Page 70 - 《广西植物》2020年第2期
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２ 期 王伟妍等: 滇龙胆 ８￣羟香叶醇氧化还原酶基因的克隆与表达分析 ２ ０ ７
表 ５ Ｇｒ８ＨＧＯ 蛋白和 Ｃｒ８ＨＧＯ 蛋白的保守结构域预测
Ｔａｂｌｅ ５ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ ｄｏｍａｉｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｇｒ８ＨＧＯ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ Ｃｒ８ＨＧＯ ｐｒｏｔｅｉｎｓ
催化 Ｚｎ 结构 Ｚｎ 底物结合
蛋白 结构域 结合位点 结合位点 ＮＡＤ 结合位点 位点 二聚体界面
Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｏｍａｉｎ Ｃａｔａｌｙｔｉｃ ｚｎｉｃ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｚｎｉｃ ＮＡＤ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ Ｄｉｍｅｒ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ
ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ
Ｇｒ８ＨＧＯ￣１ 乙 醇 脱 氢 酶 Ｎ 端 结 构 域 ４７Ｈꎬ １５３Ｃ ７７Ｃꎬ ８０Ｃꎬ １５３Ｃꎬ １５７Ｔꎬ １７８Ｇꎬ ４７Ｈꎬ ７３Ｙꎬ ８１Ｌꎬ ８２Ｎꎬ ８５Ｓꎬ
(ＩＰＲ０１３１５４) 和 Ｃ 端 结 构 域 ８３Ｃꎬ ９１Ｃ １７９Ｌꎬ １８０Ｇꎬ １８１Ａꎬ ２７４Ａ ８７Ｋꎬ ８８Ｓꎬ ８９Ｎꎬ
(ＩＰＲ０１３１４９) １８２Ｖꎬ ２０２Ｄꎬ ２０３Ｉꎬ ９０Ｌꎬ ２３９Ｇꎬ ２４１Ｇꎬ
Ａｌｃｏｈｏｌ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅꎬ ２０７Ｋꎬ ２４８Ｃꎬ ２４９Ｔꎬ ２６６Ｌꎬ ２７１Ｌꎬ ２７２Ｉꎬ
Ｎ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ (ＩＰＲ０１３１５４) ２５３Ａꎬ ２５４Ｌꎬ ２７２Ｉꎬ ２７３Ｇꎬ ２７４Ａꎬ ２８０Ｇꎬ
ａｎｄ Ｃ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ (ＩＰＲ０１３１４９) ２７３Ｇꎬ ２９６Ｓꎬ ２９７Ｉꎬ ２８１Ｔꎬ ２８２Ｉꎬ ２８３Ｎꎬ
２９８Ｙꎬ ３４８Ｋ ２８４Ｆꎬ ２８５Ｉꎬ ２８７Ｌꎬ
２９０Ｇꎬ ２９１Ｒꎬ ２９２Ｔꎬ
２９３Ｖꎬ ２９４Ｋꎬ ２９５Ｇꎬ
２９６Ｓꎬ ２９７Ｉ
Ｇｒ８ＨＧＯ￣２ 聚酮合酶、烯酰还原酶结构域 ４９Ｃꎬ ５１Ｔꎬ １００Ｃꎬ １０３Ｃꎬ ５０Ｈꎬ ５１Ｔꎬ１７６Ｃꎬ １８０Ｔꎬ ５１Ｔꎬ ７０Ｈꎬ １０４Ｌꎬ １０５Ｎꎬ １０８Ｓꎬ
Ｇｒ８ＨＧＯ￣３ (ＩＰＲ０２０８４３)ꎻ乙醇脱氢酶 Ｎ 端 ７０Ｈꎬ １７６Ｃ １０６Ｃꎬ １１４Ｃ ２０１Ｇꎬ ２０２Ｌꎬ ２０３Ｇꎬ ９６Ｙꎬ９７Ａ １１０Ｋꎬ １１１Ｓꎬ １１２Ｎꎬ
Ｇｒ８ＨＧＯ￣４ 结构域(ＩＰＲ０１３１５４)和 Ｃ 端结构 ２０４Ａꎬ ２０５Ｖꎬ ２２５Ｄꎬ １１３Ｌꎬ ２６２Ｇꎬ ２６４Ｇꎬ
Ｇｒ８ＨＧＯ￣５ 域(ＩＰＲ０１３１４９) ２２６Ｉꎬ ２３０Ｋꎬ ２７１Ｃꎬ ２８９Ｌꎬ ２９４Ｌꎬ ２９５Ｉꎬ
Ｐｏｌｙｋｅｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈａｓｅꎬ ｅｎｏｙｌｒｅｄｕｃｔａｓｅ ２７２Ｔꎬ ２７６Ａꎬ ２７７Ｌꎬ ２９６Ｇꎬ ２９７Ａꎬ ３０３Ｇꎬ
ｄｏｍａｉｎ (ＩＰＲ０２０８４３)ꎻ Ａｌｃｏｈｏｌ ２９５Ｉꎬ ２９６Ｇꎬ ３１９Ｓꎬ ３０４Ｔꎬ ３０５Ｉꎬ ３０６Ｎꎬ
ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅꎬ Ｎ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ ３２０Ｉꎬ ３２１Ｙꎬ ３７１Ｋ ３０７Ｆꎬ ３０８Ｉꎬ ３１０Ｌꎬ
(ＩＰＲ０１３１５４) ａｎｄ ３１３Ｇꎬ ３１４Ｒꎬ ３１５Ｔꎬ
Ｃ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ (ＩＰＲ０１３１４９) ３１６Ｖꎬ ３１７Ｋꎬ ３１８Ｇꎬ
３１９Ｓꎬ ３２０Ｉ
Ｃｒ８ＨＧＯ 聚酮合酶、烯酰还原酶结构域 ５１Ｃꎬ ５３Ｔꎬ １０２Ｃꎬ １０５Ｃꎬ ５２Ｈꎬ ５３Ｔꎬ１７８Ｃꎬ １８２Ｔꎬ ５３Ｔꎬ ７２Ｈꎬ １０６Ｌꎬ １０７Ｎꎬ １１０Ｓꎬ
(ＩＰＲ０２０８４３)ꎻ乙醇脱氢酶 Ｎ 端 ７２Ｈꎬ １７８Ｃ １０８Ｃꎬ １１６Ｃ ２０３Ｇꎬ ２０４Ｌꎬ ２０５Ｇꎬ ９８Ｙꎬ ２９９Ａ １１２Ｒꎬ １１３Ｔꎬ １１４Ｎꎬ
结构域(ＩＰＲ０１３１５４)和 Ｃ 端结构 ２０６Ａꎬ ２０７Ｖꎬ ２２７Ｄꎬ １１５Ｌꎬ ２６４Ｇꎬ ２６６Ｇꎬ
域(ＩＰＲ０１３１４９) ２２８Ｉꎬ ２３２Ｋꎬ ２７３Ｃꎬ ２９１Ｌꎬ ２９６Ｌꎬ ２９７Ｉꎬ
Ｐｏｌｙｋｅｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈａｓｅꎬ ｅｎｏｙｌｒｅｄｕｃｔａｓｅ ２７４Ｔꎬ ２７８Ａꎬ ２７９Ｌꎬ ２９８Ｇꎬ ２９９Ａꎬ ３０５Ｇꎬ
ｄｏｍａｉｎ ( ＩＰＲ０２０８４３ )ꎻ Ａｌｃｏｈｏｌ ２９７Ｉꎬ ２９８Ｇꎬ ３２１Ｓꎬ ３０６Ｅꎬ ３０７Ｉꎬ ３０８Ｋꎬ
ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅꎬ Ｎ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ ３２２Ｉꎬ ３２３Ｙꎬ ３７３Ｋ ３０９Ｆꎬ ３１０Ｉꎬ ３１２Ｌꎬ
(ＩＰＲ０１３１５４) ａｎｄ ３１５Ｇꎬ ３１６Ｒꎬ ３１７Ｔꎬ
Ｃ￣ｔｅｒｍｉｎａｌ (ＩＰＲ０１３１４９) ３１８Ｖꎬ ３１９Ｋꎬ ３２０Ｇꎬ
３２１Ｓꎬ ３２２Ｉ
重要的催化酶(Ｃａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６)ꎬ因此 ８ＨＧＯ 基因 的预测方法ꎬ与已知定位同源蛋白的直接比较的
的表达情况能够直接影响这些药材龙胆苦苷的生 方法ꎬ预测某些功能肽序列如线粒体和叶绿体信
物合成ꎮ 本研究基于滇龙胆转录组数据库ꎬ在滇 号肽、转运肽和跨膜区段的方法等ꎮ 上海交通大
龙胆中克隆到 ５ 个 ８ＨＧＯ 基因ꎬ表明在滇龙胆中 学沈红斌教授开发的 Ｐｌａｎｔ￣ｍＰＬｏｃ 软件ꎬ是基于已
８ＨＧＯ 基因可能存在功能冗余现象ꎮ 知定位的１ ０５５个蛋白质序列数据库的预测方法ꎬ
高效的途径工程需要不同途径组分的细胞和 该软件解决了单个蛋白存在多种亚细胞定位的问
亚细胞组织的精确知识( Ｍｉｅｔｔｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４)ꎮ 题(Ｃｈｏｕ ＆ Ｓｈｅｎꎬ ２０１０)ꎮ 而 ＷＯＬＦ 软件是由日本
本研究使用 Ｐｌａｎｔ￣ｍＰＬｏｃ 和 ＰｒｏｔＣｏｍｐ ９.０ 软件对 ５ 人较早开发的基于分类信号模序和相关序列特征
个 Ｇｒ８ＨＧＯ 蛋白和 Ｃｒ８ＨＧＯ 蛋白进行亚细胞定位 如氨基酸组成等进行预测的软件ꎮ 因此ꎬ进行蛋
预测ꎬ结果为所有蛋白均定位于细胞质ꎬ这与通过 白亚细胞定位预测时ꎬ需要使用多种软件进行综
Ｃｒ８ＨＧＯ 与 ＧＦＰ 融 合 表 达 试 验 获 得 的 长 春 花 合分析ꎮ
Ｃｒ８ＨＧＯ 蛋 白 定 位 结 果 一 致 ( Ｍｉｅｔｔｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ 在本研 究 中ꎬ 三 维 模 型 预 测 结 果 表 明ꎬ５ 个
２０１４)ꎮ 而 ＷＯＬＦ ＰＳＯＲＴ 软 件 预 测 的 结 果 却 是 Ｇｒ８ＨＧＯ 蛋白与 Ｃｒ８ＨＧＯ 蛋白的活性形式为二聚
Ｇｒ８ＨＧＯ 蛋白最可能为分泌蛋白ꎬ这是由于不同软 体ꎬ这与 ５ 个 Ｇｒ８ＨＧＯ 蛋白与 Ｃｒ８ＨＧＯ 蛋白都具有
件的预测方法不同所致ꎮ ＰｒｏｔＣｏｍｐ ９.０ 软件综合 ２９ 个二聚体界面接触位点相一致ꎬ与在印度萝芙
了蛋白质定位预测的许多方法ꎬ如基于神经网络 木中ꎬＲｓ１０ＨＧＯ 蛋白活性形式是单体的结果不同
