Page 95 - 《广西植物》2023年第10期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｏｃｔ. ２０２３ꎬ ４３(１０): １８４９－１８６０
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２０７０３０
张梦洁ꎬ 杨秀瑶ꎬ 尹拓ꎬ 等ꎬ ２０２３. 轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４３(１０): １８４９－１８６０.
ＺＨＡＮＧ ＭＪꎬ ＹＡＮＧ ＸＹꎬ ＹＩＮ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｉｎ Ｓｙｚｙｇｉｕｍ ｇｒｉｊｓｉｉ
[Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４３(１０): １８４９－１８６０.
轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析
张梦洁 ꎬ 杨秀瑶 ꎬ 尹 拓 ꎬ 韩沛辰 ꎬ 杜朝金 ꎬ 张汉尧 １∗
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１
( １. 西南林业大学 林学院ꎬ 西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室ꎬ 昆明 ６５０２２４ꎻ
２. 西南林业大学 林学院ꎬ 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室ꎬ 昆明 ６５０２２４ )
摘 要: 轮叶蒲桃(Ｓｙｚｙｇｉｕｍ ｇｒｉｊｓｉｉ)系桃金娘科(Ｍｙｒｔａｃｅａｅ) 蒲桃属( Ｓｙｚｙｇｉｕｍ) 常绿灌木ꎬ其开发前景较好ꎬ
但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道ꎮ 为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺ꎬ该文对轮
叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究ꎮ 运用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ 高通量测序ꎬ并在 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ 平台进行完整组
装ꎬ同时利用组装好的数据分析轮叶蒲桃叶绿体基因组的结构特征和系统发育关系ꎬ其中包括轮叶蒲桃叶
绿体基因组结构、功能及特征、密码子偏好性分析、叶绿体基因组的比较分析和系统发育的分析ꎮ 结果表
明:(１)轮叶蒲桃叶绿体基因组大小为 １５８ ５９１ ｂｐꎬ包含 １２９ 个基因ꎮ 其中ꎬｒＲＮＡ 基因 ８ 个ꎬｔＲＮＡ 基因 ３７
个ꎬ蛋白编码基因 ８４ 个ꎮ 分析检测到 ３９ 个重复序列和 ８４ 个 ＳＳＲ 位点ꎮ (２)密码子偏好性分析发现轮叶蒲
桃叶绿体基因组中末端存在对 Ａ / Ｕ 的偏性ꎬ使用最多的是编码亮氨酸的密码子ꎮ (３) 与近缘种比较ꎬ轮叶
蒲桃的边界长度保守ꎬ边界处的基因种类与多个蒲桃属物种相似ꎻ轮叶蒲桃叶绿体基因组在 ＬＳＣ 和 ＳＳＣ 区
变异度较大ꎬ有 ４５ 处 ０.０１０<Ｐ < ０.０１５ꎬ核苷酸多样性水平高ꎮ (４) 系统发育分析表明ꎬ轮叶蒲桃与蒲桃
ｉ
(Ｓ. ｊａｍｂｏｓ)、滇边蒲桃(Ｓ. ｆｏｒｒｅｓｔｉｉ)和乌墨(Ｓ. ｃｕｍｉｎｉ)亲缘关系最近ꎬ其次是马六甲蒲桃(Ｓ. ｍａｌａｃｃｅｎｓｅ)ꎮ 因
此ꎬ该文结果表明轮叶蒲桃的叶绿体基因组结构保守ꎬ特征明显ꎬ与同属物种相比ꎬ其序列具有相似性ꎬ核苷
酸具有多样性ꎬ并且其与多种桃金娘科物种之间存在亲缘关系ꎮ 该文对轮叶蒲桃叶绿体基因组进行基因组
特征和系统发育分析ꎬ为轮叶蒲桃的种质资源鉴定和开发利用奠定理论基础ꎮ
关键词: 轮叶蒲桃ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 系统发育关系ꎬ 基因组特征ꎬ 比较分析
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２３)１０￣１８４９￣１２
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ
ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｉｎ Ｓｙｚｙｇｉｕｍ ｇｒｉｊｓｉｉ
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ＺＨＡＮＧ Ｍｅｎｇｊｉｅ ꎬ ＹＡＮＧ Ｘｉｕｙａｏ ꎬ ＹＩＮ Ｔｕｏ ꎬ ＨＡＮ Ｐｅｉｃｈｅｎ ꎬ
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ＤＵ Ｃｈａｏｊｉｎ ꎬ ＺＨＡＮＧ Ｈａｎｙａｏ
( １. Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｃｈｉｎａꎬ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ ａｎｄ Ｇｒａｓｓｌａｎｄ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎꎬ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ
Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２２４ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｂｒｅｅｄｉｎｇꎬ
Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２２４ꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２２－１２－０４
基金项目: 国家自然科学基金项目(３２１６０５５６)ꎮ
第一作者: 张梦洁(１９９９－)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为林木遗传育种ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)１４８１４３６１９１＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 张汉尧ꎬ教授ꎬ博士生导师ꎬ主要从事林木和酵母遗传育种研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｈａｎｙａｏｚ＠ １６３.ｃｏｍꎮ
