϟɯ 和槲蕨
            ԰ԡϟϟɯᤥ 通过基因散点于标准曲线的位置判断影                           ྉ࿗ԡ঎ϟ࿗ऐ ጲ ᤃϟɯ 的 ጶશऊ 值都大于 ࿗ԡᤥ Ⴅʐ၊ጛܦʗᡓᤀ԰԰ܦ
            响密码子偏好性的原因ᖔ若基因分布在标准曲线                              ʗᡓᤀϟ࿗ܦʗᡓᤀ԰ԡܦዞዞ໧ዛܦʗᡓ໧࿗ 和 ʗᡓᤀϟᤃ 等基因的 ጶશऊ 值在
            附近ᖔ密码子偏好性仅受到突变影响ଫ若基因坐落                             三个物种的极差大于 ጢᖔ同一个基因在近缘物种的
            在标准曲线下方较远的位置ᖔ则密码子偏好性受                              密码子偏好性有较大差异ᤥ 由于 ʗᡓ໧ϟ԰ 在川滇槲

            到选择的影响ྉ杨国锋等ᖔ԰ԡϟጢɯᤥ                                 蕨和槲蕨两个种编码基因长度不到 ሕԡԡ ᤦᡱᖔ故不
            ϟ঎԰঎࿗ 最优密码子确定জ 同义密码子相对使用度                          对其进行分析ᤥ
            ྉ኏୩ऊВɯ是该密码子的实际观察值与理论观察值                                编码基因 ᥈ऊϟܦ᥈ऊ԰ܦ᥈ऊሕܦ᥈ऊ 和 ጶશऊ 及相关
            的比值ྉ 杨国锋等ᖔ԰ԡϟጢɯᤥ 当 ኏୩ऊВ ᢉ ϟ 时ᖔ密码                   性分析结果见图 ԰ᤥ 从图 ԰ 可以看出ᖔ川滇槲蕨的
            子无偏好性ଫ当 ኏୩ऊВ ᢦ ϟ 时ᖔ密码子使用频率偏                        ᥈ऊϟܦ᥈ऊ԰ܦ᥈ऊሕ 与 ᥈ऊ 均极显著相关ᖔ且 ጶશऊ 与
            高ଫ而 ኏୩ऊВ ጐ ϟ 时ᖔ则说明密码子出现的频率较                        ᥈ऊ 显著相关ᖔ᥈ऊϟ 与 ᥈ऊሕᖔ᥈ऊ԰ 与 ᥈ऊሕ 相关性不
            低ᤥ 最优密码子ྉᡷၤᔀ ቝᆍ༁ᡷ ᡱʢᔀ஦ᔀʢʢᔀʛ ዹᆍʛᆍႿɯ的选择ᖔ             显著ᖔ其编码基因的 ሕ 位碱基组成不相似ᤥ 栎叶
            以 ጶશऊ 为偏好性标准ᖔ分别对川滇槲蕨ܦ栎叶槲                           槲蕨ܦ槲蕨的 ᥈ऊϟ 与 ᥈ऊሕ 显著负相关ᖔ相关性系
            蕨ܦ槲蕨 ऊ᧕୩ 的 ጶશऊ 值进行排序ᖔ分别从 ጶશऊ 最                     数分别为ͱԡ঎ሕ 和ͱԡ঎԰Ꭾଫ᥈ऊሕ 与 ጶશऊ 相关性极显
            高和最低两端选取 ϟԡᠮ的基因ᖔ建立高表达库和                            著ᤥ 三种槲蕨编码基因密码子第 ሕ 位碱基组成对
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