Page 122 - 《广西植物》2023年第11期

２ ０ ８ ２ 广 西 植 物 ４３ 卷
表 １ ｑＲＴ￣ＰＣＲ 引物序列 表 ３ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 注释率
Ｔａｂｌｅ １ Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｕｓｅｄ ｉｎ ｑＲＴ￣ＰＣＲ Ｔａｂｌｅ ３ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｒａｔｅ
基因 引物 序列 (５′ ➝ ３′) 数据库 Ｕｎｉｇｅｎｅ 数量 百分比
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ
Ｇｅｎｅ Ｐｒｉｍｅｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ (５′ ➝ ３′) Ｄａｔａｂａｓｅ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ
(％)
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.９１１１９￣Ｆ ＣＣＴＣＴＣＣＴＴＣＴＴＧＧＴＣＣＴＧＴＡ
ＡＵＸ１￣１ ＮＲ ５２ ７９６ ２９.６
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.９１１１９￣Ｒ ＧＧＴＧＧＣＴＣＡＡＣＴＴＡＴＧＡＴＧＣＴ
ＮＴ ３３ ７４６ １８.９２
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８７８６１￣Ｆ ＴＧＣＴＣＡＴＣＣＡＴＣＡＧＴＴＣＡＴＡＡＣＣ
ＡＵＸ１￣２ ＫＯ ２０ ０１９ １１.２２
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８７８６１￣Ｒ ＧＡＡＴＡＣＧＡＴＴＧＣＧＡＧＧＡＡＣＣＡＴＡ
ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ４１ ３３５ ２３.１８
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣５８６０８.０￣Ｆ ＡＡＧＡＡＧＡＣＣＴＣＣＡＧＡＡＧＡＧＣＡＴＡ
ＣＨ３
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣５８６０８.０￣Ｒ ＧＡＣＡＡＴＣＴＣＣＣＡＧＡＡＣＡＡＣＡＣＡＴ ＰＦＡＭ ４４ ７０６ ２５.０７
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.４５５３７￣Ｆ ＣＴＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＴＴＣＴＣＴＴＡＧＴＧ ＧＯ ４４ ７０６ ２５.０７
ＴＦ
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.４５５３７￣Ｒ ＴＧＣＧＧＣＴＧＣＴＣＡＧＡＴＴＡＴＴＧ ＫＯＧ １３ ７７１ ７.７２
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８１１９５￣Ｆ ＡＧＡＴＣＡＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＣＡＴＣＡ Ａｌｌ ｄａｔａｂａｓｅｓ ５ ７５８ ３.２２
ＭＹＣ２
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８１１９５￣Ｒ ＣＡＴＴＣＣＡＧＴＴＣＣＴＴＣＧＣＣＡＴＴ
Ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ ｄａｔａｂａｓｅ ７８ ０００ ４３.７４
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.４３９９６￣Ｆ ＡＣＡＡＧＧＧＴＴＡＡＴＧＧＧＡＣＴＴＣＴＣＴ
３.２.１.２１ Ｔｏｔａｌ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ １７８ ３１９ １００
Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.４３９９６￣Ｒ ＣＴＧＡＡＧＡＡＴＣＧＣＣＴＣＣＡＡＧＴＧ
Ａｃｔｉｎ＿Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ｆ ＣＡＣＣＧＡＴＴＧＡＣＡＣＡＡＧＧＡＧＡＧ
Ａｃｔｉｎ
Ａｃｔｉｎ＿Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ｒ ＡＧＧＡＴＧＧＣＴＴＡＣＴＡＣＡＴＴＧＡＣＴＴＣ 表 ４ 各样品 ｒｅａｄｓ 与组装转录本比对
Ｔａｂｌｅ ４ Ｍａｐｐｅｄ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｓａｍｐｌｅ ｒｅａｄｓ
ａｎｄ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ
表 ２ 测序 ｒｅａｄｓ 质量统计
样品 总 ｒｅａｄｓ 总匹配
Ｔａｂｌｅ ２ Ｑｕａｌｉｔｙ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｒｅａｄｓ Ｔｏｔａｌ ｍａｐｐｅｄ
Ｓａｍｐｌｅ Ｔｏｔａｌ ｒｅａｄｓ
(％)
过滤
ＧＣ
原始 高质量 后的 错误率 准确率 含量 Ａ１ ４５ ５４６ ０９６ ３４ ４６４ ２７４ (７５.６７％)
样品 ｒｅａｄｓ ｒｅａｄｓ 碱基 Ｅｒｒｏｒ >０.９９９
ＧＣ Ａ２ ４４ ４５１ ３７２ ３３ ４７４ ８３２ (７５.３１％)
Ｓａｍｐｌｅ Ｒａｗ Ｃｌｅａｎ Ｃｌｅａｎ ｒａｔｅ Ｑ３０
ｃｏｎｔｅｎｔ
ｒｅａｄｓ ｒｅａｄｓ ｂａｓｅ (％) (％) Ａ３ ４３ ０７１ ６０６ ３２ ３８４ ６８２ (７５.１９％)
(％)
(Ｇｂ)
Ｂ１ ４０ １７９ １７４ ２９ ８２４ ０７４ (７４.２３％)
Ａ１ ４８ ５２０ １４０ ４５ ５４６ ０９６ ６.８３ ０.０２ ９４.３８ ４９.４７
Ｂ２ ４５ ８２６ ０７８ ３２ ８２４ ９４０ (７１.６３％)
Ａ２ ４７ １７０ ０８２ ４４ ４５１ ３７２ ６.６７ ０.０２ ９４.３１ ４９.４０
Ｂ３ ４４ ５６０ ７８２ ３２ ４９８ ５４８ (７２.９３％)
Ａ３ ４５ ６２０ ２３８ ４３ ０７１ ６０６ ６.４６ ０.０２ ９４.２７ ４９.３８
注: Ａ１、Ａ２、Ａ３ 为沙藏前的种子ꎬ３ 次重复ꎻＢ１、Ｂ２、Ｂ３ 为萌
Ｂ１ ４２ ５８９ ４７０ ４０ １７９ １７４ ６.０３ ０.０２ ９４.４４ ４６.９８
发后的种子ꎬ３ 次重复ꎮ 下同ꎮ
Ｂ２ ４６ ９９６ ３４０ ４５ ８２６ ０７８ ６.８７ ０.０３ ９３.０４ ４８.５４ Ｎｏｔｅ: Ａ１ꎬ Ａ２ ａｎｄ Ａ３ ａｒｅ ｓｅｅｄｓ ｂｅｆｏｒｅ ｓａｎｄ ｓｔｏｒａｇｅꎬ ｔｈｒｅｅ
ｒｅｐｌｉｃａｔｅｓꎻ Ｂ１ꎬ Ｂ２ ａｎｄ Ｂ３ ａｒｅ ｓｅｅｄｓ ａｆｔｅｒ ｇｅｒｍｉｎａｔｉｏｎꎬ ｔｈｒｅｅ
Ｂ３ ４５ ６３７ ３７４ ４４ ５６０ ７８２ ６.６８ ０.０３ ９３.２７ ４８.２０
ｒｅｐｌｉｃａｔｅｓ. Ｔｈｅ ｓａｍｅ ｂｅｌｏｗ.
Ｃ１ ４８ １７５ ７６６ ４５ ８７３ ６８２ ６.８８ ０.０２ ９４.８４ ４７.５２
Ｃ２ ４４ ４３６ ８１４ ４１ ９９９ ４９８ ６.３０ ０.０２ ９４.４７ ４７.４９ 异表达基因中上调的有 １ ８１５ 个ꎬ下调的有１ ３２７
Ｃ３ ４７ ６２８ ２８６ ４５ ７６０ ９０４ ６.８６ ０.０２ ９４.４２ ４７.６１ 个ꎬ包括 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８８５５６、Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５.８８４０２
Ｄ１ ４３ １８３ ４７４ ４１ ２９０ ４３０ ６.１９ ０.０２ ９４.６１ ４７.４８ 等 上 调 的 基 因 和 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣６８６１５. ２９４０１、 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣
６８６１５.６２３６１ 等下调的基因ꎮ 在 ＣＣ 中差异表达基
Ｄ２ ４７ １３９ ６９０ ４４ ３７３ ６７６ ６.６６ ０.０２ ９４.８３ ４７.４６
因主要参与核糖体、核糖核蛋白复合物生成等ꎬ如
Ｄ３ ４６ ６１３ ８４８ ４４ ０６３ ４８８ ６.６１ ０.０２ ９４.４４ ４７.４５
参与核糖体的显著差异表达基因中上调的有 ２２２
注: Ａ１、Ａ２ 和 Ａ３ 为沙藏前的种子ꎻ Ｂ１、Ｂ２ 和 Ｂ３ 为胚根刚突
个ꎬ下调的有 ９５ 个ꎮ 值得关注的是ꎬ在富集的这
破种皮时萌发的种子ꎻ Ｃ１、Ｃ２ 和 Ｃ３ 为微根状茎ꎻ Ｄ１、Ｄ２ 和 Ｄ３
为变绿的微根状茎ꎮ 些 ＧＯ Ｔｅｒｍｓ 中ꎬ几乎所有的上调差异基因数目都
Ｎｏｔｅ: Ａ１ꎬ Ａ２ ａｎｄ Ａ３ ａｒｅ ｓｅｅｄｓ ｂｅｆｏｒｅ ｓａｎｄ ｓｔｏｒａｇｅꎻ Ｂ１ꎬ Ｂ２ 高于下调差异基因数目ꎮ
ａｎｄ Ｂ３ ａｒｅ ｓｅｅｄｓ ｇｅｒｍｉｎａｔｅｄ ｗｈｅｎ ｒａｄｉｃｌｅｓ ｊｕｓｔ ｂｒｅａｋ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ
为了明确差异表达基因相互协调及其生物学
ｓｅｅｄ ｃｏａｔｓꎻ Ｃ１ꎬ Ｃ２ ａｎｄ Ｃ３ ａｒｅ ｍｉｃｒｏｒｈｉｚｏｍｅｓꎻ Ｄ１ꎬ Ｄ２ ａｎｄ Ｄ３ ａｒｅ
ｇｒｅｅｎ ｍｉｃｒｏｒｈｉｚｏｍｅｓ. 功能ꎬ 通过 ＫＥＧＧ ｐａｔｈｗａｙ 显著性富集确定差异表