Page 165 - 《广西植物》2023年第4期

࿗ 期 黄婷等᧥ 四种栎属青冈亚属植物叶绿体基因组特征及系统发育研究 Ꭾ ࿗ Ꭾ

表 ྽ই ྽ 种栎属青冈亚属植物的密码子偏好性指数 不均匀ᖔ大部分基因分布于右下角ᖔ说明 ࿗ 种栎属
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ࿗জ ऊᆍʛᆍႿ ᡱʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ ᔽႿʛᔀ଴ ᆍ஦ ஦ᆍࣼʢ ༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁ ᆍ஦ 青冈亚属植物叶绿体基因组中密码子第 ሕ 位碱基
ࣩͅᓣʗዞࣩ໧ ༁ࣼᤦ੫঎ ࣷᡥዞᤀᅳᤇᐹᤀᐹႥᅳᡓ໧ᔠ໧
的使用频率为 ዶᢦఋᖔ᥈ᢦऊᖔ表明 ࿗ 种栎属青冈亚属
宁冈青冈 曼青冈 毛曼青冈 竹叶青冈 植物密码子的偏好性受到了突变和自然选择的共
指数 ࣩͅᓣʗዞࣩ໧ ͅॹ ͅॹ ͅॹ
᧧Ⴟʛᔀ଴ 同影响ᤥ
ႥᔠႥ੖ᐹႥ੖ᓣႥ໧ᔠ໧ ᅳଝᡥᅳʐᅳႥ ੖ᐹቂᤇᤀᓣᐹႥᐹ Ⴅᓣ੖ᤀᓣዞᡙᐹ
ԣॹᇺ 叶绿体基因组差异比较分析
长度 ᤃሕ ԡ԰ϟ ᤃ԰ ँऐ԰ ᤃ԰ ँँϟ ᤃሕ ԡሕँ
ᓂᔀႿ੫ᡷၤ ྉᤦᡱɯ 选宁 冈 青 冈 的 叶 绿 体 基 因组做参考ᖔ 利用
密码子数 ԰ԡ ँँԡ ԰ԡ ँᎮᎮ ԰ԡ ँऐԡ ԰ԡ ँँᤃ ቝ჆᧧୩ఋዶ 对曼青冈ܦ毛曼青冈ܦ竹叶青冈ܦ小叶青
ऊᆍʛᆍႿ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ
冈ܦ褐叶青冈ܦ西畴青冈ܦ青冈的叶绿体基因组序
有效密码子数 ࿗ँ঎ऐँ ࿗ँ঎ँԡ ࿗ँ঎ँϟ ࿗ँ঎ँϟ
ጶ஦஦ᔀዹᡷᔽ׹ᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ 列进行可视化比较分析ᤥ 从分析结果可以看出ᖔ
ᆍ஦ ዹᆍʛᆍႿ༁
栎属青冈亚属植物的叶绿体基因组具有较高的保
密码子适应指数 ԡ঎ϟᤃᎮ ԡ঎ϟᤃᎮ ԡ঎ϟᤃᎮ ԡ঎ϟᤃᎮ 守性ᖔ主要的变异区域位于非编码区ᖔ而 ᡥዞஏϟ 基因
ऊᆍʛᆍႿ
在蛋白质编码区域发生变异较大ᤥᓂ୩ऊ 区域的变
ᑕʛᑕᡱᡷᑕᡷᔽᆍႿ ᔽႿʛᔀ଴
密码子偏好指数 ͱԡ঎ԡँँ ͱԡ঎ԡँᎮ ͱԡ঎ԡँँ ͱԡ঎ԡँँ 异较大ᖔ᧧኏༁ 区域变异小较为保守ᖔ୩୩ऊ 区域的变
ऊᆍʛᆍႿ ᤦᔽᑕ༁ ᔽႿʛᔀ଴
最优密码子使用 ԡ঎ሕጢጢ ԡ঎ሕጢጢ ԡ঎ሕጢጢ ԡ঎ሕጢጢ 异小于 ᓂ୩ऊ 区域ᤥऐ 种栎属青冈亚属植物的 ʢ኏શዶ
频率 基因高度保守ᖔ几乎没有发生变异ྉ图 ᤃɯᤥ
èʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ ᆍ஦ ᆍᡱᡷᔽቝᑕ᤟
ዹᆍʛᆍႿ༁ ԣॹ྽ ᧇቴ 边界分析
᥈ऊ 含量 ሕᎮ঎ँሕ ሕᎮ঎ँጢ ሕᎮ঎ँ࿗ ሕᎮ঎ँጢ 使用在线软件 ᧧኏༁ዹᆍᡱᔀ 分析 ࿗ 种栎属青冈亚
᥈ऊ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ ྉᠮɯ
属植物及其近缘种叶绿体基因组的 ᧧኏ 扩张和收
᥈ऊϟ 含量 ࿗ᤃ঎ϟ԰ ࿗ᤃ঎ϟ԰ ࿗ᤃ঎ϟϟ ࿗ᤃ঎ϟ԰
᥈ऊϟ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ ྉᠮɯ 缩情 况ᖔ以及识别 ᓂ୩ऊܦ᧧኏ܦ ୩୩ऊ 的边界位置 ྉ 图
᥈ऊ԰ 含量 ሕᎮ঎ऐ࿗ ሕᎮ঎ऐᎮ ሕᎮ঎ऐጢ ሕᎮ঎ऐጢ
Ꭾɯᤥ 在 ऐ 种青冈中ᖔ各边界附近分布的基因一致ᖔ
᥈ऊ԰ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ ྉᠮɯ
但距边界的距离略 有 不 同ᤥ 其中ᖔ ʗᡓ໧ϟँ 基因距
᥈ऊሕ 含量 ԰ँ঎ऐጢ ԰ँ঎ऐᎮ ԰ँ঎ऐᎮ ԰ँ঎ऐऐ
᥈ऊሕ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ ྉᠮɯ ୩୩ऊ ᣰ ᧧኏ᤦ 边界均为 ϟϟ ᤦᡱᖔ 西畴青冈和青冈的 ᡙʗႥ̵

白色和红色分别表示较低和较高的 ኏୩ऊВ 值ᤥ 毛曼青冈ܦ曼青冈ܦ竹叶青冈ܦ宁冈青冈为本研究组装和注释ᖔ其余物种均为 શऊା᧧ 上
下载ᤥ
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ᑕ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᔀʛ ᑕႿʛ ᑕႿႿᆍᡷᑕᡷᔀʛ ஦ᆍʢ ᡷၤᔀ ༁ᡷࣼʛᢃᖔ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ʢᔀቝᑕᔽႿᔽႿ੫ ༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁ औᔀʢᔀ ʛᆍऔႿ᤟ᆍᑕʛᔀʛ ஦ʢᆍቝ શऊା᧧঎
图 ԣই ྽ 种栎属青冈亚属植物及近缘种的同义密码子的相对使用度
èᔽ੫঎ ԰জ ኏୩ऊВ ׹ᑕ᤟ࣼᔀ༁ ᆍ஦ ᑕ᤟᤟ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ᥋ዹᆍʛᔽႿ੫ ྉऊ᧕୩ɯ ੫ᔀႿᔀ༁ ஦ᆍʢ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ༁ ஦ʢᆍቝ ஦ᆍࣼʢ
༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁ ᆍ஦ ࣩͅᓣʗዞࣩ໧ ༁ࣼᤦ੫঎ ࣷᡥዞᤀᅳᤇᐹᤀᐹႥᅳᡓ໧ᔠ໧ ᑕႿʛ ᔽᡷ༁ ༁ᔽᤦ᤟ᔽႿ੫ ༁ᡱᔀዹᔽᔀ༁