Page 172 - 《广西植物》2023年第10期
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１ ９ ２ ６ 广 西 植 物 ４３ 卷
图 ２ 猴樟叶绿体基因组 ＳＳＲ 位点分布
Ｆｉｇ. ２ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＳＳＲ ｌｏｃｉ ｏｆ Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｂｏｄｉｎｉｅｒｉ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
２.３ 叶绿体基因组密码子偏好性分析 亚科主要属中 ２４ 个物种的叶绿体基因组构建了系
猴樟 叶 绿 体 基 因 组 有 效 密 码 子 数 ( ＥＮｃ) 为 统发育树(图 ４)ꎮ 由图 ４ 可知ꎬ根据节点支撑将构
５４.６８ꎬ密码子适应指数( ＣＡＩ) 为 ０.１６６ꎬＲＳＣＵ > １ 建的系统发育树分为 ８ 个分支ꎮ 猴樟所在分支樟属－
的密码子有 ３０ 个( 表 ２)ꎬ其中以 Ａ / Ｕ( Ｔ) 结尾的 甜樟属分支( Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ￣Ｏｃｏｔｅａ Ｃｌａｄｅ) 包括樟属
有 ２６ 个ꎬ以 Ｇ / Ｃ 结尾的有 ４ 个ꎮ 鸟嘌呤和胞嘧啶 (Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ)和檫木属(Ｓａｓｓａｆｒａｓ)ꎬ该分支分为 ３
碱基在密码子第三位出现频率( ＧＣ３ｓ) 为 ３３.８％ꎬ 个亚分支ꎬ樟树( Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｃａｍｐｈｏｒａ) 和猴樟以
较叶绿体基因组 ＧＣ 含量(３９.１３％)低ꎮ １００％支持率所处同一亚分支ꎮ 月桂属－新木姜子属
２.４ ＩＲ 区边界的收缩和扩张分析 分支(Ｌａｕｒｕｓ￣Ｎｅｏｌｉｔｓｅａ Ｃｌａｄｅ) 包括月桂属(Ｌａｕｒｕｓ)、
将猴樟叶绿体基因组与樟亚科内近缘属中的 木姜子属(Ｌｉｔｓｅａ)、黄肉楠属(Ａｃｔｉｎｏｄａｐｈｎｅ)、山胡椒
肉桂、檫木、新樟、月桂和大叶新木姜子叶绿体基 属(Ｌｉｎｄｅｒａ)和新木姜子属(Ｎｅｏｌｉｔｓｅａ)ꎬ其中月桂属、
因组进行比较ꎬ分析 ＩＲ 边界的扩张和收缩(图 ３)ꎮ 木姜子属和山胡椒属为复系ꎬ黄肉楠属和新木姜子
由图 ３ 可知ꎬ６ 种叶绿体基因组 ＩＲ 区域长度差异 属为复系ꎮ 润楠属 － 鳄梨属分支 ( Ｍａｃｈｉｌｕｓ￣Ｐｅｒｓｅａ
较小(２０ ０６６ ~ ２０ ２５７ ｂｐ)ꎬ位于 ＩＲ 区边界及边界 Ｃｌａｄｅ)包括楠属(Ｐｈｏｅｂｅ)、鳄梨属(Ｐｅｒｓｅａ)、油丹属
两侧的基因主要包括 ｙｃｆ２、ｙｃｆ１、ｎｄｈＦ、ｙｃｆ１、ｙｃｆ２ 以 ( Ａｌｓｅｏｄａｐｈｎｅ )、 润 楠 属 ( Ｍａｃｈｉｌｕｓ ) 和 赛 楠 属
及 ｔｒｎＨꎮ ６ 个物种 ＬＳＣ －ＩＲｂ( ＪＬＢ) 连接处的基因 (Ｎｏｔｈａｐｈｏｅｂｅ)ꎮ 檬果樟属( Ｃａｒｙｏｄａｐｈｎｏｐｓｉｓ)、新樟
均为 ｙｃｆ２ 基因ꎬＳＳＣ－ＩＲａ( ＪＳＡ) 连接处的基因均为 属(Ｎｅｏｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ)、厚壳桂属(Ｃｒｙｐｔｏｃａｒｙａ)、琼楠
ｙｃｆ１ 基因ꎬＳＳＣ 区的长度为 ４ １９０ ~ ４ ５８９ ｂｐꎬ差异 属(Ｂｅｉｌｓｃｈｍｉｅｄｉａ)、油果樟属(Ｓｙｎｄｉｃｌｉｓ) 为单系ꎮ 此
较大ꎬ新樟 ｙｃｆ１ 位于 ＩＲａ 区长度明显缺失ꎮ 所有 外ꎬ 值 得 注 意 的 是ꎬ 新 樟 属 与 同 为 樟 亚 族
的 ｔｒｎＨ 基因均位于 ＬＳＣ 区ꎬ距 ＩＲａ－ＬＳＣ( ＪＬＡ) 边 (Ｓｕｂｔｒｉｂ. Ｃｉｎｎａｍｏｍｅａｅ)的樟属和檫木属关系较远ꎮ
界 １ ~ ２１ ｂｐ 不等ꎮ 肉桂和大叶新木姜子 ＩＲｂ－ＳＳＣ
(ＪＳＢ)边界缺失一个 ｙｃｆ１ 基因ꎬ其余 ４ 个物种 ｙｃｆ１ ３ 讨论与结论
在 ９３８ ~ １ ４３０ ｂｐ 之间ꎬ长度较短ꎬ可能为假基因ꎮ
新樟 ＪＳＢ 边界附近缺失一个 ｎｄｈＦ 基因ꎮ 樟科 植 物 叶 绿 体 基 因 组 全 长 在 １１４ ６０３ ~
２.５ 系统发育分析 １５８ ５９８ ｂｐ 之间( 田永靖ꎬ２０２１)ꎬ差异较大ꎬ其基
为明确猴樟在樟亚科的系统发育地位ꎬ利用樟 因组大小主要取决于 ＩＲ 区的扩张、收缩乃至缺失
