Page 124 - 《广西植物》2023年第10期

１ ８ ７ ８ 广 西 植 物 ４３ 卷
时促进 ＨＹ５、ＨＹＨ( ＨＹ５ Ｈｏｍｏｌｏｇ) 和 ＭＹＢ 等转录 作所获得的数据(宋立肖等ꎬ２０１９ꎻ宋立肖ꎬ２０２０)ꎬ
因子表达ꎬ刺激黄酮类化合物合成过程中相关酶 并从 拟 南 芥 ( Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ) 数 据 库 ＴＡＩＲ
基因的转录(Ｈａｒｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００５ꎻ钱崇祯ꎬ２０１９ꎻ (ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ.ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ.ｏｒｇ / ) 中下载 ＡｔＵＶＲ８ 蛋
Ｓｈａｍａｌａꎬ ２０２０ꎻ凌成婷等ꎬ２０２１)ꎮ 当 ＵＶＲ８ 介导 白序列(Ｐｒｏｔｅｉｎ:ＡＴ５Ｇ６３８６０.１)ꎮ
的下游基因过度表达时启动其负反馈机制ꎬ如激 １.２ 方法

活 ＲＵＰ１(ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ ｏｆ ＵＶ￣Ｂ ｐｈｏｔｏｍｏｒｐｈｏｇｅｎｅｓｉｓ １) / １.２.１ 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 基因筛选 本研究通过罗
ＲＵＰ２ 和 ＳＴＯ / ＢＢＸ２４( Ｓａｌｔ Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ / ＢＢＸ２４) 等转 布麻 和 大 麻 状 罗 布 麻 全 基 因 组 的 ＩＰＲＳＣＡＮ、

录(Ｊｅｎｋｉｎｓꎬ ２０１４ｂꎻＰａｒｉｈａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５ꎻ李国良等ꎬ ＫＥＧＧ、ＮＲ 和 Ｓｗｉｓｓｐｏｒｔ 注释结果ꎬ分别筛选出注释
２０１５)ꎮ ＵＶＲ８ 与 ＲＵＰ１ / ＲＵＰ２ 相互作用促进其二 到 ＵＶ￣Ｂ 光受体 ＵＶＲ８ 的 基 因 序 列 和 蛋 白 序 列ꎮ
聚体化(Ｃｌｏｉｘ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２ꎻＨｉｄｅｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３)ꎬ使 首先ꎬ利用 ＢｉｏＥｄｉｔ 软件进行分析ꎬ以 ＡｔＵＶＲ８ 蛋白

ＵＶＲ８ 可及时响应 ＵＶ￣Ｂ 光信号ꎮ 序列为种子序列进行本地 ＢＬＡＳＴ 比对ꎬＥ￣ｖａｌｕｅ<
罗布麻( Ａｐｏｃｙｎｕｍ ｖｅｎｅｔｕｍ) 和大麻状罗布麻 １×ｅ ꎬＩｄｅｎｔｉｔｙ≥３０％ꎬ筛选最佳 ＵＶＲ８ 蛋白序列ꎮ
￣１０
(Ａ. ｃａｎｎａｂｉｎｕｍ)为夹竹桃科罗布麻属多年生宿根 然后ꎬ采用 Ｐｆａｍ( ｈｔｔｐｓ: / / ｐｆａｍ. ｘｆａｍ. ｏｒｇ / ｓｅａｒｃｈ) 和
草本或半灌木植物ꎬ具有耐旱、盐碱、贫瘠等强抗 ＳＭＡＲＴ( ｈｔｔｐ: / / ｓｍａｒｔ. ｅｍｂｌｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ. ｄｅ / ) 软 件 进
逆性(王东清等ꎬ２０１２)ꎻ拥有“ 野生纤维之王” 的 行结构域验证ꎬ删除冗余序列ꎮ 最后ꎬ通过以上分
美誉ꎬ其纺织物具有透气保暖、抗静电和紫外线防 析分别获得罗布麻和大麻状罗布麻 ＵＶＲ８ 的基因
护等功能ꎻ作为药用植物ꎬ可全株入药ꎬ发挥降血 序列和蛋白序列ꎮ
压、血脂、血糖和抗衰老等作用( Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)ꎬ １.２.２ 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 基因染色体定位 基于两
其叶还可制保健茶ꎮ 黄酮类化合物是罗布麻属植 种罗布麻全基因组注释文件ꎬ获得 ＵＶＲ８ 基因在染
物的主要药用成分( 张洋ꎬ２０２１)ꎬ其合成途径复 色体 上 的 位 置 信 息ꎬ并 通 过 软 件 ＭＧ２Ｃ ( Ｃｈａｏ ｅｔ
杂ꎬ受内源基因和外界环境的影响ꎮ 在全球气候 ａｌ.ꎬ ２０２１)(ｈｔｔｐ: / / ｍｇ２ｃ.ｉａｓｋ.ｉｎ / ｍｇ２ｃ＿ｖ２.１ / ) 在线
变化的背景下ꎬ植物面临着越来越严重的紫外线 绘制 ＵＶＲ８ 基因染色体定位图ꎮ
胁迫ꎬ探究植物对 ＵＶ￣Ｂ 的响应机制与胁迫反应显 １.２.３ 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 基因结构和保守结构域分
得极其重要ꎮ 在绿藻、苜蓿、大豆和银杏等植物中 析 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 基因的外显子和内含子位
已展开对 ＵＶ￣Ｂ 光受体 ＵＶＲ８ 结构和功能的部分 置信息分别参考基因组注释 ｇｆｆ３ 文件ꎬ采用 ＧＳＤＳ
研究ꎮ 目前ꎬ对罗布麻属植物的研究多集中在其 ２.０ ( Ｈｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５ ) ( ｈｔｔｐ: / / ｇｓｄｓ. ｇａｏ￣ｌａｂ. ｏｒｇ /
抗逆性、药用成分和纤维开发利用等方面ꎬ对其 ｉｎｄｅｘ.ｐｈｐ)工具对 ＵＶＲ８ 基因结构进行分析ꎬ利用
ＵＶＲ８ 的研究尚未有报道ꎮ 本文基于两种罗布麻 软件 ＭＥＭＥ ( Ｂａｉｌｅｙ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９) ( ｈｔｔｐ: / / ｍｅｍｅ￣
的全基因组数据筛选 ＵＶＲ８ 基因ꎬ依托生物信息学 ｓｕｉｔｅ.ｏｒｇ / ｔｏｏｌｓ/ ｍｅｍｅ)对 ＵＶＲ８ 蛋白保守结构域进
分析ꎬ同时借助转录组数据探究 ＵＶＲ８ 基因表达模 行预测ꎮ
式ꎬ拟探讨以下问题:(１) ＵＶＲ８ 基因结构、顺式作 １.２.４ 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 蛋白基本理化性质分析
用元件和染色体定位ꎻ(２) ＵＶＲ８ 保守结构域、蛋 利 用 在 线 软 件 ＥｘＰＡＳｙ ( Ｇａｓｔｅｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００３ )
白结构和理化性质ꎻ(３) ＵＶＲ８ 磷酸化位点和系统 ( ｈｔｔｐｓ:/ / ｗｅｂ. ｅｘｐａｓｙ. ｏｒｇ / ｃｇｉ￣ｂｉｎ / ｐｒｏｔｐａｒａｍ/
进化关系等ꎻ(４) ＵＶ￣Ｂ 胁迫下的 ＵＶＲ８ 基因表达 ｐｒｏｔｐａｒａ)进行 ＵＶＲ８ 蛋白的氨基酸数、分子量、理论
模式ꎮ 以期进一步深入解析 ＵＶＲ８ 功能及其在罗 等电点、不稳定指数和脂肪族氨基酸指数等分析ꎮ
布麻属 ＵＶ￣Ｂ 响应机制和药用成分合成等方面的 １.２.５ 两种罗布麻 ＵＶＲ８ 蛋白结构分析和亚细胞定

研究提供线索ꎮ 位 采 用 ＳＯＰＭＡ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｎｐｓａ￣ｐｒａｂｉ. ｉｂｃｐ. ｆｒ / ｃｇｉ￣
ｂｉｎ / ｎｐｓａ＿ａｕｔｏｍａｔ.ｐｌ? ｐａｇｅ ＝ ｎｐｓａ＿ｓｏｐｍａ.ｈｔｍｌ) 工具
１ 材料与方法 预测 ＵＶＲ８ 蛋白二级结构ꎬ以 ＡｔＵＶＲ８ 蛋白为模

板ꎬ 利 用 Ｐｈｙｒｅ２ ( Ｋｅｌｌｅｙ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５ ) ( ｈｔｔｐ: / /
１.１ 材料和数据来源 ｗｗｗ. ｓｂｇ. ｂｉｏ. ｉｃ. ａｃ. ｕｋ / ｐｈｙｒｅ２ / ｈｔｍｌ/ ｐａｇｅ. ｃｇｉ? ｉｄ ＝
罗布麻和大麻状罗布麻的 ＵＶＲ８ 基因序列和 ｉｎｄｅｘ) 软 件 分 析 蛋 白 三 级 结 构ꎮ 通 过 软 件 Ｃｅｌｌ
蛋白序列ꎬ均来自本实验室前期全基因组测序工 ＰＬｏｃ ２. ０ ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｃｓｂｉｏ. ｓｊｔｕ. ｅｄｕ. ｃｎ / ｂｉｏｉｎｆ/