Page 8 - 《广西植物》2023年第6期
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Silva 进行物种注释分析ꎬ统计各样本的群落组成ꎮ 1ꎬ图 1:c)ꎬ管叶槽舌兰根内生真菌的相对丰度发生
以样本中数据量最少的为标准进行均一化处理 了改变ꎬ青霉属( Penicillium)、Aporospora、瘤菌根菌
后ꎬ基于 Qiime 软件计算 α 多样性指数及 β 多样 属( Epulorhiza) 经 干 燥 后 的 丰 度 降 低ꎬ 而 枝 孢 属
性指数ꎬ并进行 t ̄test 差异显著性检验ꎮ 利用 R 软 (Cladosporium)、镰刀菌属(Fusarium)和 Mycoacia 在
件的 VennDiagram 包和 Vegan 包进行维恩图及无 干燥后丰度明显升高ꎬ小脆柄菇属(Psathyrella) 和
度 量 多 维 标 定 法 ( non ̄metric multi ̄dimensional 刺盘孢属(Colletotrichum)的相对丰度经硅胶干燥后
scalingꎬNMDS)分析ꎮ 为进一步挖掘分组样本间的 的丰度为零ꎮ 从排名前 15 的硅胶干燥处理前后管
差异显著性真菌和细菌类群ꎬ选用 Metastat、LEfSe 叶槽舌兰根部内生真菌属水平绝对丰度值变化可
统计分析方法对分组样本的物种组成和群落结构 以看出ꎬ青霉属、瘤菌根菌属、Keissleriella 及亚隔孢
进行差异显著性检验ꎮ 对所有样品的相关性指数 壳属( Didymella) 在干燥后丰度值降低ꎬ其余属如
(斯皮尔曼相关系数 SCC) 进行计算后ꎬ用 cutoff = Aporospora、枝孢属、曲霉属(Aspergillus)、镰刀菌属、
0.6 对相关系数的绝对值进行过滤ꎬ结合物种丰度 假裸囊菌属( Pseudogymnoascus)、红菇属( Russula)
构建共发生网络(Network)图ꎮ 和链格孢属(Alternaria) 等在干燥后丰度值增加ꎬ而
小脆柄菇属和刺盘孢属在经硅胶干燥后的根部样
2 结果与分析 品的丰度值为零ꎮ 这与管叶槽舌兰根内生真菌在
属水平的相对丰度变化趋势总体相似ꎮ
基于 Illumina HiSeq 测序技术ꎬ从 16 个管叶槽 根据 OTUs 聚类结果(本文将未注释到的 OTU
舌兰根部 ITS 共获得 2 834 046 条有效 Tagsꎬ有效 包含在内一起计算ꎬ下同)ꎬ绘制 OTUs 韦恩图( 图
Tags 范围为 164 665 ~ 187 236ꎮ 从管叶槽舌兰根 1:g)ꎬ结果显示新鲜管叶槽舌兰根样中内生真菌
部 16S 共获得 2 375 402 条有效 Tagsꎬ有效 Tags 范 特有的 OTUs 有 56 个ꎬ 主 要 是 子 囊 菌 门 ( 16 个
围为 122 886 ~ 161 516ꎮ OTUs)和担子菌门(12 个 OTUs)ꎻ而经硅胶干燥后
2.1 内生菌群落物种组成和采样处理对其影响 根样中内生真菌有 123 个特有 OTUsꎬ主要隶属于
注释结果发现ꎬ新鲜管叶槽舌兰注释到的根内 子囊 菌 门 ( 47 个 OTUs)ꎬ 担 子 菌 门 仅 有 10 个
生真菌有 6 门 46 科 51 属ꎬ其中子囊菌门相对丰度 OTUsꎻ2 个分组共有的 OTUs 仅有 61 个ꎬ其中有 21
为 52.20%ꎬ担子菌门相对丰度为 20.22%ꎬ球囊菌门 个 OTUs 属于子囊菌门ꎬ8 个 OTUs 属于担子菌门ꎮ
(Glomeromycota)、罗兹菌门(Rozellomycota)、被孢霉 这表明干燥后的管叶槽舌兰根样中内生真菌群落
门(Mortierellomycota)、毛霉门相对丰度在 1%左右ꎻ 在丧失掉新鲜根样中的一些真菌类群的同时ꎬ也
而经硅胶干燥后的管叶槽舌兰注释到的根内生真 产生了相当数量的新的真菌类群ꎬ这些新产生的
菌有 6 门 88 科 116 属ꎬ其中子囊菌门相对丰度为 真菌主要隶属于子囊菌门ꎮ
57.84%ꎬ担子菌门相对丰度为 3.68%ꎬ球囊菌门、被 在内生细菌方面ꎬ新鲜管叶槽舌兰根内生细菌
孢霉门、毛霉门、罗兹菌门的相对丰度在 1%以下ꎮ 注释到 15 门 105 科 178 属ꎬ其中变形菌门相对丰度
在 2 个分组中ꎬ子囊菌门都占绝对优势ꎮ 相比较而 为 18. 21%ꎬ 蓝 藻 门 ( Cyanobacteria ) 相 对 丰 度 为
言ꎬ干燥后管叶槽舌兰根样内生真菌类群数量变 1.78%ꎬ厚 壁 菌 门 相 对 丰 度 为 1. 41%ꎬ 放 线 菌 门
多ꎻ新鲜管叶槽舌兰根样内生真菌群落中子囊菌 (Actinobacteria) 相 对 丰 度 为 1. 14%ꎬ 拟 杆 菌 门
门、球囊菌门占比低于硅胶干燥根样中的内生真菌 (Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、酸杆菌门
群落ꎬ而兰科菌根真菌最多的担子菌门明显高于硅 (Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi) 的相对丰度
胶干燥根样中的内生真菌群落(图 1:a)ꎮ 经硅胶干 低于 1%ꎻ而经硅胶干燥后的管叶槽舌兰注释到的
燥后ꎬ管叶槽舌兰根内生真菌在科水平(图 1:b) 的 根内生细菌有 21 门 154 科 336 属ꎬ其中变形菌门相
相对丰度发生了改变ꎬ曲霉科(Aspergillaceae) 在干 对丰度为 48.71%ꎬ厚壁菌门(Firmicutes) 相对丰度
燥后丰度明显降低ꎬ而枝孢霉科( Cladosporiaceae) 为 8.31%ꎬ放线菌门相对丰度为 5.67%ꎬ拟杆菌门
在干燥后丰度明显升高ꎬ小丛壳科(Glomerellaceae) (Bacteroidetes)相对丰度为 3.41%ꎬ蓝藻门相对丰度
和胶膜菌科(Tulasnellaceae)的相对丰度在经硅胶干 为 2. 58%ꎬ 螺 旋 体 门、 酸 杆 菌 门、 硝 化 螺 旋 菌 门
燥后的根样品中的丰度几乎为零ꎮ 在属水平上(表 (Nitrospirae)、绿弯菌门的相对丰度低于 1%(图 1: