Page 93 - 《广西植物》2023年第7期
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7 期 李大标等: 浙江遂昌马尾松林物种和谱系 β 多样性驱动因子分析 1 2 6 1
(The Plant List) 规范物种名录ꎮ 谱系树采用 Qian 用ꎬ用环境因子指示生境异质性的作用ꎬ经方差分
和 Jin( 2016) 编 写 的 “ S. PhyloMaker” 函 数 中 的 解即可得到二者的相对贡献( Shi et al.ꎬ 2021)ꎮ
“Scenario 3”进行构建ꎮ 将土壤与地形共 9 个因子合并为总的生境变量
1.2.3.2 土壤因子、地形因子和地理距离 本研究 (habitat distanceꎬ habDist)ꎬ之后进行基于距离的
测量了 TN、TC、TP、AP、NH -N 和 NO -N 共 6 个 冗 余 分 析 ( distance ̄based redundancy analysisꎬ
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土壤因子数据ꎬ以及海拔、坡向、坡度共 3 个地形 dbRDA)ꎬ将 β 多样性分解为由生境变量解释的部
因子数据ꎮ 参考 Vincenty(1975) 的球面坐标转换 分和地理距离解释的部分以及尚未解释的部分ꎮ
原理ꎬ使用 SoDA 包中的 geoXY 函数将样地经纬度 为避免对解释方差的过度估计ꎬ使用向前选择法
信息转换为笛卡尔平面坐标信息ꎬ通过邻体矩阵 (forward selection) 筛选出 8 个显著的主成分轴作
主 坐 标 分 析 ( principal components of neighbor 为生境解释变量ꎮ 将生境因子和地理距离作为自
matricesꎬ PCNM)和变量筛选ꎬ得到具有显著正特 变量ꎬBray ̄Curtis、Dpw 和 Dnn 作为响应变量进行
征值的 3 个主成分轴ꎬ经欧几里得转化得到地理 方差分解ꎮ 向前选择使用了 vegan 包的 ordistep 函
距离矩阵( geographical distanceꎬ geoDist)ꎬ作为空 数ꎬ 方 差 分 解 使 用 了 vegan 包 的 varpart 函 数
间特征解释变量ꎮ (Oksanen et al.ꎬ 2020)ꎮ
1.2.3.3 β 多样性指数 Bray ̄Curtis 相异性指数是 此外ꎬ将所有木本植物按照生长型和径级划
一种根据两个群落出现的物种量化其物种组成差 分为幼树和成树 2 个生长阶段ꎬ其中成树定义为
异的方法ꎬ是衡量物种 β 多样性的指数之一(Bray & 灌木胸径≥2 cmꎬ小乔木胸径≥5 cmꎬ乔木胸径≥
Curtisꎬ 1957)ꎮ 其优点是在计算时ꎬ不仅考虑了样 10 cmꎬ 小 于 此 径 级 定 义 为 幼 树 ( Miller et al.ꎬ
本中物 种 的 有 无ꎬ 而 且 考 虑 了 不 同 物 种 的 相 对 2017)ꎮ 同样ꎬ使用如上所述的 Mantel 多元分析和
丰度ꎮ 方差分解法ꎬ分别对样地中的幼树和成树的 β 多
计算谱系 β 多样性的指数有很多ꎬ大致上可分 样性进行分析ꎮ 为避免群落个体数差异对计算结
为两类:一类强调谱系树根部的分支情况ꎬ更多地 果产生影响ꎬ在进行多样性指数计算前对群落多
反映了历史上发生的进化事件ꎬ如 Dpw、Raos D 和 度数据均进行了稀疏化处理ꎮ
Raos H 指数ꎻ另一类强调在谱系树末端附近的分支 以上所有分析均在 R 4.0.4 软件中完成ꎮ
情况ꎬ反映了最近的进化事件ꎬ如 PhyloSor、UniFrac、
Dnn 指数ꎮ 本研究选取最近邻体指数( Dnn 指数) 2 结果与分析
和平均成对指数(Dpw 指数)ꎬ分别从谱系的历史与
最近进化事件两方面度量谱系 β 多样性ꎮ 2.1 Mantel 相关性检验
Dnn、 Dpw 指 数 分 别 用 picante 包 ( Kembel et 由图 1 可知ꎬBray ̄Curtis 指数与土壤因子、地
al.ꎬ 2010) 中的 comdist 和 comdistnt 函数计算ꎬ基 形因子和地理距离均呈显著正相关ꎻDnn 指数仅
于群落物种丰度的 Bray ̄Curtis 相异性矩阵用 dist 与地理距离呈显著正相关ꎻDpw 指数与土壤因子
函数计算ꎮ 和地理距离均呈显著正相关ꎮ
1.2.3.4 Mantel 多元分析 分别以 6 种土壤因子的 2.2 方差分解
欧几里得距离、3 种地形因子的欧几里得距离和地 由图 2 可知ꎬ对于物种 β 多样性而言ꎬ生境因
理距离作为解释变量ꎬ将 Bray ̄Curtis、Dpw 和 Dnn 子(habDist)和地理距离(geoDist) 共同解释了 48%
作为响应变量ꎬ用 Partial Mantel 检验( ecodist 包中 的 Bray ̄Curtis 指数ꎬ其余 52% 无法被现有变量所
的 mantel 函 数) 来 分 析 土 壤 因 子 ( soil distanceꎬ 解释ꎬ生境因子的单独解释度(23%) 高于地理距
soilDist)、地形( topographic distanceꎬ topoDist) 和地 离的单独解释度(15%)ꎻ对于谱系 β 多样性而言ꎬ
理距离( geographic distanceꎬ geoDist) 与 β 多样性 生境和 地 理 距 离 共 同 解 释 了 3% 的 Dnn 指 数 和
之间的相关关系(Goslee & Urbanꎬ 2007)ꎮ 57%的 Dpw 指数ꎻDpw 的生境因子解释度为 27%ꎬ
1.2.3.5 方差分解( variance partitioning) 方差分 高于地理距离的解释度 23%ꎮ
解是探索生境过滤和扩散限制相对重要性的重要 2.3 不同生长阶段的 β 多样性
手段ꎮ 用样方之间的地理距离指示扩散限制的作 由表 1 可知ꎬ 划分生长阶段后ꎬ在 29 个样地