Page 170 - 《广西植物》2023年第7期

１ ３ ３ ８ 广 西 植 物 ４３ 卷
大长度为 １６ ８６０ ｂｐꎬ最小长度为 ６０ ｂｐꎬ平均长度 ３９ ２１４条ꎬ注释到 ＫＯＧ 数据库的转录本最少ꎬ有
为２ ３３７ ｂｐ(表 １)ꎮ 经分类获得 ６９５ ６９８ 条 ＦＬＮＣ ２６ ３９６条(图 ２)ꎮ ２６ ７２２、３９ １０２ 条转录本分别注
序列ꎬＮ５０ 长 度 为 ２ ０５５ ｂｐꎬ 最 大 长 度 为 １２ ９５２ 释到 ＧＯ 数据库和 ＫＥＧＧ 数据库中ꎮ ３９ ５９２ 条转
ｂｐꎬ最小长度为 ５２ ｂｐꎮ 对其聚类后获得 ８７ ８１４ 条 录本注释到至少一个数据库中ꎬ１６ ２７３ 条转录本
ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ 序列ꎬ最大长度为 ８ ２６９ ｂｐꎬ最小长度为 注释到所有数据库中ꎮ 从不同数据库中选择 ５ 个
３３８ ｂｐꎬＮ５０ 长度为２ ２１９ ｂｐꎮ 对 ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ 序列进 常用的数据库进行韦恩图绘制(图 ３)ꎮ
行校正后ꎬ获得８７ ８１４ 条校正 序 列ꎬＮ５０ 长 度 为
２ ２２１ ｂｐꎮ 我们对冗余前后的序列长度频数分布

情况进行了统计(图 １)ꎮ

表 １ ＳＭＲＴ 测序数据统计
Ｔａｂｌｅ １ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ ｂｙ ＳＭＲＴ
最小 最大 平均
总数 长度 长度 长度 Ｎ５０ 长度
类别 Ｎ５０
Ｔｏｔａｌ Ｍｉｎ Ｍａｘ Ｍｅａｎ
Ｃａｔｅｇｏｒｙ ｌｅｎｇｔｈ
ａｃｃｏｕｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｌｅｎｇｔｈ ｌｅｎｇｔｈ
(ｂｐ)
(ｂｐ) (ｂｐ) (ｂｐ)
Ｓｕｂｒｅａｄ １７ ３１５ ０６６ — — １ ６２０ １ ５０５
环形一致
７９５ ６９８ ６０ １６ ８６０ ２ ３３７ ２ １４３
性序列 ＣＣＳ
ＦＬＮＣ ６９５ ６９８ ５２ １２ ９５２ １ ７７４ ２ ０５５
优化序列
图 ２ 转录本注释结果
Ｐｏｌｉｓｈｅｄ ８７ ８１４ ３３８ ８ ２６９ ２ ２３３ ２ ２１９
ｓｅｑｕｅｎｃｅ
Ｆｉｇ. ２ Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ
校正序列
Ｃｏｒｒｅｃｔｅｄ ８７ ８１４ ３３８ ８ ２６９ ２ ２３３ ２ ２２１
ｓｅｑｕｅｎｃｅ

图 １ 皱边喉毛花全长转录组 Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ
和 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 长度分布图
Ｆｉｇ. １ Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｏｆ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ
Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ａｎｄ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ ｆｏｒ Ｃｏｍａｓｔｏｍａ ｐｏｌｙｃｌａｄｕｍ
图 ３ 转录本功能注释韦恩图
Ｆｉｇ. ３ Ｖｅｎｎ ｄｉａｇｒａｍ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ
２.２ 全长转录组功能注释
共有 ２７７ ４５１ 条转录本成功注释到 ７ 个数据 ２.２. １ ＫＯＧ 注 释 与 ＫＯＧ 数据库比对后ꎬ 共有
库中ꎬ其 中 注 释 到 ＮＲ 数 据 库 的 转 录 本 最 多ꎬ 有 ２９ ５３１ 条基因被注释成功ꎮ 按 ＫＯＧ 分类可分为 ２６