Page 58 - 《广西植物》2023年第6期
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１ ０ ４ ４ 广 西 植 物 ４３ 卷
体培养基、４０ ℃ １ / ２ＭＳ 液体培养基、４ ℃ １ / ２ＭＳ
液体培养基中处理 ６ ｈꎬ迅速置于液氮中 １ ｍｉｎꎬ取 ２ 结果与分析
出放入 － ８０ ℃ 冰箱保存待用ꎮ 首先ꎬ用 ＲＮＡｐｒｅｐ
Ｐｕｒｅ 多糖多酚植物总 ＲＮＡ 提取试剂盒提取 ６ 种 ２.１ 铁皮石斛 ＳＴＭ 蛋白家族理化性质及亚细胞定
处理的铁皮石斛幼苗的 ＲＮＡ 和铁皮石斛幼苗根 位分析
茎 叶 的 ＲＮＡꎬ 并 用 ＰｒｉｍｅＳｃｒｉｐｔＴＭ Ⅱ １ｓｔ Ｓｔｒａｎｄ ＤｏＳＴＭ 蛋白家族的理化性质分析结果表明ꎬ
ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｋｉｔ 进行 ｃＤＮＡ 第一链的合成ꎮ 然 ＤｏＳＴＭ１ － ４ 的 氨 基 酸 数 目 分 别 为 １ ０２５、 ９７７、
后ꎬ以 ｃＤＮＡ 第 一 链 为 模 板ꎬ ２ × ＴＳＩＮＧＫＥ Ｍａｓｔｅｒ １ １０４、８３０ꎬ相对分子质量分别为 １１３.５３、１０９.０９、
Ｍｉｘ 及引物进行 ＰＣＲ 扩增ꎮ ＰＣＲ 反应程序:９８ ℃ １２１.６７、９３.１７７ꎻ等电点 ｐＩ 在 ６.０７ ~ ８.０６ 之间ꎻ不
预变性 ２ ｍｉｎꎻ９８ ℃ 变性 １５ ｓꎬ５５ ℃ 退火 １５ｓꎬ７２ ℃ 稳定系数在 ４４.３７ ~ ５８.４１ 之间ꎬ较为不稳定ꎻ脂肪
延伸 １ ｍｉｎꎬ变性－退火－延伸 ３０ 个循环ꎻ７２ ℃ 继续 系数在 ７８.１５ ~ ８３.０４ 之间ꎻ总平均亲水系数均为
延伸 １０ ｍｉｎꎮ 最后ꎬ进行 １％凝胶电泳ꎬ拍照记录 负数ꎬ在－０.４０５ ~ －０.３３５ 之间ꎬ表明 ＤｏＳＴＭ 蛋白均
电泳条带ꎮ 为亲水蛋白质( 表 ２)ꎮ 亚细胞定位预测结果显示
１.３.８ 数据处理及分析 用 ＩｍａｇｅＪ 测定电泳条带的 ＤｏＳＴＭ１－ ３ 定 位 在 细 胞 核ꎬ ＤｏＳＴＭ４ 定 位 在 叶 绿
灰度值ꎬＥｘｃｅｌ 对所得灰度值进行处理ꎬ将处理后的 体ꎮ 将筛选到的铁皮石斛 ＳＴＭ 蛋白 ＤｏＳＴＭ１－４ 进
数据导入 ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５ 中进行分析及作图ꎬ分 行跨膜结构域预测 ( 图 １)ꎬ结果显示跨膜结构域
析方法选用 Ｓｔｕｄｅｎｔｓ ｔ￣ｔｅｓｔꎬ显著水平均设为 ０.０５ꎮ 位于 Ｃ 末端 ２２ 个氨基酸残基处ꎮ
表 ２ ＤｏＳＴＭ 蛋白家族理化性质
Ｔａｂｌｅ ２ Ｐｈｙｓｉｃａｌ ａｎｄ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ＤｏＳＴＭ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ
分子量
氨基酸大小 不稳定系数 脂肪系数 总平均
基因符号 基因名称 蛋白 ＩＤ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ 等电点
Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｉｚｅ Ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ Ｆａｔ 亲水系数
Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ Ｇｅｎｅ ｎａｍｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＩＤ ｗｅｉｇｈｔ ｐＩ
(ａａ) ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ＧＲＡＶＹ
(ｋＤａ)
ＬＯＣ１１０１０２０２４ ＤｏＳＴＭ１ ＸＰ＿０２０６８５８４８ １ ０２５ １１３.５３ ６.７９ ５５.３４ ８０.４０ －０.３４７
ＬＯＣ１１００９９１８３ ＤｏＳＴＭ２ ＸＰ＿０２０６８１９２３ ９７７ １０９.０９ ８.０６ ５０.０８ ８２.７２ －０.３３５
ＬＯＣ１１００９２５４５ ＤｏＳＴＭ３ ＸＰ＿０２０６７２７９５ １ １０４ １２１.６７ ６.６４ ５８.４１ ７８.１５ －０.４０５
ＬＯＣ１１０１０３９７５ ＤｏＳＴＭ４ ＸＰ＿０２０６８８５４２ ８３０ ９３.１７７ ６.０７ ４４.３７ ８３.０４ －０.２８０
２.２ 铁皮石斛 ＳＴＭ 基因家族的系统进化分析 ４.７８％ꎬ无规卷曲占比为 ４９.５６％ ~ ５５.３４％ꎮ
系统进化分析显示 ９ 个物种的 ３４ 个 ＳＴＭ 蛋 ２.４ 铁皮石斛 ＳＴＭ 家族蛋白结构分析
白聚为 ４ 组 (Ａ－Ｄ)(图 ２)ꎬＡ 组的 ＳＴＭ 蛋白共有 对 ４ 个 ＤｏＳＴＭ 蛋白进行多序列比对 ( 图 ４)ꎬ
３ 个ꎬＢ 组的 ＳＴＭ 蛋白共有 ６ 个ꎬＣ 组的 ＳＴＭ 蛋白 结果 显 示 ＤｏＳＴＭ１ － ２ 蛋 白 序 列 同 源 性 较 高ꎮ
共有 ９ 个ꎬ Ｄ 组 的 ＳＴＭ 蛋 白 共 有 １６ 个ꎮ 其 中ꎬ ＤｏＳＴＭ 蛋白的保守基序分析结果表明 ４ 个 ＤｏＳＴＭ
ＤｏＳＴＭ１－２ 蛋白共同聚类在 Ｂ 组ꎬ有可能是较近发 蛋白均有 ＳＢＰ 保守结构域ꎬ而 ＤｏＳＴＭ１ / ３ 还同时
生的基因复制事件所造成ꎻＤｏＳＴＭ４ 聚类在 Ｃ 组ꎻ 包含 Ａｎｋ＿２ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙꎬＤｏＳＴＭ２ 则还包含 ＡＮＫＹＲ
ＤｏＳＴＭ３ 蛋白聚类在 Ｄ 组ꎮ (图 ５)ꎮ 同源的 ＤｏＳＴＭ１ 与 ＤｏＳＴＭ２ 含有 ｍｏｔｉｆ １－
２.３ 铁皮石斛 ＳＴＭ 蛋白的二级结构 １０ꎬ而 ＤｏＳＴＭ３ 与其相比缺少 ｍｏｔｉｆ ７ / １０ꎬＤｏＳＴＭ４
对 ＤｏＳＴＭ 蛋白质的二级结构进行分析ꎬ二级 不仅缺少 ｍｏｔｉｆ ７ / １０ꎬ还缺少 ｍｏｔｉｆ ３ / ４ ( 图 ５)ꎮ 表
结构占比如表 ３ 所示ꎬ二级结构图如图 ３ 所示ꎮ 结 明 ４ 个 ＤｏＳＴＭ 的蛋白结构并不高度保守ꎮ
果表明ꎬ铁皮石斛 ＳＴＭ 蛋白的二级结构包括 α 螺 ２.５ 铁皮石斛 ＳＴＭ 基因结构及顺式作用元件分析
旋、伸展链、β 转角和 无 规 卷 曲ꎬ其 中ꎬ铁 皮 石 斛 ＤｏＳＴＭ 基因结构分析如图 ６ 所示ꎬ发现 ４ 个
ＳＴＭ 蛋白的 α 螺旋占比为 ２８.６２％ ~ ３３.７６％ꎬ伸展 ＤｏＳＴＭ 均有 １０ 个编码区( 由于 ｇｆｆ３ 未注释 ＵＴＲꎬ
链占比为 １１.６８％ ~ １４.７０％ꎬβ 转角占比为４.０９％ ~ 故未标识非编码区)ꎮ 顺式作用元件分析发现 ４ 个
