Page 166 - 《广西植物》2021年第9期
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ϟ ጢ ᤃ ࿗ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
ᡱᑕႿᡷᡷʛᤦዹᤦᔽ ᡱҴࣼ ᔀʛࣼ ዹႿ ᣰ ᤦᑕ༁ᡷ ᡱၤᡱɯ 进行 ାᑕ༁ᡷᡱᖔ分 ྉ̀ࣼᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕᖔ ԡϟሕɯᖔ利用 ఋᑕႿ੫ ᔀᡷ ᑕྉԡϟᤃɯ对该
别找出中华猕猴桃 ϟᤃ 个 ۩᧣ᣏ 转录因子在模式植 转录组原始数据进行注释分析其授粉 ԡܦϟԡܦϟᎮ
物拟南芥对应的基因ᤥ 通过 ऊᔀ᥋۪ᓂᆍዹԡ ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ʛ 后的表达谱结果ᖔ通过筛选中华猕猴桃 ۩᧣ᣏ 基
औऔऔዹ༁ᤦᔽᆍ༁ᢼᡷࣼᔀʛࣼዹႿ ᣰ ᤦᔽᆍᔽႿᣰ ऊᔀ᥋۪ᓂᆍዹ᥋ ᣰ ɯ 对该家 因家族的 ϟᤃ 个基因成员表达水平 è۪ᥘ 值分析
族成员进行亚细胞定位分析ᤥ 其 ۩᧣ᣏ 基因表达水平情况ᤥ
ϟ 保守结构域ܓ信号肽的分析及跨膜域的预测
জ 结果与分析
জ 利用 શऊା᧧ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ औऔऔ Ⴟዹᤦᔽ Ⴟቝ Ⴟᔽၤ ੫ᆍ ᣰ
୩ᡷʢࣼዹᡷࣼʢᔀ ᣰ ዹʛʛ ᣰ औʢᡱ༁ᤦዹ੫ᔽɯ 预测 ۼᨃᣮ 蛋白的保守结
构域ଫ 利用 ୩ᔽ੫Ⴟᑕ۪࿗ ϟ ୩ᔀʢᔀʢ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ ዹᤦ༁ ԣॹϓ 中华猕猴桃 ۩᧣ᣏ 蛋白的理化性质分析
ʛᡷࣼʛҴ ᣰ ༁ᔀʢᔽዹᔀ༁ᣰ ୩ᔽ੫Ⴟᑕ۪ ᣰ ɯ分析 ۼᨃᣮ 蛋白的信号肽ଫ 利用 ۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ 预 测 分 析中华猕猴桃 ϟᤃ 个
在 ఋᥘ̀ᥘᥘ ୩ᔀᔀʢ ԡ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ᣰ ᣰ औऔऔ ዹᤦ༁ ʛᡷࣼ ʛҴ ᣰ ۩᧣ᣏ 转录因子的理化性质ᖔ分析结果显示中华猕猴
༁ᔀʢᔽዹᔀ༁ᣰ ఋᥘ̀ᥘᥘᣰ ɯ在线程序输入中华猕猴桃 ϟᤃ 个 桃 ۩᧣ᣏ 转 录 因 子的氨基酸范围为 ϟሕऐ
۩᧣ᣏ 转录因子蛋白序列进行跨膜域预测分析ᤥ ྉዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟɯ ጲ ሕᎮϟྉዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ԡϟɯଫ分子量大小范围
ϟሕ 磷酸化位点的预测分析 জ 通过在 线 工 具 为 ϟᤃྉዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟɯ ጲ࿗ϟऐጢ Ҵ᧕ྉዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ԡϟɯଫ等
શᔀᡷ۪ၤᆍ༁ ሕ ϟ ୩ᔀʢᔀʢ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ዹᤦ༁ ʛᡷࣼ ʛҴ ᣰ 电点为 ጢϟ࿗ྉዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ϟɯ ጲ ँᎮँྉዶዹၤႿϟ࿗ϟԡԡϟɯᖔ其
༁ᔀʢᔽዹᔀ༁ᣰ શᔀᡷ۪ၤᆍ༁ᣰ ɯ对中华猕猴桃的 ۩᧣ᣏ 转录因子 中ᖔዶዹၤႿԡጢሕँϟܦዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ϟܦዶዹၤႿϟԡ࿗ጢሕϟܦዶዹၤႿሕᤃ࿗ጢϟܦ
潜在磷酸化位点进行预测分析ᤥ ዶዹၤႿϟ࿗ጢጢᤃϟ 的等电点均小于 Ꭾᖔ它们可能编码弱酸
ϟ ࿗ 二级 结 构ܓ 三级结构的分析预测 জ 使用 性蛋白ᖔ在酸性亚细胞环境中发挥作用ଫ不稳定指
୩ᨃ۪ᥘዶ 程序 ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ Ⴟᡱ༁ᑕ᥋ᡱʢᑕᤦᔽ ᔽᤦዹᡱ ʢ ᣰ ዹ੫ᔽ᥋ᤦᔽႿ ᣰ 数为 ࿗ᤃԡϟ ጲ Ꭾ࿗ϟጢᖔ表明均为不稳定蛋白ྉ 不稳定
Ⴟᡱ༁ᑕᡸᑕࣼᡷᆍቝᑕᡷ ᡱᥳ ᡱᑕ੫ᔀ ᢉ Ⴟᡱ༁ᑕᡸ༁ᆍᡱቝᑕ ၤᡷቝɯ 对中华 指数 ᢦ࿗ԡ 为不稳定蛋白ɯଫ 脂肪指数 为 ࿗࿗ ጢሕ
猕猴桃 ۩᧣ᣏ 转录因子的蛋白质二级结构进行预 ྉዶዹၤႿԡጢሕँϟɯ ጲ Ꭾँ࿗ँྉዶዹၤႿϟ࿗ϟԡԡϟɯᖔ说明蛋白成
测分 析ଫ 利 用 在线工具 ୩ۼ᧧୩୩᥋ᥘᨃ᧕ጶᓂ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ 员间热稳定性差异较大ᤥ 负电荷的氨基酸残基数
༁औᔽ༁༁ቝᆍʛᔀᔀᡱᑕ༁ᢃᆍʢ੫ ᣰ ɯ对其蛋白质的三级结构进 ྉዶ༁ᡱ շ ᥈ࣼɯ为 ϟሕྉዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟɯ ጲሕᎮྉዶዹၤႿሕᤃ࿗ጢϟɯᖔ正
行预测分析ᤥ 电荷的氨基酸残基数ྉዶʢ੫ շ ᓂᢃ༁ɯ为 ϟ࿗ྉዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟɯ ጲ
ϟ ጢ 保守基序分析 জ 利 用 在线工具 ᥘጶᥘጶ ࿗ ྉ ዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ԡϟɯᖔ 其中ᖔ 除 ዶዹၤႿԡጢሕँϟܦ ዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ϟܦ
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ቝᔀቝᔀ᥋༁ࣼᔽᡷᔀᆍʢ੫ ᣰ ᡷᆍᆍ༁ᣰ ቝᔀቝᔀɯ对中华猕猴桃 ዶዹၤႿϟԡ࿗ጢሕϟܦዶዹၤႿሕᤃ࿗ጢϟܦዶዹၤႿϟ࿗ጢጢᤃϟ 这 ጢ 个成员的负
的 ۼᨃᣮ 蛋白家族进行保守基序分析ᖔ参数设置᧥ 电荷的氨基酸残基总数大于正电荷的氨基酸残基
ቝᆍᡷᔽ༁ 的数值设为 ϟԡᖔ其余参数默认ᤥ 总数外ᖔ其余 ϟሕ 个 ۼᨃᣮ 蛋白成员的正电荷的氨基
ϟᤃ 序列的多重比对及进化树的构建জ 利用中 酸残基总数大于负电荷的氨基酸残基总数ᤥ 亚细
华猕 猴 桃 的 ዶዹၤႿϟᎮሕऐϟ 蛋白序列在 ۪ᑕႿᡷఋè᧕ା 胞定位分析表明ᖔ中华猕猴桃的 ϟᤃ 个 ۼᨃᣮ 蛋白成
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ᡱᑕႿᡷᡷʛᤦዹᤦᔽᡱҴࣼᔀʛࣼዹႿ ᣰ ᤦᑕ༁ᡷᡱၤᡱɯ 数据库 员均位于细胞核ྉ表 ϟɯᤥ
进行 ାᑕ༁ᡷᡱᖔ分别找到番茄ܦ辣椒ܦ油菜ܦ葡萄ܦ玉 根据各个 ۼᨃᣮ 蛋白成员的氨基酸组成不同ᖔ
米ܦ拟南芥等其他 ϟጢ 物种中的同源蛋白序列ᖔ并 主要分为 ᑕܦᤦܦዹܦʛܦᔀ 五类᧥ᑕ 类以丝氨酸为主ᖔ包
分别下载下来ᤥ 通过软件 ᥘጶ᥈ዶ᥋ᣮྉ ୩ࣼʛၤᔽʢ ᔀᡷ ᑕᖔ 括 ዶዹၤႿϟᎮሕऐϟܦዶዹၤႿԡϟጢϟܦዶዹၤႿऐጢᎮऐϟܦዶዹၤႿԡᎮ࿗ጢϟܦ
ԡϟऐɯ 中的 ऊࣼᡷᑕۼ 比 对 功能对中华猕猴桃的 ዶዹၤႿԡጢሕँϟܦ ዶዹၤႿϟԡ࿗ጢሕϟܦ ዶዹၤႿϟ࿗ጢጢᤃϟܦ ዶዹၤႿϟᎮጢᎮϟܦ
ዶዹၤႿϟᎮሕऐϟ 蛋白序列与拟南芥等其他 ϟጢ 种植物 ዶዹၤႿሕᤃሕ࿗ϟܦ ዶዹၤႿϟ࿗ϟԡԡϟ 这 ϟԡ 个成 员ᖔ 其中
的同源蛋白序列进行多重比对ᖔ参数默认ଫ并用邻 ዶዹၤႿԡጢሕँϟ 丝氨酸的含量最高ᖔ为 ϟጢԡᠮଫᤦ 类
接法 ྉ Ⴟᔀʢ੫ၤᤦᆍʢ᥋ᢼᆍᔽႿᖔ શȮɯ 构建进化树ᖔ ାᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱ 中仅有 ዶዹၤႿሕᤃ࿗ጢϟ 这 ϟ 个成员ᖔ其氨基酸组成以
ʢᔀᡱᔽዹᑕᡷᔽᆍႿ༁ 值设定为 ϟ ԡԡԡᤥ 丝氨酸和谷氨酰胺 为 主ᖔ 丝氨酸和谷氨酰各占
ϟᎮ 中华猕猴桃在不同生长发育时期的 ۩᧣ᣏ 基 ँሕԡᠮଫ ዹ 类以亮氨酸为主ᖔ 包括 ዶዹၤႿϟሕϟᤃऐϟܦ
因表达分析জ 中华猕猴桃授粉后 ԡܦϟԡܦϟᎮ ʛ 的 ዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟܦ ዶዹၤႿሕሕᤃጢँϟ 这 ሕ 个成员ᖔ 其中
转录组原始数据下载于 શऊା᧧ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ዶዹၤႿϟԡᎮᎮᎮϟ 亮氨酸最高ᖔ占 ϟԡँԡᠮଫʛ 类中以亮
ႿዹᤦᔽႿቝ Ⴟᔽၤ ੫ᆍ ᣰ ɯ 数据库 ྉ ୩ዶ શᆍ ୩ዶԡᤃጢᤃ࿗ɯ 氨酸和苏氨酸为主ᖔ 仅含 ዶዹၤႿँँᤃᤃϟ 这 ϟ 个成
