Page 171 - 《广西植物》2023年第7期

７ 期 韩霜等: 藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析 １ ３ ３ ９

个类型( 图 ４)ꎮ 其中ꎬ注释到只有一般功能预测 到了 ＧＯ 数据库ꎬ根据注释结果对得到的转录本进
(４ ７５７ 条)、翻译后修饰、蛋白转运(３ ３６９ 条)和信 行分类(图 ５)ꎮ 注释到生物过程、细胞成分、分子功
号传递机制(２ ７６６ 条) 的基因最多ꎮ 然而ꎬ细胞活 能 ３ 大类ꎬ分别有 ２５ 个、１８ 个、１１ 个子类ꎬ共 ５４ 个
性(９ 条)和未命名蛋白(５ 条)注释到的基因最少ꎮ 子类ꎮ 然而ꎬ注释到细胞杀死(２ 条) 和行为(１ 条)
的基因最少ꎮ 在细胞成分中ꎬ注释到细胞和细胞部
分的基因最多(均为５ ２５２ 个)ꎬ而突触(５ 条)、突触
部分(５ 条)和细胞连接(４ 条)子类中涉及的基因最
少ꎻ在分子功能中ꎬ注释到结合(１６ ０３７ 条) 和催化
活性(１２ ４００ 条)的基因最多ꎬ而金属伴活动分子功
能调节器(２ 条)子类中涉及的基因最少ꎻ在生物过

程中ꎬ注释到代谢过程(１２ ８４８ 条) 和细胞过程(１１
５５８ 条)的基因最多ꎬ而细胞杀死(２ 条) 和行为(１
条)子类中涉及的基因最少ꎮ
２.２.３ ＫＥＧＧ 注释 根据 ＫＯ 与 Ｐａｔｈｗａｙ 的关联性
进行 ＫＥＧＧ 代谢通路分类ꎮ 与 ＫＥＧＧ 数据库比对
后ꎬ成功注释的基因有 ６２ ４５７ 条ꎮ 这些注释基因
Ａ. ＲＮＡ 加工和修饰ꎻ Ｂ. 染色体结构和动力学ꎻ Ｃ. 能源生
产与转 化ꎻ Ｄ. 细 胞 周 期 调 控、 细 胞 分 裂、 染 色 体 分 离ꎻ 被分到 ６ 个主要通路( 代谢、遗传信息处理、细胞
Ｅ. 氨基酸转运和代谢ꎻ Ｆ. 核酸转运和代谢ꎻ Ｇ. 碳水化合
过程、环境信息处理、组织系统和人类疾病) 和 ４０
物转运和代谢ꎻ Ｈ. 辅酶转运和代谢ꎻ Ｉ. 脂类转运和代谢ꎻ
Ｊ. 翻译、核糖体结构和生物发生ꎻ Ｋ. 转录ꎻ Ｌ. 复制、重组 个子通路中( 表 ２)ꎮ 其中ꎬ涉及基因最多的主通
和修饰ꎻ Ｍ. 细胞壁 / 细胞膜生物发生ꎻ Ｎ. 细胞活性ꎻ Ｏ. 翻 路为代谢(１２８ 条)ꎬ其次为组织系统(７７ 条)、人
译后修饰、蛋白转运ꎻ Ｐ. 无机离子转运和代谢ꎻ Ｑ. 次生代 类疾病(６８ 条) 和环境信息处理(３６ 条)ꎬ最少为
谢物合成、转运和代谢ꎻ Ｒ. 只有一般功能预测ꎻ Ｓ. 未知功 细胞过程(２５ 条)和遗传信息处理(２２ 条)ꎮ 涉及
能ꎻ Ｔ. 信号传递机制ꎻ Ｕ. 细胞间运输、分泌物和囊泡运
动ꎻ Ｖ. 防御机制ꎻ Ｗ. 细胞外结构ꎻ Ｘ. 未命名蛋白ꎻ Ｙ. 核 基因最多的子通路为信号转导(３ ２８３ 条)ꎬ其次为
碳代谢(２ ４６８ 条)和翻译(２ ４６０ 条)ꎬ最少为信号
结构ꎻ Ｚ. 细胞骨架ꎮ
Ａ. ＲＮＡ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎻ Ｂ. Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
分子和互作作用(１ 条)ꎮ
ｄｙｎａｍｉｃｓꎻ Ｃ. Ｅｎｅｒｇｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎꎻ Ｄ. Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ
２.３ 药用相关的代谢通路
ｃｏｎｔｒｏｌꎬ ｃｅｌｌ ｄｉｖｉｓｉｏｎꎬ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇꎻ Ｅ. Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ
ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｆ. Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ 龙胆科植物包含环烯醚萜、黄酮类及三萜类
ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｇ. Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｈ.
化合 物 等 药 效 成 分 ( 杨 青 松 等ꎬ ２０１３ )ꎮ 根 据
Ｃｏｅｎｚｙｍｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｉ. Ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ
ＫＥＧＧ 转录本注释结果ꎬ统计及分析与药效成分相
ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｊ. Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎꎬ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ
Ｋ. Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎꎻ Ｌ. Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎꎬ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒꎻ 关的次级代谢通路( 表 ３)ꎮ 其中包括单萜类生物
Ｍ. Ｃｅｌｌ ｗａｌｌ/ ｍｅｍｂｒａｎｅ/ ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ Ｎ. Ｃｅｌｌ ｍｏｔｉｌｉｔｙꎻ
合成( １３ 条)、 倍 半 萜 类 和 三 萜 类 生 物 合 成 ( ２７
Ｏ. Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｕｒｎｏｖｅｒꎬ ｃｈａｐｅｒｏｎｅｓꎻ
条)、类黄酮生物合成(３６ 条)、黄酮和黄酮醇生物
Ｐ. Ｉｎｏｒｇａｎｉｃ ｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｑ. Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ
合成(４ 条)ꎮ 统计这些代谢通路中可能与环烯醚
ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓꎬ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｃａｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｒ. Ｇｅｎｅｒａｌ
ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｎｌｙꎻ Ｓ. Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｕｎｋｎｏｗｎꎻ Ｔ. Ｓｉｇｎａｌ
萜、黄酮等药效成分合成相关的转录本ꎮ
ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｍｅｃｈａｎｉｓｍꎻ Ｕ. Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇꎬ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ
２.４ ＳＳＲ 分析
ａｎｄ ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｔｒａｎｓｐｏｒｔꎻ Ｖ. Ｄｅｆｅｎｓｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍꎻ Ｗ. Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ
ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎻ Ｘ. Ｕｎｎａｍｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎꎻ Ｙ. Ｎｕｃｌｅａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎻ Ｚ. 对皱边喉毛花的全长转录组进行 ＳＳＲ 分 析
Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ.
后ꎬ共检测到 ２２ ８６１ 个 ＳＳＲ 信息位点ꎮ 共获得 ６
图 ４ 转录本 ＫＯＧ 注释结果 种 ＳＳＲ 重 复 类 型ꎬ 其 中 单 碱 基 重 复 类 型 ( Ｍｏｎｏ￣
Ｆｉｇ. ４ ＫＯＧ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＭｏｎｏ￣ꎬ１３ ７５０ 个) 最丰富ꎬ其次为三碱
基重复类型(Ｔｒｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＴｒｉ￣ꎬ５ ８１１ 个)、二碱基
２.２.２ ＧＯ 注释 ＧＯ 是描述基因功能的一套分类系 重复类型( Ｄｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＤｉ￣ꎬ２ ８０７ 个)、四碱基重
统ꎬ可全面描述生物体中基因和基因产物的属性 复类型( Ｔｅｔｒａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＴｅｔｒａ￣ꎬ５７３ 个) 和六碱基
(Ｂｌａｋｅ ＆ Ｈａｒｒｉｓꎬ ２００８)ꎮ 共有３９ １０２ 条转录本注释 重复类型(Ｈｅｘａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＨｅｘａ￣ꎬ１９９ 个)ꎬ而五碱