Page 175 - 《广西植物》2023年第10期
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１０ 期                           赵渊祥等: 猴樟叶绿体基因组特征分析                                         １ ９ ２ ９

            (Ｌｉｎｄｅｒａ ｃｈｕｎｉｉ) ( Ｔｉａｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)、鳄梨( Ｐｅｒｓｅａ   维持植物光合作用和环境胁迫下的光保护时发挥
            ａｍｅｒｉｃａｎａ)(Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６) 等其他樟科植物重             积极作用(Ｐｅｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)ꎬ表明 ｙｃｆ１ 和 ｎｄｈＦ 受
            复序列特征相似ꎮ 猴樟叶绿体基因组 ＳＳＲ 位点主                          环境选择作用较为明显ꎬ因此二者在系统发育研
            要分布在单拷贝区( ＬＳＣ 和 ＳＳＣ)ꎬ其中 ＬＳＣ 区占                     究中被认为是较有前途的叶绿体基因组条形码

            比最多ꎬ与 猴 欢 喜 ( Ｓｌｏａｎｅａ ｓｉｎｅｎｓｉｓ) ( 王 一 麾 等ꎬ         (Ａｍａｒꎬ ２０２０)ꎮ 综上结果可为樟科树种亲缘关系
            ２０２１)、长柄水青冈( Ｆａｇｕｓ ｌｏｎｇｉｐｅｔｉｏｌａｔａ) ( Ｌｉａｎｇ ｅｔ      的鉴定提供新依据ꎮ
            ａｌ.ꎬ ２０２１)等被子植物的研究结果一致ꎮ 此外ꎬ所                           本研究利用 ＮＣＢＩ 公布的樟亚科主要属的物

            有的 ＳＳＲ 位点中ꎬＡ / Ｔ、ＡＴ / ＴＡ、ＡＡＴ / ＴＡＴ、ＡＡＡＴ /          种叶绿体基因组ꎬ通过系统进化分析确定猴樟在
            ＴＡＡＡ 等 Ａ / Ｔ 重复类 ＳＳＲ 占总数的 ８５.８％ꎬ与其                 樟科植物中的进化地位和亲缘关系ꎮ 猴樟与樟树

            他樟科植物的研究结果类似( Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６ꎻ
                                                               亲缘关系最近ꎬ同时与檫木属的檫木、台湾檫木ꎬ
            Ｔｉａｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)ꎮ 在基因组中 ＧＣ 含量越低则表                以及樟属肉桂组的肉桂和刀把木可聚为一支ꎬ与
            示 ＤＮＡ 的稳定性越低ꎬ因此ꎬ较多的 Ａ / Ｔ 重复类                      Ｚｈａｎｇ 等( ２０２１) 的 研 究 结 果 一 致ꎮ 参 考 Ｓｏｎｇ 等
            ＳＳＲ 可能产生更多的突变位点ꎬ这些 ＳＳＲ 位点可
                                                               (２０２０)基于叶绿体基因组对樟科的分类ꎬ将 ８ 个
            进一步开发为樟属乃至樟科植物种内遗传变异和
                                                               分 支 命 名 为 Ｌａｕｒｕｓ￣Ｎｅｏｌｉｔｓｅａ 分 支、 Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ￣
            物种鉴定的分子标记ꎮ 猴樟叶绿体基因组高频密
                                                               Ｏｃｏｔｅａ 分支、Ｍａｃｈｉｌｕｓ￣Ｐｅｒｓｅａ 分支、Ｎｅｏｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ
            码子有 ３０ 个ꎬ其中 Ａ / Ｔ(Ｕ)结尾的占 ８６％ꎬ这与樟
                                                               分 支、 Ｃａｒｙｏｄａｐｈｎｏｐｓｉｓ 分 支、 Ｃｒｙｐｔｏｃａｒｙａ 分 支、
            树叶绿体基因密码子偏好性的研究结果相似( 秦
                                                               Ｂｅｉｌｓｃｈｍｉｅｄｉａ 分支、Ｓｙｎｄｉｃｌｉｓ 分支ꎮ 其中ꎬ樟属 －甜
            政等ꎬ２０１８)ꎬ表明叶绿体基因组密码子第三位碱
                                                               樟属分支( Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ￣Ｏｃｏｔｅａ Ｃｌａｄｅ) 包括樟属和
            基存在不对称性ꎬ更加偏好使用 Ａ / Ｔ(Ｕ)碱基ꎮ 此
                                                               檫木属ꎻ月桂属、木姜子属、黄肉楠属、山胡椒属和
            外ꎬ鸟嘌呤和胞嘧啶碱基在密码子第三位出现频
                                                               新木姜子属归为月桂属－新木姜子属分支( Ｌａｕｒｕｓ￣
            率(ＧＣ３ｓ) 明显较叶绿体基因组 ＧＣ 含量低ꎬ与山
                                                               Ｎｅｏｌｉｔｓｅａ Ｃｌａｄｅ)ꎬ 与 Ｚｈａｎｇ 等 ( ２０２１ ) 和 田 永 靖
            胡椒属 ( Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)、 木 姜 子 属 ( Ｚｈａｎｇ ｅｔ
                                                               (２０２１)基于叶绿体基因组的研究结果相似ꎮ 润楠
            ａｌ.ꎬ ２０２１)物种研究结果类似ꎬ表明猴樟叶绿体基
                                                               属－鳄梨属分支( Ｍａｃｈｉｌｕｓ￣Ｐｅｒｓｅａ Ｃｌａｄｅ) 包括楠属、
            因组密码子更加偏好 Ａ / Ｔ 碱基ꎮ
                                                               鳄梨属、油丹属、润楠属和赛楠属ꎬ该结果支持了
                 本研究中ꎬ６ 个树种 ＩＲ 区相差较小ꎬ边界基因
            分布基本一致ꎮ 位于 ＳＳＣ、ＬＳＣ 与 ＩＲ 边界的基因                      Ｓｏｎｇ 等( ２０２０) 的研究ꎮ 此外ꎬＫｏｓｔｅｒｍａｎｓ( １９５７)
                                                               基于表型特征将樟属、檫木属、新樟属划分为樟亚
            分别为 ｙｃｆ１ 和 ｙｃｆ２ꎬ没有出现明显的重排现象ꎬ与
                                                               族ꎻ而本研究中猴樟所在的樟属与新樟属关系较
            田永靖(２０２１)对 ３４ 种樟科植物叶绿体基因组的
            研究结果一致ꎬ表明樟科植物叶绿体基因组的结                              远ꎬ对 ＩＲ 边界的分析也支撑这一结果ꎬ即猴樟与
                                                               新樟的 ｙｃｆ１ 和 ｎｄｈＦ 基因存在较大的差异ꎬ而这两
            构具有较高的相似度ꎬ在进化上有密切的联系ꎮ
            被子植物中ꎬ假基因 ｙｃｆ１( ψｙｃｆ１) 和 ｙｃｆ２( ψｙｃｆ２) 等            个基因在系统发育中有重要的作用ꎬ这些结果表
                                                               明新樟在进化过程中受环境选择压力作用在叶绿
            通常 是 由 ＩＲ 区 的 扩 张 与 收 缩 产 生 ( Ｇｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ
            ２０１９)ꎬ本研究中 ψｙｃｆ１ 在肉桂和大叶新木姜子中                       体基因组上表现出了较为明显的变异ꎮ Ｗａｎｇ 等
            缺失ꎬψｙｃｆ２ 在肉桂、大叶新木姜子和猴樟中均缺                          (２０１０) 基 于 Ａ￣ｔｒｎＨ、 ｔｒｎＫ 和 ＩＴＳ 等 序 列ꎬ Ｌｉ 等
            失ꎮ 相比其他 ５ 个物种ꎬ新樟 ｙｃｆ１ 基因出现片段                       (２０１６)结合 ＲＰＢ２、ＬＥＡＦＹ 和 ＩＴＳ 序列以及田永靖
            缺失ꎬｎｄｈＦ 则完全缺失ꎮ 此外ꎬ６ 个物种 ｙｃｆ１ 长度                    (２０２１)基于叶绿体基因组的研究结果均表明ꎬ新
            差异较大ꎬ主要表现为位于 ＳＳＣ 区的长度变异明                           樟属与樟属、檫木属分开ꎬ在分类上应该具有独立
            显ꎮ 之前的研究表明ꎬｙｃｆ１ 和 ｎｄｈＦ 等基因缺失和                      的地位ꎬ本研究所得结果也支撑了这一结论ꎮ 综
                                                               上所述ꎬ本文解析了猴樟叶绿体基因组的结构、基
            插入 的 频 率 明 显 高 于 平 均 水 平 ( Ｄａｎｉｅｌｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ
            ２０１６)ꎮ ｙｃｆ１ 基因对植物的生存能力至关重要ꎬ其                       因数量、重复序列、密码子偏好等特征ꎬ分析了猴
            在 ＳＳＣ 区 部 分 具 有 较 高 的 序 列 变 异 性 ( Ｄｏｎｇ ｅｔ          樟在樟亚科的地位以及樟亚科植物的系统发育关
            ａｌ.ꎬ ２０１５)ꎬｎｄｈＦ 基因编码叶绿体 ＮＡＤ(Ｐ) Ｈ 脱氢                系ꎬ为进一步研究猴樟的系统进化和育种研究提
            酶(ＮＤＨ)复合体的一个亚基ꎬ叶绿体 ＮＤＨ 蛋白在                         供了理论依据ꎮ
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