Page 167 - 《广西植物》2023年第7期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｊｕｌ. ２０２３ꎬ ４３(７): １３３５－１３４６
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２０７０５０
韩霜ꎬ 徐浩ꎬ 余静雅ꎬ 等ꎬ ２０２３. 藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４３(７): １３３５－１３４６.
ＨＡＮ Ｓꎬ ＸＵ Ｈꎬ ＹＵ ＪＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｔｉｂｅｔａｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ “Ｚａｎｇｙｉｎｃｈｅｎ” ｏｆ ｏｒｉｇｉｎａｌ ｐｌａｎｔ
Ｃｏｍａｓｔｏｍａ ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４３(７): １３３５－１３４６.
藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析
韩 霜 ꎬ 徐 浩 ꎬ 余静雅 ꎬ 韩 赟 ꎬ 张发起 １∗
１ꎬ２
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１ꎬ２
( １. 中国科学院西北高原生物研究所 高原生物适应与进化重点实验室ꎬ 西宁 ８１０００１ꎻ ２. 中国科学院大学 生命科学学院ꎬ 北京 １０００３９ )
摘 要: 皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一ꎬ其包含丰富的药用成分ꎮ 为进一步了解皱边喉毛花转录
组ꎬ丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息ꎬ该研究利用 ＰａｃＢｉｏ 测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录
组测序ꎮ 结果表明:(１)全长转录组测序共获得 １７ Ｇｂ 的高质量数据ꎬ对 ７９５ ６９８ 个环形一致性序列(ＣＣＳ)
序列进行聚类和去冗余ꎬ最终获得 ８７ ８１４ 条高质量的全长转录本ꎮ (２)与 ７ 个数据库比对后ꎬ共有 ２７７ ４５１
条转录本注释成功ꎬ其中注释到 ＮＲ 数据库的转录本最多ꎬ有 ３９ ２１４ 条ꎮ ２６ ３９６ 条转录本成功注释到 ＫＯＧ
数据库中ꎬ共有 ２６ 个子类ꎮ ３９ １０４ 条转录本注释到 ＫＥＧＧ 数据库中ꎬ涉及 ６ 个主要通路和 ４０ 个子通路ꎮ
３９ １０２ 条转录本注释到 ＧＯ 数据库中ꎬ按分子功能、生物学过程和细胞成分 ３ 大类对注释成功的转录本进行
分类ꎮ (３)ＳＳＲ 分析共鉴定到 ２２ ８６１ 个 ＳＳＲꎬ其中单碱基重复最为丰富ꎻ共检测到 １ ８７４ 个转录因子和 １５
１６６ 个长非编码 ＲＮＡ(ＬｎｃＲＮＡ)ꎬ而注释到转录本最多的转录因子家族是 Ｃ３Ｈꎮ (４)筛选出 ５５ 条与单萜类
及黄酮类化合物合成相关的转录本ꎮ 该研究结果丰富了皱边喉毛花的转录组信息ꎬ为进一步筛选皱边喉毛
花药用成分合成相关的关键基因提供了重要的遗传资源ꎮ
关键词: 皱边喉毛花ꎬ 全长转录组ꎬ 代谢通路ꎬ 转录因子ꎬ 长非编码 ＲＮＡ
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２３)０７￣１３３５￣１２
Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｔｉｂｅｔａｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ
“Ｚａｎｇｙｉｎｃｈｅｎ” ｏｆ ｏｒｉｇｉｎａｌ ｐｌａｎｔ Ｃｏｍａｓｔｏｍａ ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ
１ꎬ２ １ꎬ２ １ꎬ２ １ꎬ２ １∗
ＨＡＮ Ｓｈｕａｎｇ ꎬ ＸＵ Ｈａｏ ꎬ ＹＵ Ｊｉｎｇｙａ ꎬ ＨＡＮ Ｙｕｎ ꎬ ＺＨＡＮＧ Ｆａｑｉ
( １. Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ａｄａｐｔａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｌａｔｅａｕ Ｂｉｏｔａꎬ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｐｌａｔｅａｕ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ
Ｘｉｎｉｎｇ ８１０００１ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００３９ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｃｏｍａｓｔｏｍａ ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅ ｏｒｉｇｉｎａｌ ｐｌａｎｔ ｏｆ Ｔｉｂｅｔａｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ “ Ｚａｎｇｙｉｎｃｈｅｎ”ꎬ ｗｈｉｃｈ ｃｏｎｔａｉｎｓ
ａｂｕｎｄａｎｔ ｍｅｄｉｃａｌ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ. Ｔｏ ｆｕｒｔｈｅｒ ｋｎｏｗ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｏｆ Ｃ. ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ ａｎｄ ｅｎｒｉｃｈ ｉｔｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ
ｇｅｎｅ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐａｔｈｗａｙꎬ ｔｈｅ Ｐａｃｂｉｏ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｐｌａｔｆｏｒｍ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｔｏ ｐｅｒｆｏｒｍ ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ Ｃ. ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ ｌｅａｖｅｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １７ Ｇｂ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ ｗａｓ ｃｏｌｌｅｃｔｅｄꎬ
收稿日期: ２０２２－１１－２１
基金项目: 第二次青藏高原科学考察研究项目(２０１９ＱＺＫＫ０５０２０１０２)ꎻ 青海省科技国际合作专项(２０２１￣ＨＺ￣８０７)ꎮ
第一作者: 韩霜(１９９８－ )ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事高山植物多样性研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｈａｎｓｈｕａｎｇ＠ ｎｗｉｐｂ.ｃａｓ.ｃｎꎮ
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通信作者: 张发起ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ研究方向为高山植物多样性ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｆｑｚｈａｎｇ＠ ｎｗｉｐｂ.ｃａｓ.ｃｎꎮ
