Page 167 - 《广西植物》2023年第10期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｏｃｔ. ２０２３ꎬ ４３(１０): １９２１－１９３１
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２０６０１２
赵渊祥ꎬ 梁大曲ꎬ 谢双琴ꎬ 等ꎬ ２０２３. 猴樟叶绿体基因组特征分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４３(１０): １９２１－１９３１.
ＺＨＡＯ ＹＸꎬ ＬＩＡＮＧ ＤＱꎬ ＸＩＥ ＳＱꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｂｏｄｉｎｉｅｒｉ [Ｊ].
Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４３(１０): １９２１－１９３１.
猴樟叶绿体基因组特征分析
赵渊祥 ꎬ 梁大曲 ꎬ 谢双琴 ꎬ 王好运 ꎬ 吴 峰 １ ２∗
１ꎬ２
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( １. 贵州大学 贵州省森林资源与环境研究中心ꎬ 贵州省高原山地林木培育重点实验室ꎬ
贵阳 ５５００２５ꎻ ２. 贵州大学 林学院ꎬ 贵阳 ５５００２５ )
摘 要: 猴樟(Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｂｏｄｉｎｉｅｒｉ)枝叶含有丰富的精油ꎬ是重要的园林绿化树种和经济树种ꎬ但目前有
关猴樟基因组学的研究报道不多ꎮ 为揭示猴樟叶绿体基因组特征及系统发育关系ꎬ该文基于高通量测序平
台进行测序ꎬ从头组装了完整的猴樟叶绿体基因组ꎬ并对其基因组结构、基因构成及序列重复、密码子使用
偏好性以及系统发育进行分析ꎬ结合樟亚科主要属物种叶绿体基因组数据构建系统发育树ꎮ 结果表明:(１)
猴樟叶绿体基因组全长 １５２ ７２７ ｂｐꎬ包括一对 ２０ １３２ ｂｐ 的反向重复(ＩＲｓ)区、９３ ６０５ ｂｐ 的大单拷贝(ＬＳＣ)区
和 １８ ８５８ ｂｐ 的小单拷贝(ＳＳＣ)区ꎬ总 ＧＣ 含量为 ３９.１３％ꎮ (２)该基因组共编码 １２７ 个基因ꎬ包括 ８３ 个蛋白
质编码基因(ＰＣＧｓ)、３６ 个转运 ＲＮＡ 基因(ｔＲＮＡｓ)和 ８ 个核糖体 ＲＮＡ 基因(ｒＲＮＡｓ)ꎻ共鉴定出 ９２ 个 ＳＳＲ 位
点ꎬ其中大部分是 Ａ / Ｔ 组成的单核苷酸重复序列ꎻ密码子适应指数( ＣＡＩ) 为 ０.１６６ꎬ有效密码子数( ＥＮｃ) 为
５４.６８ꎻ猴樟与近缘种的叶绿体基因组主要在 ＩＲ 区和 ２ 个 ＳＣ 区边界上存在一定的差异ꎮ (３)２４ 种樟亚科植
物的系统发育树显示ꎬ猴樟与樟树亲缘关系最近ꎬ同时支持了 樟 属 － 甜 樟 属 分 支 ( Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ￣Ｏｃｏｔｅａ
Ｃｌａｄｅ)、月桂属－新木姜子属分支(Ｌａｕｒｕｓ￣Ｎｅｏｌｉｔｓｅａ Ｃｌａｄｅ)、润楠属－鳄梨属分支(Ｍａｃｈｉｌｕｓ￣Ｐｅｒｓｅａ Ｃｌａｄｅ) 的建
立ꎮ 该研究丰富了猴樟遗传资源信息ꎬ进一步确定了樟亚科主要属的系统发育地位ꎮ
关键词: 猴樟ꎬ 叶绿体基因组ꎬ ＳＳＲꎬ 密码子使用偏好性ꎬ 系统发育
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２３)１０￣１９２１￣１１
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ
ｏｆ Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｂｏｄｉｎｉｅｒｉ
１ꎬ２ １ꎬ２ １ꎬ２
ＺＨＡＯ Ｙｕａｎｘｉａｎｇ ꎬ ＬＩＡＮＧ Ｄａｑｕ ꎬ ＸＩＥ Ｓｈｕａｎｇｑｉｎ ꎬ
１ꎬ２
ＷＡＮＧ Ｈａｏｙｕｎ ꎬ ＷＵ Ｆｅｎｇ １ꎬ２∗
( １. Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｆｏｒｅｓｔ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｏｆ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔ Ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｌａｔｅａｕ Ｍｏｕｎｔａｉｎ ｏｆ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ
Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｇｕｉｙａｎｇ ５５００２５ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｇｕｉｙａｎｇ ５５００２５ꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２２－０８－０５
基金项目: 贵州省种苗站项目(２０２２￣ＺＭ￣０５)ꎻ 贵州省科技厅计划项目(黔科合平台人才[２０１８]５２６１)ꎻ 贵州省一流学科建设项目
(ＧＮＹＬ[２０１７]００７)ꎮ
第一作者: 赵渊祥(１９９８－)ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事林木遗传育种研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｇｓ.ｙｘｚｈａｏ２０＠ ｇｚｕ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
∗
通信作者: 吴峰ꎬ博士ꎬ教授ꎬ主要从事林木遗传育种研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｆｗｕ＠ ｇｚｕ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
