Page 166 - 《广西植物》2024年第7期
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１ ３ ６ ６ 广 西 植 物 ４４ 卷
３６ 个 ＴＣＰ 成员( 温贝贝等ꎬ２０１９)ꎬ而在苦荞中的 选蛋 白 序 列 提 交 至 ＮＣＢＩ ＣＤＤ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ.
鉴定和表达分析尚未见被报道ꎮ 随着基因组数据 ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ｃｄｄ ) 和 ＰＦＡＭ ( ｈｔｔｐ: / / ｐｆａｍ.
的发 表ꎬ 苦 荞 中 的 转 录 因 子 被 陆 续 报 道ꎬ 如 ｘｆａｍ.ｏｒｇ / )数据库ꎬ具有 ＴＣＰ 保守结构域的蛋白被
ＦｔＭＹＢ１２ 的异源表达增强了转基因拟南芥对冷胁 确定为苦荞 ＴＣＰ 家族成员ꎮ
迫的 耐 受 性 ( Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５)ꎬ 过 表 达 荞 麦 １.３ ＦｔＴＣＰ 基因家族系统发育分析
ＦｔｂＨＬＨ３ 基因能增强转基因拟南芥抗干旱 / 氧化应 从 ＢＧＤＢ ( ｈｔｔｐ: / / ｂｕｃｋｗｈｅａｔ. ｋａｚｕｓａ. ｏｒ. ｊｐ / ) 数
激的能力(Ｙａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎬ苦荞毛状根中过表达 据库下载甜荞蛋白序列ꎻ从 Ｅｎｓｅｍｂｌ Ｐｌａｎｔｓ(ｈｔｔｐ: / /
ＦｔＤＲＥＢ６ 能 提 高 植 物 ＳＯＤ 和 ＣＡＴ 的 酶 活 性 且 ｐｌａｎｔｓ.ｅｎｓｅｍｂｌ.ｏｒｇ / ｉｎｄｅｘ.ｈｔｍｌ) 数据库下载水稻、甜
ＭＤＡ 含量下降ꎬ说明过表达 ＦｔＤＲＥＢ６ 能提高植物 菜的蛋白序列ꎮ 利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件将苦荞 ＴＣＰ 蛋
的抗旱性( 赵梦雨等ꎬ２０２２)ꎬ但是苦荞 ＴＣＰ 转录 白序列与甜菜、水稻、拟南芥和甜荞的 ＴＣＰ 蛋白序
因子在非生物胁迫中的作用尚不明确ꎮ 列进行同源比对ꎬ获取 ＴＣＰ 同源蛋白序列ꎮ 利用
本研究利用生物信息学方法对苦荞 ＴＣＰ 转录 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ｘ ２.０ 软件对 ５ 个物种的 ＴＣＰ 蛋白序列进
因子进行鉴定ꎬ并结合实时荧光定量 ＰＣＲ 方法对 行多序列比对ꎬ利用 ＭＥＧＡ ６.０ 软件ꎬ并采用邻接
干旱处理和盐处理下苦荞 ＴＣＰ 基因的相对表达量 法( ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇꎬＮＪ) 构建系统发育树ꎬ校验参
进行分析ꎬ拟探讨以下问题:(１) 苦荞 ＴＣＰ 转录因 数 Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 设置为１ ０００ꎬ其余参数为默认值ꎮ
子家族理化性质、亲缘进化关系、结构特征和顺式 １.４ ＦｔＴＣＰ 基因结构、蛋白理化性质和启动子序列
作用元件ꎻ(２) 苦荞 ＴＣＰ 转录因子基因家族成员 分析
在干旱胁迫和盐胁迫下的表达变化情况ꎮ 以期挖 使用 ＭＥＭＥ( ｈｔｔｐｓ: / / ｍｅｍｅ￣ｓｕｉｔｅ.ｏｒｇ / ) 网站在
掘与苦荞非生物胁迫相关的 ＴＣＰ 基因ꎬ为深入研 线预测 ＴＣＰ 蛋白基序ꎻ使用 ＮＣＢＩ ＣＤＤ( ｈｔｔｐｓ: / /
究苦荞 ＴＣＰ 转录因子在响应非生物胁迫中的功能 ｗｗｗ.ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ) 预测苦荞 ＴＣＰ 蛋 白 结 构
奠定基础ꎮ 域ꎻ 使 用 Ｐｒｏｔｐａｒａｍ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｅｂ. ｅｘｐａｓｙ. ｏｒｇ /
ｐｒｏｔｐａｒａｍ)在线软件ꎬ对苦荞 ＴＣＰ 蛋白理化性质进
１ 材料与方法 行 预 测ꎻ 利 用 ＷＯＬＦ ＰＳＯＲＴ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｏｌｆｐｓｏｒｔ.
ｈｇｃ.ｊｐ / )对苦荞 ＴＣＰ 蛋白进行亚细胞定位预测ꎻ使
１.１ 试验材料和胁迫处理 用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件从苦荞基因组中提取 ＴＣＰ 基因的
所选材料为苦荞麦品种‘ 川荞一号’ꎬ种植于 启 动 子 序 列ꎻ 利 用 Ｐｌａｎｔ ＣＡＲＥ ( ｈｔｔｐ: / /
长江大学农学院试验基地ꎮ 选取外形饱满ꎬ大小 ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ. ｐｓｂ. ｕｇｅｎｔ. ｂｅ / ｗｅｂｔｏｏｌｓ/ ｐｌａｎｔｃａｒｅ /
均匀的种子ꎬ用水浸泡 ２４ ｈ 后剥掉外壳ꎬ２５ ℃ 催 ｈｔｍｌ/ )数据库进行顺式作用元件分析ꎮ
芽ꎬ发芽后移入发芽盒中ꎬ置于 ２５ ℃ 、１６ ｈ 光照 / ８ １.５ ＦｔＴＣＰ 基因染色体定位和共线性分析
ｈ 黑暗的人工气候培养箱中培养ꎮ 将 １ 周的幼苗 从 Ｐｉｎｋｕ１ 数据库下载苦荞的全基因组文件和
用 １５％ ＰＥＧ６００ 和 ２００ ｍｏｌＬ ＮａＣｌ 溶液进行胁 ＧＦＦ３ 注释文件ꎬ利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件对苦荞 ＴＣＰ 基
￣１
迫处理ꎬ以清水处理为空白对照ꎬ２ 个胁迫处理和 因进行染色体定位ꎻ利用 ＭＣＳｃａｎＸ 软件分析苦荞、
对照均在 ０、３、６、９ ｈ 时取样品全部叶片ꎬ置于 ２ 甜荞、水稻、甜菜和拟南芥 ５ 个物种基因序列重复
ｍＬ 离心管中ꎬ液氮冷冻后－８０ ℃ 保存备用ꎬ设置 ３ 的事件ꎮ
次生物学重复ꎮ １.６ 转录组数据分析
１.２ ＦｔＴＣＰ 基因家族成员鉴定 从 ＮＣＢＩ ＣＥＯ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ /
从 苦 荞 基 因 组 数 据 库 Ｐｉｎｋｕ１ ( ｈｔｔｐ: / / ｇｅｏ / ｑｕｅｒｙ / ａｃｃ.ｃｇｉ? ａｃｃ ＝ ＧＳＥ１２６５７６) 获得苦荞不
ｍｂｋｂａｓｅ.ｏｒｇ / Ｐｉｎｋｕ１ / )下载苦荞蛋白序列ꎬ从 ＴＡＩＲ 同组织的转录组数据ꎮ 提取苦荞 ＴＣＰ 基因在根、
(ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.Ａｒａｂｉｄｐｏｓｉｓ.ｏｒｇ / ) 数据库下载拟南芥 茎、叶、花、花 后 １３ ｄ、花 后 １９ ｄ 和 花 后 ２５ ｄ 的
蛋白序列ꎬ以拟南芥 ＴＣＰ 蛋白序列为参考序列ꎬ使 ＲＮＡ￣ｓｅｑ 数据ꎬ将数据进行标准化后ꎬ利用 ＴＢｔｏｏｌｓ
用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件的 ＢＬＡＳＴ 板块对苦荞的基因组数 软件绘制苦荞 ＴＣＰ 基因的组织表达谱ꎮ
据进行比对和筛选ꎬ剔除重复的和无 ＴＣＰ 保守结 １.７ 实时荧光定量 ＰＣＲ 检测
构域的序列ꎬ得到 ＴＣＰ 蛋白候选序列ꎮ 将所有候 取 １００ ｍｇ 苦荞叶片置于研钵中ꎬ加入液氮后
